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MSS(trad 大量登録)担当者から [MIGS.ba](https://www.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.html?Core=MIxS&SampleType=MIGS.ba&Package=No_package&definition=definition) のときはゲノム登録であることがほとんどであるため strain を任意から必須にしてほしい、と…
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- Timeoutに関わるチューニング
Timeout 300 / KeepAlive Offで依頼したが、Staging用サーバにしか適用できなかった。
本番環境のディレクトリ"/api"だけに設定適用することも可能だと思うが、ひとまずTimeoutの懸念がなくなったため、Stagingを元に戻してProductionと設定を揃える。
[詳細](https://github.com…
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from @haruosuz:
It would be great if we could choose tRNAscan-SE as well as Aragorn in prokka.
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* 基本的にはhandsontableのgetData()が返すJSON形式が入力。配列の配列 or ハッシュの配列
* biosample/bioproject のsubmission_id/submitter_idが不在が前提で内部PostgreSQLへの接続をしない
* 上記に関連するルールのwarning/errorをスキップもしくはレスポンスとして出力しない
* xpath出力部分…
tfuji updated
6 years ago
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INSDCでのグローバルなlocus tag prefix重複チェックに対応する
### locus tag prefix (LTP) 空きチェック機能
グローバル(INSDC単位)での重複チェックを行うが、externalフラグが異なるためルールを2つに分ける
* 同じsubmission内に同じLTPがあれば => common error
* INSDCで既に予約されているLTP…
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Current ProteomeScout uses PICR tools - no longer active
bj8th updated
4 years ago
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The Swiss-Prot format "swiss" contains database cross-references to other databases. Currently SeqIO stores these in the dbxrefs list in the resulting SeqRecord. During parsing all of these cross-refe…
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Hi,
I am running dfast (version 1.2.14) on a large set of genomes. The vast majority completes without issue, and very fast, but for several genomes, annotation is aborted with the following type …
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@danielhhaft we've been reviewing [Identification of 76 novel B1 metallo-β-lactamases through large-scale screening of genomic and metagenomic data](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29020980/). The aut…
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Hello DFAST developers,
I received an HTTP error while running the database building step
dfast_file_downloader.py --protein dfast
#error messages:
Traceback (most recent call last):
Fi…