Open UnderSlope opened 4 years ago
wistaria
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4 years ago @UnderSlope Quantum Espresso 6.6をお使いとのことですが、これはご自身でコンパイルされたのでしょうか？ 以下を確認していただけるでしょうか？
UnderSlope
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4 years ago @wistaria
ご回答ありがとうございます． http://www.cmpt.phys.tohoku.ac.jp/~koretsune/SATL_qe_tutorial/install.html を参考に，自分でコンパイルしてインストールしました．
エラー後にディレクトリ /media/sf12./work/graphene.save は存在しているかどうか。また、その中にいろいろなファイルが作成されているかどうか ディレクトリ /media/sf12./work/graphene.save は存在しておりますが，空ファイルでした．
6.6 ではなく、MateriApps LIVE!にプレインストールされた 6.5 をつかって実行できるかどうか (私の手元では正常に実行できました) 「プレインストールされた 6.5 を使う」というのがよくわからないのですが，参考になりそうな資料を教えていただけないでしょうか．6.5 および6.3を自分でコンパイルしてインストールしてみた場合，make pwでエラーが発生したため，makeを正常に行えた6.6を使用しております．
また，6.6の /home/user/qe-6.6/EPW/examples に存在した， /home/user/qe-6.6/EPW/examples/diamond/epw 中のscf.inおよびnscf.inにより， http://www.cmpt.phys.tohoku.ac.jp/~koretsune/SATL_qe_tutorial/graphene_banddos.html#scf の pw.x の計算が問題なく実行できました． この原因について，何か思い当たることがあれば教えていただけないでしょうか，よろしくお願いいたします． 以下に /home/user/qe-6.6/EPW/examples/diamond/epw 中の scf.in の中身を記述いたします．よろしくお願いいたします．
&control calculation = 'scf' prefix = 'diam' restart_mode = 'from_scratch' wf_collect = .false. pseudo_dir = '../pp/' outdir = './' tprnfor = .true. tstress = .true. / &system ibrav = 2 celldm(1) = 6.64245 nat = 2 ntyp = 1 ecutwfc = 60 occupations = 'smearing' smearing = 'mp' degauss = 0.02 nbnd = 4 / &electrons diagonalization = 'david' mixing_beta = 0.7 conv_thr = 1.0d-10 / ATOMIC_SPECIES C 12.01078 C_3.98148.UPF ATOMIC_POSITIONS alat C 0.00 0.00 0.00 C 0.25 0.25 0.25 K_POINTS automatic 8 8 8 1 1 1
wistaria
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4 years ago ご自身でコンパイルしなくても、MateriApps LIVE!にはあらかじめQuantum ESPRESSO バージョン6.5がインストールされています。実行するには
pw.x < graphene.scf.in > graphene.scf.outのように、フルパスではなく単にpw.x と書くだけでOKです。こちらを使って試してみてください
UnderSlope
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4 years ago ありがとうございます． 教えていただいた方法を試したところ，以下のようなエラーとなりました． ./work/graphene.save/test0は作成されており，空のファイルとなっていました． よろしくお願いいたします．
At line 302 of file io_files.f90 (unit = 4, file = './work/graphene.save/test0') Fortran runtime error: File cannot be deleted
Error termination. Backtrace:
UnderSlope
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4 years ago お世話になっております。
計算したいファイルを/home/user/に置いたところ、MateriApps LIVE!にプレインストールされた 6.5にて、scfやncfの計算ができるようになりました。今までお問い合わせさせていただいていたエラーは、計算したいファイルを共有フォルダに置いていたことによるものであったと思います。
しかし、 http://www.cmpt.phys.tohoku.ac.jp/~koretsune/SATL_qe_tutorial/graphene_banddos.html#scf のバンド計算を行おうとすると、
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1.
NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them.
のようなエラーが出てしまいました。この解決方法を調べているのですが、よくわからないので、教えていただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。
UnderSlope
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4 years ago 先ほどのコメントへの追記です。
当方、QEをつかってラマンスペクトルの計算を行おうとしているのですが、ph.xの計算を行おうとした時も、同様の MPI_ABORT was invoked ... のエラーが発生します。 この時、qe6.6の /home/user/qe-6.6/EPW/examples/diamond/epw に存在したph.inを使用しております。
&inputph prefix = 'diam', epsil = .true., fildyn = 'diam.dyn', ldisp = .true. fildvscf = 'dvscf' nq1=6, nq2=6, nq3=6, tr2_ph = 1.0d-12, /
ただし、 https://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/pukiwiki/index.php?QE%A4%C7%A4%CE%BF%B6%C6%B0%A5%E2%A1%BC%A5%C9%B7%D7%BB%BB%A5%E1%A5%E2 を参考に、元のファイルを epsil = .true., に書き換えております。 epsil = .false., とした場合、エラーが出ずに正常に計算が進むのですが、1時間たっても計算が終了しません。
MPI_ABORT was invoked ... のエラーの原因や解決方法についてお知恵をおかしいただけたら幸いです。 よろしくお願いいたします。
UnderSlope
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4 years ago お世話になっております．
上記の件ですが，入力ファイルを見直したところ，解決いたしました． アドバイスをいただき，ありがとうございました．
wistaria
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4 years ago 返事が遅くなりすみません。無事動いたとのことよかったです。 今後もよろしくお願いいたします
始めて質問をさせていただきます． Quantum Espressoによる第一原理計算の勉強を始めたばかりの者です． バージョンは，MateriApps LIVE!が3.1，Quantum Espressoが6.6です． 現在，以下のサイトを参考に，グラフェンのscf計算をしようとしているのですが，上手くいかないため，質問させていただきました．
/media/sf12. に graphene.scf.in および C.pz-van_ak.UPF を置き，/home/user にqe-6.6を置いている状態で， cd /media/sf12. によって/media/sf12. に移動し， /home/user/qe-6.6/bin/pw.x < graphene.scf.in > graphene.scf.out を行ったところ，
At line 328 of file io_files.f90 (unit = 4, file = './work/graphene.save/test0') Fortran runtime error: File cannot be deleted
Error termination. Backtrace:
0 0x7f2d653c58b0 in ???
1 0x7f2d653c6395 in ???
2 0x7f2d653c6b1a in ???
3 0x7f2d655b0234 in ???
4 0x55bcaccb2188 in __io_files_MOD_check_writable
5 0x55bcaccb2b21 in __io_files_MOD_create_directory
6 0x55bcaca49002 in __io_rho_xml_MOD_write_scf
7 0x55bcac9a4e8c in electronsscf
8 0x55bcac9b26e8 in electrons_
9 0x55bcacacdaf6 in runpwscf
10 0x55bcac99f2ad in pwscf
11 0x55bcac99efae in main
というエラーが出ました．この解決方法を教えていただけないでしょうか． 当方，PCについての知識が乏しいため，十分な解決手段を試せておりません．
よろしくお願いいたします．
参考にしたサイト http://www.cmpt.phys.tohoku.ac.jp/~koretsune/SATL_qe_tutorial/graphene_banddos.html#scf http://blog.fujioizumi.verse.jp/?eid=331