gdurif
commented
3 years ago Pour RF estimation parametre microsat et/ou sequences il faut aussi faire figurer les parametres mutationels.
Ces parametres (appellation correcte = comme dans le reftableRF.bin) sont au debut de la derniere lignes du headerRF.txt JUSTE APRES les parametres demographiques (que tu indiques bien). Attention les parametres demographiques sont correctement exprimés dans le headerRF.txt au niveau des priors alors que les parametres mutationels non.
Avec microsat et/ou séquences, dans la partie random forest, il semble que la liste des paramètres n’est pas donnée lorsqu’on veut faire une estimation de paramètre (il est écrit « missing parameter »). Pour autant, ça fonctionne quand même : on peut tout-à-fait faire une estimation de paramètre sur le paramètre qu’on veut. Il n’y a juste pas ce « pense-bête » qui s’affiche (alors qu’il est bien présent sur mes essais avec SNPs). Toutefois, ça n’est pas annodain, car il est impossible de connaître les vrais noms des paramètres mutationnels à partir du Standalone. Il faut fouiller dans le header pour trouver, ce que beaucoup de gens ne saurons pas faire. J’imagine d’ailleurs que c’est à cause des paramètres mutationnels que ça ne marche pas pour les microsats/séquences, alors que ça fonctionne pour les SNPs.