humann3多线程求助

[tutu256]

您好，在运行单样本使用humann3时可以正常运行，使用rush多任务时报错，请问如何解决

如果服务器性能好，请设置--threads值为8/16/32

tail -n+2 result/metadata.txt | cut -f1 | rush -j 2 \ "humann --input temp/concat/{1}.fq \ --output temp/humann3/ --threads 3 --metaphlan-options '--bowtie2db /db/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'" 报错如下： (humann3) xumingyuan@cn5:meta$tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f1|rush -j 2 \

"humann --input temp/concat/${i}.fq --output temp/humann3/ --threads 32 -- metaphlan-options '--bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'" /bin/bash: line 1: humann: command not found /bin/bash: line 1: humann: command not found [ERRO] 我修改补全了humann3的地址，tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f1|rush -j 2 \ "/home/xumingyuan/data_HD/micromamba/envs/humann3/bin/humann --input temp/concat/${i}.fq --output temp/humann3/ --threads 32 -- metaphlan-options '--bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline'" humann: error: unrecognized arguments: -- metaphlan-options --bowtie2db /home/xumingyuan/data_HD/database/metaphlan4 --index mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212 --offline [ERRO] 。 非常感谢。

[baidefeng]

可能是humann3安装出现了问题，请参考更新的0Install.sh重新安装humann3，然后再运行尝试。