Closed aaronspring closed 5 years ago
seb-1
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5 years ago Kann man in conda installieren, funktioniert aber nicht besonders gut habe ich heute gemerkt. Zum Beispiel ist die conda-Version nicht mit netcdf support kompiliert. Ich habe lokal auch schon auf eine andere cdo-Installation verlinkt. cdo können wir also aus der Liste nehmen.
Worauf wird bei continuous integration getestet? Irgendeine Idee, was genau das Problem ist?
aaronspring
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5 years ago Die .travis.yml Datei die ich erstellt habe erstellt ne conda env mit ci/req.yml und dann guckt sie nochmal via pip ob packages installiert sind. Hab auf trial and error versucht rauszufinden was genau failt. Irgendwie cdo. Aber Lokal funktioniert’s weil ich da ja cdo in der base habe.
Kannst du mir conda cdo hier rein Posten bitte?
aaronspring
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5 years ago aaronspring
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5 years ago Das hier meinst du oder? @seb-1 https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/wiki/Anaconda
aaronspring
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5 years ago
py.test
============================= test session starts ==============================
platform linux -- Python 3.6.3, pytest-3.3.0, py-1.5.2, pluggy-0.6.0
rootdir: /home/travis/build/aaronspring/pymistral, inifile: setup.cfg
collected 0 items / 1 errors
==================================== ERRORS ====================================
________________ ERROR collecting pymistral/tests/test_setup.py ________________
ImportError while importing test module '/home/travis/build/aaronspring/pymistral/pymistral/tests/test_setup.py'.
Hint: make sure your test modules/packages have valid Python names.
Traceback:
pymistral/__init__.py:13: in <module>
from . import setup
pymistral/setup.py:3: in <module>
import cdo
E ModuleNotFoundError: No module named 'cdo'
!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Interrupted: 1 errors during collection !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
=========================== 1 error in 0.13 seconds ============================
The command "py.test" exited with 2.Was genau meinst Du mit conda cdo posten? Das package kommt von hier: https://anaconda.org/conda-forge/cdo
Wenn travis bei import cdo den Fehler hat, liegt es dann nicht eher am python-cdo modul? Könntest Du in travis ein 'conda list' einbauen, damit man sieht was alles installiert wurde? Vielleicht ist python-cdo nicht da, vielleicht kann python cdo nicht das cdo binary finden, ... Außerdem könntest Du vielleicht ein 'which -a cdo' einbauen um zu sehen ob cdo binaries vorhanden sind. Das ist leider alles schwer nachvollziehbar da ich sowohl lokal als auch auf mistral immer ein cdo binary verfügbar habe und nicht testen kann, ob import cdo auch nur mit python-cdo funktioniert.
aaronspring
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5 years ago Cdo scheint installiert. Kannst du die builds sehen? https://travis-ci.com/aaronspring/pymistral/builds/100966791
aaronspring
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5 years ago Hier können wir abgucken https://github.com/Try2Code/cdo-bindings/blob/master/.travis-py3.6.yml
seb-1
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5 years ago Sieht in build #83 (und #88) ja eigentlich richtig aus: cdo und python-cdo sind da.
seb-1
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5 years ago Hier können wir abgucken https://github.com/Try2Code/cdo-bindings/blob/master/.travis-py3.6.yml
Das entspricht doch im Prinzip unserer .yml Datei.
aaronspring
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5 years ago problem gefunden:
$ python --version
Python 3.6.6 :: Anaconda, Inc.
$ pip list | grep cdo
cdo 1.5.1
$ py.test
============================= test session starts ==============================
platform linux -- Python 3.6.3, pytest-3.3.0, py-1.5.2, pluggy-0.6.0pytest ueber conda installieren loest das problem
Da ist irgendwie ein Problem mit cdo, cdo-python bei continuous integration. @seb-1 Kann man cdo in einem conda env installieren? cdo-python ja, aber ich glaub das Problem liegt an der basis cdo.