Añadir puentes S-S

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In calc_e_Phi, afther the matrix e() is fully calculated:

!Disulfide bridge. As a covalent link, we overwrite the h_ij of two bridged residues with a very high value
do i=1,size(SS_matrix,1) ! for all SS-bridges
     e(1,SS_matrix(i,1),SS_matrix(i,2)) = 20.0_db ! without SS-bridge, their value is ~ -0.5
     e(2,SS_matrix(i,1),SS_matrix(i,2)) = 20.0_db
     e(3,SS_matrix(i,1),SS_matrix(i,2)) = 20.0_db
     !!e(4,SS_matrix(i,1),SS_matrix(i,2)) = 200.0_db ! without SS-bridge, their value is ~ -8. Don't know if +-200
end do

With a positive value, it returns a normal Cp and fraction fold. There's no difference with a value of +20 or +200, which is a good sign. For the entropy, there seems to be no difference between changing it's natural value with +200, but a negative value gives a higher Tm (370k vs 350). If the value is very high (for example, 1000) then it returns NaN.

With -20, this gives error (a straight line for Cp and an almost constatn value of =1). ¿Maybe it's not an error, but it gives the protein so much stability that the Tm is far beyon 430k? More research is needed.

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Algunas pruebas. Los primeros 3 términos e(1...), e(2...) y e(3...) cambian todos igual. El e(4...) es el término entrópico:

Natural: Tm = 370 , final = 0.53

Positivo a 20 sin entropía: Tm = 350, final = 0.53 Positivo a 200 sin entropía: Tm = 350, final = 0.53

Positivo a 20 y entropía a -200: Tm = 370, final = 0.6 Positivo a 200 y entropía a -400: Tm =350 , final = 0.6 Positivo a 20 y entropía a -800: Tm = 370, final = 0.6 (but on a second try it returns NaN wtf? so maybe I didn't save changes) Positivo a 20 y entropía a 200: Tm = 350 , final = 0.53 Positivo a 200 y entropía a 200: Tm =350 , final = 0.53

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Más pruebas, ahora con valores negativos:

Natural: Tm = 370, final = 0.53 (aclaro que estos valores son para el input que venía por defecto, no necesariamente los empíricos)

Negativo a -5 y entropía a -100: Tm = 410 Negativo a -5 y entropía a -200: Tm = 410 Negativo a -5 y entropía a 0: Tm = 410

Negativo a -20 y entropía a 0: Tm = 560 Negativo a -100 y entropía a 0: Tm > 580

Negativo a -5 y entropía a 100: Tm > 430 Negativo a -20 y entropía a 100: Tm > 530 Negativo a -200 y entropía a 200: Tm > 530;

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Conclusión:

Con valores positivos para e(1...), e(2...) y e(3...) se obtiene la misma o menor Tm, según el parámetro de la entropía, y parece haber un techo y un cambio razonable en magnitud, de unos 20K.

Con valores negativos la Tm aumenta, pero o no hay techo o es altísimo, y el Cp aumenta una barbaridad. Aquí, una entropía positiva la aumenta aún más, y una negativa parece que no hace nada.

Esto es negativo porque queremos dos cosas, que la Tm aumente pero que el aumento sea pequeño y con un techo en el valor las e(). Lo primero lo conseguimos con e's negativas, lo segundo con positivas.