fititnt
commented
3 years ago Este aqui é um exemplo prático de conjunto de dados que podemos usar como exemplo de escolher as hashtags + atributos em HXL. De fato esse arquivo em especial foi um dos que distribuímos no grupo privado da organização @covid-taskforce-cplp (que foi uma iniciativa chave que incentivou a criação do HXL-CPLP).
Um dos pontos sobre como HXL é tipicamente usado (pelo menos para datasets públicos no HDX): não temos exemplos, mesmo que não sejam em Português, de como criar Hashtags para esse tipo de dataset que aumentem ao máximo a interindividualidade.
O tópico, que estamos testando uso de Latim como referência para termos técnicos principalmente na área jurídica (e agora na área médica) até tem termos para muita coisa. Mas em um conjunto de dados longo como este, que tem muitos exames laboratoriais, seria complicado começar a ter temos em latim até para exames laboratoriais modernos muito específicos. Por isso um dos testes que estamos fazendo envolve usar latim pelo menos para verbos e para itens extremamente específicos começar a fazer uso de fontes de dados como Wikidata.
Outro problema do uso de Latim (só para citar o caso do Covid, mas poderia ser outra doença ou então algum termo chave para desastre natural) "a qualquer momento" algo poderia surgir . Nesse caso as pessoas não deveriam depender de usar alguma forma de dizer do que se trata só por não saber Latim. Por esse tipo de motivo que também estamos documentando como estamos fazendo para chegar às conclusões!.
brasil-dataset-covid-pacientes-hospital-albert-einstein-anonimizado_2020-03-28.xlsx
- Cópia de backup (anexado): brasil-dataset-covid-pacientes-hospital-albert-einstein-anonimizado_2020-03-28.xlsx
- Origem do arquivo: https://www.kaggle.com/dataset/e626783d4672f182e7870b1bbe75fae66bdfb232289da0a61f08c2ceb01cab01/data#
Conjunto de dados anonimizados de pacientes que testaram positivo e negativo ao #Covid19 do Hospital Israelita Albert Einstein (Hospital do Brasil)
DESCRIÇÃO
"Conjunto de dados Este conjunto de dados contém dados anonimizados de pacientes atendidos no Hospital Israelita Albert Einstein, em São Paulo, Brasil, e que tiveram amostras coletadas para realizar o SARS-CoV-2 RT-PCR e testes laboratoriais adicionais durante uma visita ao hospital. Todos os dados foram anonimizados seguindo as melhores práticas e recomendações internacionais. Todos os dados clínicos foram padronizados para ter uma média de zero e um desvio padrão unitário.
Amostra do arquivo
Patient ID,Patient age quantile,SARS-Cov-2 exam result,"Patient addmited to regular ward (1=yes, 0=no)","Patient addmited to semi-intensive unit (1=yes, 0=no)","Patient addmited to intensive care unit (1=yes, 0=no)",Hematocrit,Hemoglobin,Platelets,Mean platelet volume ,Red blood Cells,Lymphocytes,Mean corpuscular hemoglobin concentration (MCHC),Leukocytes,Basophils,Mean corpuscular hemoglobin (MCH),Eosinophils,Mean corpuscular volume (MCV),Monocytes,Red blood cell distribution width (RDW),Serum Glucose,Respiratory Syncytial Virus,Influenza A,Influenza B,Parainfluenza 1,CoronavirusNL63,Rhinovirus/Enterovirus,Mycoplasma pneumoniae,Coronavirus HKU1,Parainfluenza 3,Chlamydophila pneumoniae,Adenovirus,Parainfluenza 4,Coronavirus229E,CoronavirusOC43,Inf A H1N1 2009,Bordetella pertussis,Metapneumovirus,Parainfluenza 2,Neutrophils,Urea,Proteina C reativa mg/dL,Creatinine,Potassium,Sodium,"Influenza B, rapid test","Influenza A, rapid test",Alanine transaminase,Aspartate transaminase,Gamma-glutamyltransferase ,Total Bilirubin,Direct Bilirubin,Indirect Bilirubin,Alkaline phosphatase,Ionized calcium ,Strepto A,Magnesium,pCO2 (venous blood gas analysis),Hb saturation (venous blood gas analysis),Base excess (venous blood gas analysis),pO2 (venous blood gas analysis),Fio2 (venous blood gas analysis),Total CO2 (venous blood gas analysis),pH (venous blood gas analysis),HCO3 (venous blood gas analysis),Rods #,Segmented,Promyelocytes,Metamyelocytes,Myelocytes,Myeloblasts,Urine - Esterase,Urine - Aspect,Urine - pH,Urine - Hemoglobin,Urine - Bile pigments,Urine - Ketone Bodies,Urine - Nitrite,Urine - Density,Urine - Urobilinogen,Urine - Protein,Urine - Sugar,Urine - Leukocytes,Urine - Crystals,Urine - Red blood cells,Urine - Hyaline cylinders,Urine - Granular cylinders,Urine - Yeasts,Urine - Color,Partial thromboplastin time (PTT) ,Relationship (Patient/Normal),International normalized ratio (INR),Lactic Dehydrogenase,"Prothrombin time (PT), Activity",Vitamin B12,Creatine phosphokinase (CPK) ,Ferritin,Arterial Lactic Acid,Lipase dosage,D-Dimer,Albumin,Hb saturation (arterial blood gases),pCO2 (arterial blood gas analysis),Base excess (arterial blood gas analysis),pH (arterial blood gas analysis),Total CO2 (arterial blood gas analysis),HCO3 (arterial blood gas analysis),pO2 (arterial blood gas analysis),Arteiral Fio2,Phosphor,ctO2 (arterial blood gas analysis)
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Contexto sobre uso de HXL em geral
Fato 1: O HXL (The Humanitarian Exchange Language, vide https://hxlstandard.org) é fantástico. O ecossistema de ferramentas e o foco em facilitar o trabalho para quem, de fato, trabalha como gestor de informação em ambiente que tem frequentes mudanças de requisito (ao ponto de até mesmo ser inviável criar programas e APIs bem pensadas) é perfeito para vários usos. Se você chegou nesse tópico e não nunca ouviu o que é HXL, por mais que aqui no HXL-CPLP você ou especialistas avançados de software vejam discussões também sobre taxonomia e implementação baixo nível, ainda assim tenha em mente que o uso do dia a dia do HXL é focado para funcionar mesmo em meio a crises eventos como desastres naturais, conflitos humanos súbitos que saturam capacidade de organização típica e afins.
Fato 2: (pelo que eu, até este momento de dezembro de 2020 tenho notado) É mais fácil encontrar, além de documentação padrão muito detalhada, exemplos de uso de Hashtags + atributos em que as próprias fontes de dados podem ficar públicas. A documentação também é especialmente detalhada em questões relacionadas a como documentar transferências de dinheiro (ex: país/organização doa dinheiro para outra organização) e também ajudar a anonimizar campos. Um porém é que, por mais que HXL permita trocar dados, ainda é necessário decidir quais termos usar para nomear esses dados (Conceitos: Taxonomia, Vocabulário) e isso pode depender de conhecer tanto o básico sobre como HXL funciona, como da área em que isso seria usado
Fato 3: (pelo que eu, até este momento de dezembro de 2020 tenho notado) não apenas por questões técnicas (exemplo: idiomas diferentes, pessoa que escreve errado nomes de outra organização) mas por questões políticas (exemplo: 2 organizações de de países diferentes tem que colaborar em um terceiro país; mas ele usam termos diferentes para coisas que, para fins humanitários, são a mesma coisa) as ferramentas que implementam HXL são muito úteis para quem tem que lidar com diferenças de opiniões sem exigir que a fonte de dados original seja alterada. Considerando apenas nomes e/ou limites territoriais, é mais fácil dizer quais coisas que possuem códigos ISO 3166 não tem disputas territoriais Vide List of territorial disputes e Interactive Map of Disputed Territories_; veja que até o Brasil tem disputas.
Fato 4: note que pela soma do Fato 1, Fato 2 e Fato 3, se alguém precisaria usar HXL para algo imediato (e a pessoa já tem acesso aos dados) ela flexibilidade para criar qual tag e atributo bem entender, pois os demais podem alterar facilmente. Ou seja, se você está no meio de uma urgência, tem que ajudar outros porque pessoas estão literalmente morrendo, não tem problema você usar hashtags + atributos HXLs
erradostemporários!Sobre HXL na área de Medicina Legal
Feita explicação básica de contexto sobre HXL, a ideia desse tópico aqui é deixar referenciado pelo menos algumas ações que nós do HXL-CPLP estamos fazendo de modo que não só os resultados finais, mas o próprio processo de outros fazendo iniciativas semelhantes possam aprender. Talvez você esteja lendo isso vários anos depois de escrito (ou então está no meio de uma urgência e nem mesmo teria tempo para pedir ajuda e aguardar resposta por email). Note que sempre que possível tentamos usar licença equivalente a domínio público, logo em especial se estiver ajudando em questões humanitárias (inclusive para fins comerciais, como usando equipe de empresa privada para apoiar governo ou organizações não governamentais) você nem mesmo precisa se preocupar em citar que se baseou em trabalhos do HXL-CPLP (e em geral da Etica.AI)
Questões práticas