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donEnno / gamma_delta

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3D UMAP #26

Closed donEnno closed 2 years ago

donEnno commented 2 years ago

Ist zwar nur eine Spielerei und wahrscheinlich nicht weiter nützlich, aber schau dir mal pam70_plotly_umap.html in den files an. Das ist eine 3d UMAP projection von P70 mit gamma=1.11 und 7 gefundenen Clustern.

Was in 2d aussieht, als würden sich mehrere Cluster überlagern wird in 3d zu einer klaren räumlichen Trennung. Bei Gelegenheit schaue ich mir das nochmal für ground truth vs. 90% gepruned an, das dürfte ganz spannend sein.

mbruhns commented 2 years ago

Kannst du das als Bild hochladen? Mir wird nur rohes HTML angezeigt 😅

mbruhns commented 2 years ago

Hat sich erledigt!

mbruhns commented 2 years ago

Sehr gute Idee auf jeden Fall mit der Darstellung! Kanst du das nochmal mit einer anderen Colorbar machen? Finde die Punkte teilweise etwas schwierig zu differenzieren.

Alt Text

donEnno commented 2 years ago

Falls das mit der PowerPoint so klappt wie ich es mir vorstelle, findest du dort 6 3D Plots mit rentnergerechter Farbwahl und verschiedenen Färbungen.

Bei den "metric=precomputed" Plots fällt finde ich auf, dass manche Patienten dort sehr eng beieinander liegen. Aber alles nur Spekulation.

data_visualization.pptx

donEnno commented 2 years ago

So, jetzt ist es vollständig. Die transformierten Similaritäten scheinen ganz gut für UMAP zu funktionieren.

data_visualization.pptx

mbruhns commented 2 years ago

image image

mbruhns commented 2 years ago

Sorry habe kein passenderes Meme gefunden 😄

donEnno commented 2 years ago

Hm, das war wohl nix. Hast du einen Tipp, wie ich die .htmls am Besten teile?

mbruhns commented 2 years ago

Vielleicht einfach als ein Ordner mit den HTMLs hochladen? Kannst mir sonst auch eine Mail damit schicken, falls du das nicht alles hier hochladen möchtest.

donEnno commented 2 years ago

Ich denk mal drüber nach, wie ich die ganzen Plots und den Fortschritt hier am Besten dokumentiere. Am liebsten würde ich aber alles hochladen 👍🏼