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bioinformatics-policlinicogemelli / Varan-Pub

Varan: A tool for managing mutational data and creating cancer studies in cBioPortal.
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Filter setting conf.ini file #5

Open lucianogiaco opened 4 months ago

lucianogiaco commented 4 months ago

Nella sezione FILTERS del file di configurazione andrebbe inserito il campo OncoKB per il relativo filtraggio.

lucianogiaco commented 4 months ago

Forse andrebbe cambiata la dicitura BENIGN, perché confondente, visto che vanno escluse si potrebbe sostituire con EXCLUDE

LorenzoBioinfo commented 4 months ago

Sì, sto caricando un pezzetto per volta per dare il tempo agli altri di testare. Sono partito dalla versione meno aggiornata. Confermo che è stato inserito anche la dicitura per il filtraggio di OncoKB e benign è stato rimosso e al suo posto ho messo i vari possibili filtri che si possono usare.

lucianogiaco commented 4 months ago

Forse sarebbe meglio mantenere l'annotazione ClinVar, anche se facoltativa (vedi issue #6 ). Il filtraggio OncoKB non è però nel file di configurazione

LorenzoBioinfo commented 4 months ago

Non l'ho ancora caricato quello aggiornato, perché sto caricando un po' per volta