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ZW-xjtlu / exomePeak2

Peak calling and differential methylation for MeRIP-Seq
25 stars 5 forks source link

基因组文件 #11

Open tan5251 opened 3 years ago

tan5251 commented 3 years ago

请问如果在比对时用的是ensemble版本的基因组文件，我就不能用这个包做callpeak了吗？

Jiaxuecao commented 3 years ago

需要用BSgenome 的forge功能去构建基因组。

tan5251 commented 3 years ago

谢谢，已解决

drZhan commented 2 years ago

谢谢，已解决

您好，可以请教一下解决方法么？我试过Jiaxuecao所说的办法，但是由于内存不足没办法构建基因组

lulumagic7 commented 1 year ago

您好！请问你们做alignment用的UCSC的基因组和gtf文件，以及exomepeak2也用同一个gtf?具体能问一下是哪两个文件嘛？