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ARTbio / GalaxyKickStart

Ansible playbooks for Galaxy Server deployment
GNU General Public License v3.0
24 stars 22 forks source link

Update job_conf.xml #402

Closed NairaNaouar closed 2 years ago

NairaNaouar commented 2 years ago

Les annotations lancées par l'outil snpsift annotate developpé par l'iuc ressortent tous avec des "memory errors" Picked up _JAVA_OPTIONS: -Xms512m Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space Après avoir investigué pour trouver les paramètres les plus adéquats, je suis arrivée à la conclusion de

  1. suivre les recommandations Oracle d'avoir les paramètres Xmx et Xms identitiques : https://docs.oracle.com/cd/E12839_01/web.1111/e13814/jvm_tuning.htm#PERFM161 "Oracle recommends setting the minimum heap size (-Xms) equal to the maximum heap size (-Xmx) to minimize garbage collections."
  2. prendre en valeur 8G qui est la valeur "par défaut" par l'IUC pour les outils SnpEff https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tool_collections/snpeff/snpEff_macros.xml#L20
drosofff commented 2 years ago

@NairaNaouar artbio server is restarting !

NairaNaouar commented 2 years ago

Merci @drosofff je teste ça maintenant