SHT - Définition générale du projet

[camillemonchicourt]

Issue générale afin de pouvoir discuter et échanger des documents (maquettes, CRs, etc) concernant la création du module Suivi Habitat Territoire.

Dans un premier temps, vous trouverez en pièce jointe le compte rendu de la réunion du 20 février ainsi que le MCD.

CR_NS_CBNA_200218-CM.pdf

Vincent P. (Natural Solutions)

A noter que @gildeluermoz a avancé sur la partie générique du MCD de suivi (tables en jaune) : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/monitoring.sql

Et @amandine-sahl a commencé à travailler sur un backend/API pour cette même partie : https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_backend_core

CCTP initial : http://geonature.fr/documents/cctp/2017-11-CCTP-Suivi-Territoire-Habitats.pdf

[vpilorge]

Bonjour,

Premières petites interrogations pour le maquettage:

• Le choix de la maille dans le formulaire: comment nomme-t-on les mailles dans la liste déroulante afin de pouvoir les reconnaître et ainsi les sélectionner (numéro, lettre, mélange des 2, autre) ?
• Dans le CR, nous avions indiqué : "Peut-être nécessaire d’ajouter un champ X Y pour les observations des espèces dans la maille ?" . Avez-vous avancé sur ce sujet ? Est-ce que nous ajoutons un champ de saisis de coordonnées au moment de sélectionner l'espèce dans la maille ou non ?

Merci d'avance,

[camillemonchicourt]

Cela peut être des mailles ou pas. De manière plus générale et générique, ce seront des sites de suivi. Quand on arrive sur l'interface, on a la carte et la liste de tous les sites de suivi. On peut les filtrer (par habitat notamment, autres à préciser). On les choisit sur la carte ou dans la liste pour en afficher le détail des relevés ou ajouter un relevé. Je dirai donc qu'on parlerait de sites. Je demande aux collègues.

Pour les XY des obs dans la maille, à priori, on abandonne cette fonctionnalité. Je demande confirmation aussi.

[camillemonchicourt]

Donc pour les nommages : Exemple combes à neige : 4 mailles lauvitel, nommée Lauvitel 1, Lauvitel 2, Lauvitel 3, Lauvitel 4. Ou numéro unique_Lauvitel.. Donc un mélange lettres et chiffre.

Et c'est confirmé qu'on ne stocke pas de geom pour les obs, uniquement le rattachement à un site de suivi.

[vpilorge]

Parfait, merci pour les infos !

[vpilorge]

Bonjour,

Dans les liens, les maquettes pour le projet habitat:

https://projects.invisionapp.com/boards/WH3LOFIQ8AD/ https://projects.invisionapp.com/boards/2T3LOFI7KUY/

Dans l'attente de vos avis.

[camillemonchicourt]

Merci, peux-tu préciser à quoi correspond la maquette ? Quelle étape et son fonctionnement en quelques mots ?

[camillemonchicourt]

Concernant la partie générique et centralisée des protocoles de Suivi, on a avancé sur la BDD :

• https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/monitoring.sql
• https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/gn_monitoring_sample_data.sql

Il y a aussi la partie backend, l'API et la gestion de la conf qui sont disponibles : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/develop/backend/geonature/core/gn_monitoring

Concernant les maquettes. La première semble bien liée au protocole Suivi Habitat Territoire (SHT) mais la seconde intègre aussi des éléments liés à l'autre protocoles (SST - Suivi Station Territoire) qui est un autre protocole avec un autre module.

Concernant SHT, voir le MCD ci-dessus :

• On définit en amont une liste d'habitats. Pour chaque habitat, on définit une liste de taxons caractéristiques
• On définit en amont un certain nombre de mailles que l'on va suivre, on les nomme, les localise et les associe à un habitat.

Cela est fait en amont par le référent. Ensuite la saisie par un agent consiste à renseigner des visites :

• Il arrive sur la carte/liste des mailles qu'il peut filtrer par habitat, commune, nom...
• Il choisit une maille. Il peut consulter son historique des visites (éventuellement les modifier selon ses droits CRUVED) ou y ajouter une visite
• On en connait l'habitat donc il n'a qu'à saisir Date, Observateurs, Commentaires, Perturbations et à selectionner dans la liste des taxons caractéristiques de l'habitat de la maille, ceux qui sont présents lors de sa visite.

[vpilorge]

La première maquette concerne en effet SHT et la 2ème SST.

Pour SHT, tu veux dire que l'on retire le champ habitat et que selon la maille choisi, l'observateur aura juste à renseigner : Date, Observateurs, Commentaires, Perturbations et Taxons correspondant à la maille ? Car j'avais plutot imaginé que l'observateur venait sur l'application, allait sélectionner la maille, puis l'habitat correspondant et ensuite il sélectionnera les Taxons correspondant à l'habitat sélectionné. Puis les champs annexes tels que Date, etc.

Pour SST, nous avions imaginé sensiblement la même chose tout en incorporant la notion de transect (avec des champs pour notifier leur paramètres).

[camillemonchicourt]

OK pour SHT, SST.

Il n'y a qu'un nombre réduit de mailles que l'on suit et sur lesquelles on va aller faire des visites régulières. Pour ces mailles définies, l'habitat est défini et ne doit surtout pas être ressaisi par l'agent à chaque visite. Une visite consiste à choisir une maille, et vérifier la présence des taxons caractéristiques de l'habitat de la maille.

Pour SST, il faut que je me replonge dans le modèle mais en effet il y avait pas mal de similitudes à mon souvenir. Pour celui-ci on n'a pas refait le MCD suite à notre réunion ni à la mise en place du module générique de Suivi (gn_monitoring).

[vpilorge]

Ok c'est noté.

Merci pour les retours.

[cdcvidal]

J’ai besoin d’éclaircissement par rapport au MCD fourni.

Schéma Habitat On se base sur Habref de l'INPN ? Qui implémente ce schéma ?

Maille et polygone Où se trouve l’information maille/polygone dans le MCD, gn_monitoring.t_base_sites ?

Présence /Absence Dans le MCD fourni, l’information d’absence n’est pas indiquée, elle est induite ?

[camillemonchicourt]

Schéma Habitat On se base sur Habref de l'INPN ? Qui implémente ce schéma ?

Oui vu que c'est le premier projet concernant les habitats dans GeoNature, l'idée est de partir directement sur Habref et de l'implémenter dans un schéma dédié, comme on a un schéma dédié pour Taxref. Je ne connais pas encore Habref et l'idée n'est pas de s'y noyer mais de l'utiliser à minima pour commencer. On peut commencer par une implémentation à minima avec la table des habitats et celle de leurs typologies. A cela on ajoute la possibilité de créer des listes d'habitat utilisées par un protocole avec les 2 tables bib_list_habitat et cor_list_habitat. Donc un schéma dédié à cela, nommé habitat (ça marche en anglais en plus) avec à minima ces 4 tables. Ce schéma devrait être créé à terme par GeoNature lui-même, voir par un module dédié. Mais pour commencer il peut être créé au niveau du module et on le basculera côté GeoNature ensuite. Je vous laisse implémenter cela si possible.

Ensuite les tables vertes spécifiques au protocole sont dans son schéma dédié : pr_monitoring_habitat_territory, un peu dans la même logique que celui de SUIVI FLORE TERRITOIRE : https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire/blob/master/data/SFT.sql

Maille et polygone Où se trouve l’information maille/polygone dans le MCD, gn_monitoring.t_base_sites ?

En fait peut importe pour toi. Les sites suivis auront un geom (gn_monitoring.t_base_sites.geom) et ce sera un polygone sous forme de maille ou de polygone plus complexe. Ils ne seront pas différenciés.

Présence /Absence Dans le MCD fourni, l’information d’absence n’est pas indiquée, elle est induite ?

Oui on ne note et enregistre que les espèces caractéristiques sur l'habitat lors de la visite. L'absence est induite en effet.

[cdcvidal]

Schéma habitat

Je vais tenter d'intégrer de manière simple Habref afin de remplir une table de typologies et habitats en me basant sur l'intégration de taxref dans Geonature. Je pars sur Habref 4.0 ?

Schéma nomenclature

• Pour l'insertion de la liste des Perturbations Est-ce que j'utilise la liste de type de perturbation déclaré dans le module gn_module_suivi_flore_territoire : 'TYPE_PERTURBATION' ou j'en crée un autre 'TYPE_PERTURBATION_HABITAT', par exemple ?

• Pour l'insertion des Types de Perturbations Comment dois-je renseigner les colonnes id_broader, hierarchy de la table ref_nomenclatures.t_nomenclatures ?

[camillemonchicourt]

Oui Habref 4.0. Du coup je l'ai mis sur un serveur à côté de Taxref : http://geonature.fr/data/inpn/habitats/

Bien vu pour les perturbations, c'est la même liste a utiliser. Je viens d'en faire un SQL dédié pour pouvoir le jouer depuis un autre module : https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire/blob/master/data/SFT_perturbations.sql

Pour l'histoire de hiérarchie, on a pas encore bien géré ça dans les perturbations mais ne t'en soucie pas pour l'instant, utilise le tel qu'il est.

[camillemonchicourt]

Mise à jour des maquettes par Nabil, designer chez Natural Solutions :

[camillemonchicourt]

Remarques sur les dernières maquettes :

• Chaque type d'habitat correspond à plusieurs sites de suivi. Chaque site de suivi est un polygone (des mailles la plupart du temps, mais pas seulement)
• On ne doit pas arriver sur une modale qui demande l'habitat. Comme dans SFT, on arrive sur une Carte-Liste des sites suivis. Pour chacun on affiche le Type d'habitat, le nombre de visites, la date de dernière visite, le(s) organismes. On peut les filtrer par Type d'habitat, pas commune, par organisme
• On peut aller sur la fiche d'un site suivi (une maille/polygone/un type d'habitat par site suivi). Elle contient les infos sur le site suivi et la liste de ses visites. On peut afficher/modifier ou ajouter une visite
• En mode Formulaire, la carte est donc optionnelle, à voir si on l'affiche ? On saisit les observateurs mais pas leurs organismes (c'est déduit), la date, les perturbations et on coche les espèces observées parmi les espèces caractéristiques du type d'habitat

[camillemonchicourt]

Une précision sur la BDD. Le schéma qui contient Habref doit être nommé ref_habitat pour bien indiquer que c'est un référentiel.

On voudrait le faire pour la taxonomie (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/225) mais on temporise car ce schéma est utilisé par différentes applications donc les impacts sont plus lourds.