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PaddlePaddle / PaddleHelix

Bio-Computing Platform Featuring Large-Scale Representation Learning and Multi-Task Deep Learning “螺旋桨”生物计算工具集
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关于PaddleHelix/apps/drug_target_interaction/sign/项目中数据处理问题 #192

Closed tiezhuge closed 2 years ago

tiezhuge commented 2 years ago

在运行KDD 2021 paper: "Structure-aware Interactive Graph Neural Networks for the Prediction of Protein-Ligand Binding Affinity".这篇文章的代码数据处理部分命令行时 python preprocess_pdbbind.py --data_path_core YOUR_DATASET_PATH --data_path_refined YOUR_DATASET_PATH --dataset_name pdbbind2016 --output_path YOUR_OUTPUT_PATH --cutoff 5 出现了下图中的错误，不知该怎样解决，求助大佬 image

使用的版本如下 Python 3.8.13 paddlepaddle-gpu 2.3.1.post112

agave233 commented 2 years ago

你好，这里的assert声明是为了保证对于读取的mol2文件已经去掉了其中的HOH，如果文件中本身没有的话就不用进行assert，在这里你可以删掉assert == 8这行代码来重新运行

tiezhuge commented 2 years ago

已解决问题，感谢您的回复！