GemmaTuron
commented
7 months ago @Inyrkz Please process the output correctly as indicated for eos2401
Open github-actions[bot] opened 7 months ago
GemmaTuron
commented
7 months ago @Inyrkz Please process the output correctly as indicated for eos2401
Inyrkz
commented
7 months ago Hi @GemmaTuron,
I checked the output of the two models. They are similar. How do I process the output for the scaffold-morphing model?
Scaffold morphing output:
(ersilia) root@codespaces-8996cf:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
{
"input": {
"key": "NQQBNZBOOHHVQP-UHFFFAOYSA-N",
"input": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]",
"text": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
},
"output": {
"outcome": [
"['Nc1nnc(Sc2c(I)cc([N+](=O)[O-])cc2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(Sc2cc(I)c([N+](=O)[O-])c([N+](=O)[O-])c2)s1', 'Nc1nnc(SNC(=S)NN[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SNNC(=S)N[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SN=N[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SN=N[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(Sc2sc3ccccc3[n+]2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(S[n+]2c([N+](=O)[O-])sc3ccccc32)s1', 'Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1', 'Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1', 'Nc1nnc(SC(O)=N[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SN=C(O)[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SCc2cccc3c2C(=O)N([N+](=O)[O-])C3=O)s1', 'Nc1nnc(SN2C(=O)c3cccc(C[N+](=O)[O-])c3C2=O)s1', 'Nc1nnc(SC(O)=NN[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SNN=C(O)[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SNN=C[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC=NN[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(Sn2nc([N+](=O)[O-])c3ccccc32)s1', 'Nc1nnc(Sc2nn([N+](=O)[O-])c3ccccc23)s1', 'Nc1nnc(SC=N[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SN=C[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SCC(=NN2Cc3ccccc3C2)[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC(C[N+](=O)[O-])=NN2Cc3ccccc3C2)s1', 'Nc1nnc(SSC(=[NH+]c2ccccc2)[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC(=[NH+]c2ccccc2)S[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC=NNc2ccc([N+](=O)[O-])cc2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(Sc2ccc(NN=C[N+](=O)[O-])c([N+](=O)[O-])c2)s1', 'Nc1nnc(SC2NN=C([N+](=O)[O-])S2)s1', 'Nc1nnc(SC2=NNC([N+](=O)[O-])S2)s1', 'Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1', 'Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1', 'Nc1nnc(SN2CC[N]CC2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC2C[N]CCN2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(Sc2c([N+](=O)[O-])oc3ccc([N+](=O)[O-])cc3c2=O)s1', 'Nc1nnc(Sc2oc3ccc([N+](=O)[O-])cc3c(=O)c2[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SSSCCCC[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SCCCCSS[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SC=NN[N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nnc(SNN=C[N+](=O)[O-])s1', 'NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1ccc2c(c1)CCN2Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCc2cc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)ccc21', 'NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1', 'NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1', 'Nn1cccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1cccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nc1noc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)no1', 'NC1=CC=CC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1', 'NC1C=CC=C(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1', 'Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1', 'NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nn1cnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1ncn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1', 'Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1', 'NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nc1nc2ccccc2n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nn1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nc2ccccc21', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCC[C@@H]1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'N[C@H]1CCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCOC(CBr)(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1', 'NC1(CBr)CN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CCO1', 'Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1', 'Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1', 'NCC(O)=NN=CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NC=NN=C(O)CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nc1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)ccn1', 'Nc1ccnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c2ccccc21', 'Nc1cn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c2ccccc12', 'NN1CCC2(S)CC1C(O)(Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)C2O', 'NC1(O)C2CC(S)(CCN2Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1O', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nn1[nH]c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1=S', 'Nc1cc(=S)n(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)[nH]1', 'Nn1ccnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCC[C@@H]2C(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)CCC[C@H]21', 'NC1CCC[C@@H]2[C@@H]1CCCN2Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1c(CCl)noc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1onc(CCl)c1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCCC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NC1CCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nn1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1nnn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nn1nc(-c2ccccc2)cc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1cc(-c2ccccc2)nn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1', 'Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1', 'Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1', 'Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cn1', 'Nc1cnn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1', 'Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)no1', 'Nc1noc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1', 'Nc1nc2ccccc2nc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1', 'Nc1nc2ccccc2nc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1']"
]
}
}Scaffold Decorator output:
(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
{
"input": {
"key": "NQQBNZBOOHHVQP-UHFFFAOYSA-N",
"input": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]",
"text": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
},
"output": {
"outcome": [
"['c1csc(Sc2nccs2)n1', 'C1=NNCC(c2nccs2)=C1', 'c1csc(CCNC2CCOCC2)n1', 'c1csc(-n2cc[nH]c2=NNN2CCCCC2)n1', 'c1ccc([P+](CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCc2nccs2)(c2ccccc2)c2ccccc2)cc1', 'c1csc(C2CNCCNC2)n1', 'O=C(C=Cc1cn[nH]c1)c1nccs1', 'OC(=NC1CCOC1)N1CCCC1c1nccs1', 'c1csc(CCC2COCCCN2)n1', 'OCCCCCCc1n[nH]c(=NCc2nccs2)o1', 'c1cnc(Sc2nccs2)cn1', 'c1csc(CN=c2[nH]ncs2)n1', 'NC1CCC(O)=NC1c1nccs1', 'O=C(CCCCl)N1CCN(Cc2nccs2)CC1', 'ICCc1nccs1', 'c1noc(CCc2nccs2)n1', 'O=P([O-])([O-])CCCN1CCNCCN(CCCc2nccs2)CC1', 'c1csc([C@@H]2NCCS2)n1', 'O=C(O)[C@H]1CC[C@@H](Sc2nccs2)CC1', 'C1=C(CSc2nccs2)CCCC1', 'Nc1c(S(N)(=O)=O)cnn1-c1nccs1', 'O=S(=O)(CCCCCl)N1CCN(c2nccs2)CC1', 'BrCCC[C@@H]1CCCN1Cc1nccs1', 'NC(=S)c1nccs1', 'c1csc(CCN2CCCCCC2)n1', 'c1csc(CS[C@H]2CCNC2)n1', 'S=C1CCCN1c1nccs1', 'c1csc(Sc2nccs2)n1', 'c1csc(C[C@@H]2CCCCN2)n1', 'NC(Cc1nc[nH]n1)c1nccs1', 'O=C(NI)c1nccs1', 'c1csc(CCCN2CCNCC2)n1', 'ClCc1cnc(Sc2nccs2)c(Cl)c1', 'Clc1cccc(-n2[nH]nnc2=NCc2nccs2)c1', 'BrCCCCCc1nccs1', 'C1=C(c2nccs2)CNCC1', 'c1csc(-c2cnc[nH]2)n1', 'c1csc(-c2ccsn2)n1', 'c1csc(CCC[C@H]2CCCN2)n1', 'PNCc1nccs1', 'O=S(=O)(c1nccs1)c1ncccc1Br', 'O=C(Cc1nncs1)c1nccs1', 'O=C(Cc1nccs1)Cc1ccc(Cl)cc1Br', 'FC(F)(F)CCN1CCC(Nc2nccs2)CC1', 'OC(=N[C@@H](CCCl)c1nccs1)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1', 'c1ccc(P(CCc2nccs2)c2ccccc2)cc1', 'OC(c1nccs1)C1CC1Cl', 'O=S(=O)(CC1CCCCN1)Nc1nccs1', 'c1csc(C2CNCCCO2)n1', 'c1csc(CNc2cscn2)n1', 'S=[SH]c1nccs1', 'c1csc(CCN2CCC2)n1', 'C1=NCCN=C1c1nccs1', 'c1csc(N2CCNCCNCC2)n1', 'c1cc(OCc2nccs2)cnn1', 'c1csc(CNCC2CCCC2)n1', 'c1csc(C2NCCCN2)n1', 'c1csc(CN(CCN2CCCC2)C2CC2)n1', 'c1csc(C[C@H]2C[C@H]2CC2CCCC2)n1', 'c1cc(CNCc2nccs2)on1', 'OCCCCNc1noc(-c2nccs2)n1', 'Nc1nnn(C2CCCCC2)c1-c1nccs1', 'FC(F)(F)COCCCc1nccs1', 'c1csc(NCc2cscn2)n1', 'C1=C(c2nccs2)CCN1', 'c1csc(CNc2ccon2)n1', 'Brc1cccnc1NCc1nccs1', 'NC(CS[C@H]1CCCCNC1)Cc1nccs1', 'c1csc(CCCC2CCCNC2)n1', 'c1csc(SCCn2cncn2)n1', 'c1csc(CCSc2nncs2)n1', 'O=C(Nc1nccs1)Nc1ccnn1C1CCCC1', 'c1csc(N2CCNCC2)n1', 'O=C(CCc1nccs1)c1cncs1', 'c1csc(CPC2CCCCC2)n1', 'Sc1nnc(-c2nccs2)n1CCc1nnco1', 'c1csc(CN=c2[nH]cc[nH]2)n1', 'c1csc(NC2CCNCC2)n1', 'FC(F)(F)CCNCCCc1noc(-c2nccs2)n1', 'c1csc(CSCc2cnns2)n1', 'BrC(Br)(Br)CCNc1nccs1', 'c1csc(NCc2cc[nH]c2)n1', 'c1csc([C@@H]2OCCC[C@H]2NC2=NCCN2)n1', 'O=C(CCN1CCCCCC1)Cc1nccs1', 'c1csc(S[C@H]2CCNC2)n1', 'c1csc(CCN=c2nc[nH]s2)n1', 'c1csc(CNC2CCCSC2)n1', 'C1=C(c2nccs2)CCNC1', 'c1csc(C2=NCCS2)n1', 'NC(CN1CCC1)c1nccs1', 'c1cc(-c2nccs2)ccn1', 'c1csc(CN2CCCCCCCCC2)n1', '[O-][S@@+](CCN1CCCCCC1)Cc1nccs1', 'c1csc(CN2CCCOCC2)n1', 'c1csc(OC2CCNC2)n1', 'c1csc(C2CCCN2CCC2COCCN2)n1', 'Clc1ccc(-n2nnnc2SCc2nccs2)cc1', 'OCCC#CCCSc1nncs1', 'FC(F)(F)CCCSc1nncs1', 'FC(F)(F)CCCSCc1nncs1', 'SCCc1nncs1', 'OCOCOSc1nncs1', 'FC(F)(F)CCN(Cc1nncs1)CC(F)(F)F', 'OCCCCCSc1nncs1', 'O=C(NOCCSCCC(F)(F)F)c1nncs1', 'ClC(Cl)(Cl)/C=N\\\\OCCSc1nncs1', 'N#CCC(N)=[NH+]CCS(=O)(=O)c1nncs1', 'BrCCCC=Nc1nncs1', 'O=C(c1nncs1)C(F)(F)F', 'O=C(OCCSC(F)(F)F)c1nncs1', 'O=P([O-])([O-])CCCCc1nncs1', 'OCc1nncs1', 'O=S(=O)(Cl)Cc1nncs1', 'OC(CSc1nncs1)=NCC(F)(F)F', 'NC(CC(=O)O)=NC(=O)c1nncs1', 'SCCc1nncs1', 'OCCCCSc1nncs1', 'O=S(=O)(NO)c1nncs1', 'SNc1nncs1', 'SC=NCc1nncs1', 'FC(F)(F)CCCc1nncs1', 'O=S=NCc1nncs1', 'FC(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)CCSc1nncs1', 'FC(F)(F)CSCCSCc1nncs1', 'S=C=NCc1nncs1', 'O=C(O)c1nncs1', 'ClC(Cl)Sc1nncs1', '[Si-]=[O+]SCCCCc1nncs1', 'O=C(O)[C@@H](CSCCc1nncs1)N=CO', 'O=S(=O)([O-])[C@H](C#[N+][O-])c1nncs1', 'c1nnc(CN=c2[nH]ncs2)s1', 'c1nnc(C2CCCCNC2)s1', 'O=CCOCCOCc1nncs1', '[O-][S+](Cc1nncs1)CC(F)(F)C(F)F', 'OCCSCCCSCc1nncs1', 'O=S(=O)(Cl)c1nncs1', 'OCCCCCCOCCc1nncs1', 'OC(=Nc1nncs1)C(Cl)(Cl)Cl', 'O=C(C=CS(=O)(=O)c1nncs1)C(F)(F)F', 'ClCCCCC=Nc1nncs1', 'O=NCc1nncs1', 'ClCCCCCNc1nncs1', 'FC(F)(F)CCCCc1nncs1', 'IP=[SH]c1nncs1', 'O=S(=O)(CCCC(F)(F)F)NCCCc1nncs1', 'O=C(NCCc1nncs1)N[C@@H](CO)CC(F)(F)F', 'FCCCCCSc1nncs1', 'O[C@@H](CSc1nncs1)CC(F)(F)F', 'O=S(=O)(O)c1nncs1', 'NC(=O)C(S)=NC(O)=Nc1nncs1', 'ClC(Cl)(Cl)OCCSc1nncs1', 'ClNCCc1nncs1', 'O=C(CCC(F)(F)F)c1nncs1', 'ISc1nncs1', 'NS(=O)(=O)Nc1nncs1', 'ClC(Cl)(Cl)Sc1nncs1', '[O-][S+](c1nncs1)C(F)F', 'NNC=NS(=O)(=O)c1nncs1', 'O=S([O-])Oc1nncs1', 'O=[N+]([O-])/C=C\\\\c1nncs1', 'O=S([O-])c1nncs1', 'O=C(CBr)c1nncs1', 'S=NC(=S)NNC(=S)N/N=C/c1nncs1', 'OCCCCCCCCCCCCCNC(=S)NCCc1nncs1', 'F[C@H](S)c1nncs1', 'FC(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)c1nncs1', 'Br/C=C/c1nncs1', 'FC(F)(F)CC/C=N\\\\Nc1nncs1', '[O-][S+](CCCCl)Cc1nncs1', 'OCCCCCc1nncs1', 'FCCC=Nc1nncs1', 'FC(F)(F)C(F)(F)CSc1nncs1', 'ClCCCCc1nncs1', 'O=S(=O)(CCC(F)(F)F)Cc1nncs1', 'O=C(O)CCCC(O)=NNC(CCCC(=O)O)=NCc1nncs1', 'O=CCc1nncs1', 'O=S(=O)(NCCc1nncs1)NCC(F)(F)F', 'OCC[Se]CCc1nncs1', 'FC(F)(F)C(F)(F)CCSc1nncs1', 'BrCCCCSc1nncs1', 'O=C([O-])[C@@H](Cc1nncs1)NP.[Al+].[H].[H]', 'FCCCCSc1nncs1', 'O=C(O)CCCCCCCCc1nncs1', 'SCCCCSc1nncs1', 'O[C@H](c1nncs1)C(F)(F)C(F)(F)F', 'ISNc1nncs1', 'ISc1nncs1', 'ClC(Cl)(Cl)CCSc1nncs1', 'SCCCSc1nncs1', 'BrCCCOCCc1nncs1', 'OC(=NCCCC(F)(F)F)NCCc1nncs1', 'O=S(=O)(Cc1nncs1)NCCCCCCO', 'OCCCCCCCCCCCCCCCCCCCc1nncs1']"
]
}
}Hi @Inyrkz
We want to have a .csv file where one column equals to one smiles, you simply need to change how the output is parsed. You can have a look at other generative models (for example, eos8fma) to see how we did it in that case.
Inyrkz
commented
7 months ago Okay
Inyrkz
commented
7 months ago For documentation purpose, this is the output of the eos8fma model
{
"input": {
"key": "HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N",
"input": "CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O",
"text": "CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O"
},
"output": {
"outcome": [
"CC(=O)C(C)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(Cl)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)S)cc1",
"CC(Br)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(O)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(N)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(S)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(I)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"C=C(O)C(C)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(N)=O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(O)=S)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)Cl)cc1",
"CC(F)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=N)O)cc1",
"CC([O-])Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)I)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)[O-])cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)NO)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)CO)cc1",
"CCC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)SO)cc1",
"CC(C)CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CNC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(O)=C=O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)OO)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(O)=S=O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(Br)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(O)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(S)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(N)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C([O-])C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(Cl)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(I)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(F)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)CC(=O)O)cc1",
"C=[SH]C(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(CBr)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(CO)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)NCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(CS)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)SC(=O)O)cc1",
"CCC(C(=O)O)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)SCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C#N)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)ON)cc1",
"C=CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CNC(C(=O)O)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)OCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(CN)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)OS)cc1",
"CC(C[O-])Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)OC(=O)O)cc1",
"COC(=O)C(C)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)NC(=O)O)cc1",
"CC(C=N)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"C#CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)OI)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O[O-])cc1",
"C=NC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(CCl)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C#[SH])Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)OBr)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C)C(O)=NO)cc1",
"CS#CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CC(S)Cl)cc1",
"CCC([O-])Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"C#CC(C(=O)O)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"C=CC(C(=O)O)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(CF)C(=O)O)cc1",
"CCC(N)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(CN)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C#[SH])C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C=S)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C[O-])C(=O)O)cc1",
"CCC(Cl)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(CS)C(=O)O)cc1",
"CCC(S)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(C=O)C(=O)O)cc1",
"C=C([SH]=O)C(C)c1ccc(CC(C)C)cc1",
"CC(C)c1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CI)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCl)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(C[SH](C)C)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CF)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CBr)cc1",
"CC(C)Cc1cccc(C(C)C(=O)O)c1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CN(C)C)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(CC(C)C(=O)O)cc1",
"CC(O)CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CCCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"C=C(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(=N)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(=O)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(=S)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(C(=O)O)cc1",
"CC(C)=CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCF)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCI)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CC=O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCCl)cc1",
"C=CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CC[O-])cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCBr)cc1",
"C#CCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CC#N)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCO)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CCN)cc1",
"CCCCc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(CC(Br)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(CC(I)C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(CC([O-])C(=O)O)cc1",
"CC(C)Cc1ccc(CC(=O)O)cc1",
"CC(C(=O)O)c1ccc(CC2C=C2)cc1",
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null,
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]
}
}
It's easier to read this way. Should the range also be 1000? I'll use 1000 just in case
Inyrkz
commented
7 months ago This is what the output for the scaffold-morphing model looks like now.
(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
{
"input": {
"key": "NQQBNZBOOHHVQP-UHFFFAOYSA-N",
"input": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]",
"text": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
},
"output": {
"outcome": [
"Nc1nnc(SN2CCOC([N+](=O)[O-])C2)s1",
"Nc1nnc(SC2CN([N+](=O)[O-])CCO2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnc([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnn([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nc(-c3cccs3)cc2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2cc(-c3cccs3)nn2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCCC2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC2CCCN2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nc3c4c2CCCC4CN([N+](=O)[O-])C3)s1",
"Nc1nnc(SN2Cc3nn([N+](=O)[O-])c4c3C(CCC4)C2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SC([O-])=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=C([O-])[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1nnc(Sn2ncc3c([N+](=O)[O-])[nH]nc32)s1",
"Nc1nnc(Sc2[nH]nc3c2cnn3[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2C3CC2CN([N+](=O)[O-])C3)s1",
"Nc1nnc(SN2CC3CC(C2)N3[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc3c(c2)N([N+](=O)[O-])CCN3)s1",
"Nc1nnc(SN2CCNc3ccc([N+](=O)[O-])cc32)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnc3cc([N+](=O)[O-])ccc32)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc3c(c2)nnn3[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=C(O)NN=C(O)[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC(O)=NNC(O)=N[N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCCCC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1CCCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1cccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1c(Br)cnn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1ncc(Br)c1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc2c(n1)-c1ccccc1CC21CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC2(CC1)Cc1ccccc1-c1nc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)ccc12",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cn1",
"Nc1cnn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"Nn1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc2c(Br)ccnc21",
"Nc1cc2c(Br)ccnc2n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(=O)C(O)=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=C(O)C(=O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"NN1CCC[C@@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"N[C@@H]1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"Nn1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc2c(S)cccc21",
"Nc1cc2c(S)cccc2n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCc2ccccc2[C@H]1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[C@@H]1c2ccccc2CCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NS(=O)(=O)N=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NS(=O)(=O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nn1nc(I)cc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cc(I)nn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cs1",
"Nc1csc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccc2ncc(Br)nc2c1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)ccc2ncc(Br)nc12",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"NN1CCC[C@@H]1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[C@H]1CCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[NH+]1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CC[NH+](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1ccc2c(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cccc21",
"Nc1cccc2c1ccn2Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCC[C@H]1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[C@@H]1CCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCC2(CC1)CN(Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)CCO2",
"NN1CCOC2(CCN(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)CC2)C1",
"Nc1ccc2c(c1)N=C1N=CNN1[C@@H]2Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[C@@H]1c2ccc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cc2N=C2N=CNN21",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1Cn2c(ccc2Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)N1",
"Nc1ccc2n1CC(Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)N2",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NCC(=O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(=O)CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(CCl)n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1c(CCl)nnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)ccc1=S",
"Nc1ccc(=S)n(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1",
"Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1",
"Nc1noc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)no1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c2ccccc2n1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nc2ccccc12"
]
}
}I'm using a range of 1000, but there are no nulls here.
Inyrkz
commented
7 months ago For two inputs.
(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "['C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]','CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O']"
{
"input": {
"key": "NQQBNZBOOHHVQP-UHFFFAOYSA-N",
"input": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]",
"text": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
},
"output": {
"outcome": [
"Nc1nnc(Sc2c3nc(cc4ccc([nH]4)c(-c4ccccc4)c4ccc([nH]4)c([N+](=O)[O-])c4nc2C=C4)C=C3)s1",
"Nc1nnc(Sc2c3nc(c([N+](=O)[O-])c4nc(cc5ccc([nH]5)c(-c5ccccc5)c5ccc2[nH]5)C=C4)C=C3)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnn([N+](=O)[O-])c2=O)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnn([N+](=O)[O-])c2=O)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnc([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnn([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sn2[nH]c(-c3ccccc3)cc2=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=c2cc(-c3ccccc3)[nH]n2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2nc([N+](=O)[O-])no2)s1",
"Nc1nnc(Sc2noc([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCC([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SC2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCC[C@H]([N+](=O)[O-])C2)s1",
"Nc1nnc(S[C@H]2CCCN([N+](=O)[O-])C2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=C(O)[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC(O)=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CC=C([N+](=O)[O-])[C@H]3CCCC[C@@H]32)s1",
"Nc1nnc(SC2=CCN([N+](=O)[O-])[C@H]3CCCC[C@H]23)s1",
"Nc1nnc(Sn2cc([N+](=O)[O-])cn2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cnn([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(SN=C(O)[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC(O)=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sn2[nH]c(-c3nccs3)nc2=N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN=c2nc(-c3nccs3)[nH]n2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CC=C([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SC2=CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCO[C@H]3[C@H](O)[C@@H]([N+](=O)[O-])[C@@H]32)s1",
"Nc1nnc(S[C@@H]2[C@@H](O)[C@@H]3OCCN([N+](=O)[O-])[C@H]32)s1",
"Nc1nnc(Sn2c3ccccc3c3nc(=N[N+](=O)[O-])[nH]cc32)s1",
"Nc1nnc(SN=c2nc3c4ccccc4n([N+](=O)[O-])c3c[nH]2)s1",
"Nc1nnc(Sn2ncc([N+](=O)[O-])cc2=S)s1",
"Nc1nnc(Sc2cnn([N+](=O)[O-])c(=S)c2)s1",
"Nc1nnc(Sn2c([N+](=O)[O-])nc3ccccc32)s1",
"Nc1nnc(Sc2nc3ccccc3n2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sc2c(Cl)cc(Cl)cc2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2cc(Cl)cc(Cl)c2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sn2c([N+](=O)[O-])nc3c2CCCC3)s1",
"Nc1nnc(Sc2nc3c(n2[N+](=O)[O-])CCCC3)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"NCCSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NCCSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1=CCC(=CSc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C=C1",
"NC=C1C=CC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)=CC1",
"Nn1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)ccc1=S",
"Nc1ccc(=S)n(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nn1",
"Nc1cn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nn1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"Nn1nc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)nn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1COC(S)=N[C@@H]1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"N[C@H]1N=C(S)OCC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC=CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC=CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCOC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CCO1",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cn1",
"Nc1cnn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"NC(O)=NN=CSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC=NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1cccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1",
"Nc1nnc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)o1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCCCC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1CCCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"N[C@H]1N[C@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)[C@H]2CC[C@H]21",
"N[C@H]1N[C@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)[C@@H]2CC[C@@H]21",
"Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"Nc1cccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c1",
"NC1CC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1CC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCOCC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1COCCN1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1Cl",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c(Cl)c1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccc([N+](=O)[O-])cc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cc([N+](=O)[O-])ccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1=CC[C@@]2(O)[C@@H](N)CCc3ccccc3[C@]2(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1=CC[C@@]2(O)[C@@H](Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)CCc3ccccc3[C@]2(N)C1",
"Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1cccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1cccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=C(O)N1c2c[nH]nc2C=CC1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NC1C=Cc2n[nH]cc2N1C(O)=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nn1ccnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nc2cc(Br)ccc21",
"Nc1nc2cc(Br)ccc2n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1"
]
}
}
{
"input": {
"key": "HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N",
"input": "CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O",
"text": "CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O"
},
"output": {
"outcome": [
"CC(C)CSCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCSC(C)C(=O)O",
"CC(C)CN1CCN(C(C)C(=O)O)CC1",
"CC(C)CN1CCN(C(C)C(=O)O)CC1",
"CC(C)CCCCCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCCCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)CC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CNC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)NC(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)NC(C)C(=O)O",
"CC(C)CNC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CN=C([O-])CCS(=O)(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CS(=O)(=O)CCC([O-])=NC(C)C(=O)O",
"CC(C)CN=C(O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(O)=NC(C)C(=O)O",
"CC(C)COC(=O)CC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCC(=O)OC(C)C(=O)O",
"CC(C)CNC[C@@H]1CC[NH+](C(C)C(=O)O)C1",
"CC(C)C[NH+]1CC[C@@H](CNC(C)C(=O)O)C1",
"CC(C)CC(=O)N=NSC(C)C(=O)O",
"CC(C)CSN=NC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)COCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCOC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCSC(C)C(=O)O",
"CC(C)CSCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)NCCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCCNC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)C[S@+]([O-])C(C)C(=O)O",
"CC(C)C[S@@+]([O-])CC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)C[C@@H]1CC[NH+](CC(C)C(=O)O)C1",
"CC(C)CC[NH+]1CC[C@@H](C(C)C(=O)O)C1",
"CC(C)CSCC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)CSC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCn1c(C(C)C(=O)O)noc1=O",
"CC(C)Cc1noc(=O)n1CC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCNC(=O)NC(C)C(=O)O",
"CC(C)CNC(=O)NCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCNC(C)C(=O)O",
"CC(C)CNCC(C)C(=O)O",
"CC(C)COC(=O)[C@H](Cc1nc(CC(C)C)no1)C(C)C(=O)O",
"CC(C)COC(=O)[C@H](Cc1nc(C(C)C(=O)O)no1)CC(C)C",
"CC(C)CCNCCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCCNCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCN=C(S)OCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCOC(S)=NCC(C)C(=O)O",
"CC(C)CC(=O)NC(C)C(=O)O",
"CC(C)CNC(=O)C(C)C(=O)O",
"CC(C)CCC(=O)Nc1nc(C(C)C(=O)O)cs1",
"CC(C)Cc1csc(NC(=O)CC(C)C(=O)O)n1",
"CC(C)CC(=O)CC(C)C(=O)O",
"CC(C)CCC(=O)C(C)C(=O)O"
]
}
}
(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# @GemmaTuron, please let me know if this is okay so I can create a PR.
Inyrkz
commented
7 months ago @GemmaTuron
This is the updated output
(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
{
"input": {
"key": "NQQBNZBOOHHVQP-UHFFFAOYSA-N",
"input": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]",
"text": "C1=C(SC(=N1)SC2=NN=C(S2)N)[N+](=O)[O-]"
},
"output": {
"outcome": [
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnc([N+](=O)[O-])s2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccccc2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2ccccc2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sn2nnc([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnn([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nc3ccc([N+](=O)[O-])cc3[nH]2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc3nc([N+](=O)[O-])[nH]c3c2)s1",
"Nc1nnc(SP(=O)([O-])N=C[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC=NP(=O)([O-])[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)s1",
"Nc1nnc(Sn2cc3ccnc([N+](=O)[O-])c3n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nccc3cn([N+](=O)[O-])nc23)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(SNC(S)=NN=C(O)[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SC(O)=NN=C(S)N[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(SN2CCC([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SC2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SC2C([N+](=O)[O-])COCCN2c2cc(F)cc(F)c2)s1",
"Nc1nnc(SC2COCCN(c3cc(F)cc(F)c3)C2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sn2c([N+](=O)[O-])nc3ccccc32)s1",
"Nc1nnc(Sc2nc3ccccc3n2[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2cc3ccccc3[n+]([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(S[n+]2cc([N+](=O)[O-])cc3ccccc32)s1",
"Nc1nnc(SN2C3CCC2CN([N+](=O)[O-])C3)s1",
"Nc1nnc(SN2CC3CCC(C2)N3[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sn2nnc([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(Sc2nnn([N+](=O)[O-])n2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(SN2CCN([N+](=O)[O-])CC2)s1",
"Nc1nnc(Sc2sc3nc([N+](=O)[O-])c4c(c3c2N)CCCC4)s1",
"Nc1nnc(Sc2nc3sc([N+](=O)[O-])c(N)c3c3c2CCCC3)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])nn2)s1",
"Nc1nnc(Sc2ccc([N+](=O)[O-])nn2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccc([N+](=O)[O-])c2)s1",
"Nc1nnc(SN2C3CCCC2CC([N+](=O)[O-])C3)s1",
"Nc1nnc(SC2CC3CCCC(C2)N3[N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nnc(Sc2cnc3c([N+](=O)[O-])cccn23)s1",
"Nc1nnc(Sc2cccn3c([N+](=O)[O-])cnc23)s1",
"Nn1cnc2sc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cc2c1=S",
"Nc1cc2c(=S)n(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cnc2s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nc2c1CCCC2",
"Nc1nc2c(n1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)CCCC2",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC[C@@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"N[C@@H]1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1C2CC3CCC2(CS1(=O)=O)C3(Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)C(O)=NC1CCCCC1",
"NC1(C(O)=NC2CCCCC2)C2CCC13CS(=O)(=O)N(Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1)C3C2",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1cc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)nn1",
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"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1ncc2nc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)ccc21",
"Nc1ccc2c(cnn2Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nn1ccnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1ncnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1ncnn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1ccc2c(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)ncnc21",
"Nc1ncnc2c1ccn2Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"Nn1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1C(F)(F)F",
"Nc1cc(C(F)(F)F)n(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nn1oc2ccccc2c1=NSc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN=c1c2ccccc2on1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1nccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nn1ccnc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)c(C2CCNN2)s1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)sc1C1CCNN1",
"NN1CCOC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CCO1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"Nc1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)cc1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1cccc1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"Nc1cccn1Sc1ncc([N+](=O)[O-])s1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1=N[C@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"N[C@@H]1CCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)=N1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nn1ccc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1ccn(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"NN1CC=C(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NC1=CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCCC(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NC1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"NN1CCO[C@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"N[C@@H]1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CCO1",
"Nc1n[nH]c(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n1",
"Nc1nc(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)n[nH]1",
"NN1CCC[C@H](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"N[C@H]1CCCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)C1",
"Nn1ccc2ccc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cc21",
"Nc1ccc2ccn(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)c2c1",
"NN1CC[NH+](Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"N[NH+]1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"NN1CCN(Sc2ncc([N+](=O)[O-])s2)CC1",
"Nc1ccc2[nH]cc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)c2c1",
"Nc1c[nH]c2ccc(Sc3ncc([N+](=O)[O-])s3)cc12",
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(ersilia) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia#
I'll create a PR
Inyrkz
commented
7 months ago The code is failing for the scaffold-decoration model.
I'm trying to understand why it works for scaffold-morphing and not for scaffold-decoration. It seems it has to do with the null output.
14:04:16 | DEBUG | InputShapeSingle shape: Single
14:04:16 | DEBUG | API eos2401:run initialized at URL http://127.0.0.1:41251
14:04:16 | DEBUG | Schema not yet available
14:04:16 | INFO | No empty output available
14:04:16 | DEBUG | Meta: None
14:04:16 | DEBUG | Posting to run
14:04:16 | DEBUG | Batch size 100
14:04:19 | DEBUG | Schema not yet available
14:05:55 | DEBUG | Status code: 200
14:05:55 | DEBUG | Schema not yet available
14:05:55 | DEBUG | Done with unique posting
14:05:55 | DEBUG | Metadata needs to be calculated
14:05:55 | DEBUG | These are the results for API run
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14:05:55 | WARNING | Output data types are not consistent. Continuing anyway, but removing output shape.
[]
🚨🚨🚨 Something went wrong with Ersilia 🚨🚨🚨
Error message:
'NoneType' object does not support item assignment
If this error message is not helpful, open an issue at:
- https://github.com/ersilia-os/ersilia
Or feel free to reach out to us at:
- hello[at]ersilia.io
If you haven't, try to run your command in verbose mode (-v in the CLI)
- You will find the console log file in: /root/eos/current.logCheck how are you passing the Null results in one vs the other maybe!
Inyrkz
commented
7 months ago Alright
Inyrkz
commented
7 months ago Could the error be because the first test input gave an output list of 1000 None, while the second test input has some strings and None in the list?
GemmaTuron
commented
7 months ago IT could be, if you try again does it still happen?
Inyrkz
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7 months ago It works when I change the last line from writer.writerow(o) to writer.writerow([o]), but the output won't be what we want. I'll keep trying.
16:11:11 | DEBUG | InputShapeSingle shape: Single
16:11:11 | DEBUG | API eos2401:run initialized at URL http://127.0.0.1:45277
16:11:11 | DEBUG | Schema not yet available
16:11:11 | INFO | No empty output available
16:11:11 | DEBUG | Meta: None
16:11:11 | DEBUG | Posting to run
16:11:11 | DEBUG | Batch size 100
16:11:15 | DEBUG | Schema not yet available
16:12:52 | DEBUG | Status code: 200
16:12:52 | DEBUG | Schema not yet available
16:12:52 | DEBUG | Done with unique posting
16:12:52 | DEBUG | Metadata needs to be calculated
16:12:52 | DEBUG | These are the results for API run
16:12:52 | DEBUG | [{'input': {'key': 'LUHMMHZLDLBAKX-UHFFFAOYSA-N', 'input': 'CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O', 'text': 'CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O'}, 'output': {'outcome': ['[None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, 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'smi_991', 'smi_992', 'smi_993', 'smi_994', 'smi_995', 'smi_996', 'smi_997', 'smi_998', 'smi_999']}}}
16:12:52 | DEBUG | API schema saved at /root/eos/dest/eos2401/api_schema.json
16:12:54 | DEBUG | Fetching eos2401 done in time: 0:06:01.329695s
16:12:54 | INFO | Fetching eos2401 done successfully: 0:06:01.329695
16:12:54 | DEBUG | Running standard CSV example
16:12:54 | DEBUG | /root/eos/dest/eos2401/example_standard_input.csv
16:12:54 | DEBUG | /root/eos/dest/eos2401/example_standard_output.csv
16:12:58 | DEBUG | Usage: ersilia [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
🦠 Welcome to Ersilia! 💊
Options:
--version Show the version and exit.
-v, --verbose Show logging on terminal when running commands.
-s, --silent Do not echo any progress message.
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Commands:
api Run API on a served model
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card Get model info card
catalog List a catalog of models
clear Clear ersilia
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current Get identifier of current model
delete Delete model from local computer
example Generate input examples for the model of interest
fetch Fetch model from Ersilia Model Hub
info Get model information
run Run a served model
sample Sample inputs and model identifiers
serve Serve model
test Test a model
16:12:58 | DEBUG | No need to use Conda!
16:12:58 | DEBUG | ersilia serve eos2401
🚀 Serving model eos2401: scaffold-decoration
URL: http://127.0.0.1:56059
PID: 89115
SRV: conda
👉 To run model:
- run
💁 Information:
- info
16:13:03 | DEBUG | ersilia example -n 3 -c -f /root/eos/dest/eos2401/example_standard_input.csv
16:13:05 | DEBUG | ersilia -v run -i /root/eos/dest/eos2401/example_standard_input.csv -o /root/eos/dest/eos2401/example_standard_output.csv > /root/eos/dest/eos2401/standard_run.log 2>&1
16:16:53 | DEBUG | ersilia close
⛔ Model eos2401 closed
16:16:55 | DEBUG | File /root/eos/dest/eos2401/example_standard_output.csv created successfully!
16:16:55 | DEBUG | Removing log file: /root/eos/dest/eos2401/standard_run.log
[]
👍 Model eos2401 fetched successfully!
If you use the writerow with [o] it works? it must be an issue with the header length vs number of smiles or something on those lines then
Inyrkz
commented
7 months ago I checked, the header length and the output list size are 1000.
I want to check why this molecule CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O gives null output throughout.
Inyrkz
commented
7 months ago This is what I've learned so far
The error "'NoneType' object does not support item assignment" typically occurs when you try to modify or assign a value to an element of an object that is None. To fix this error, you need to ensure that the object you are working with is not None before attempting any item assignment.I think we are getting that error because the model is predicting None for this test molecule CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O.
It may be predicting None because it can't convert the molecule to a safe. I'm yet to confirm this.
Inyrkz
commented
7 months ago Note to self:
Also add this filter in case one of the output is None
if o is not None:Scaffold decorator give no output for the molecule.
(base) root@codespaces-5f6eac:/workspaces/ersilia# ersilia api run -i "CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O"
{
"input": {
"key": "LUHMMHZLDLBAKX-UHFFFAOYSA-N",
"input": "CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O",
"text": "CC1C2C(CC3(C=CC(=O)C(=C3C2OC1=O)C)C)O"
},
"output": {
"outcome": [
"[]"
]
}
}But that shouldn't affect the final output.
Next step: Try to filter out None in the model's output before appending to CSV file
GemmaTuron
commented
5 months ago @DhanshreeA
I am trying to fetch this model via docker, in principle it should work but it has been stuck at this step for 20 minutes:
09:10:40 | DEBUG | ersilia -v run -i /home/gturon/eos/dest/eos8bhe/example_standard_input.csv -o /home/gturon/eos/dest/eos8bhe/example_standard_output.csv > /home/gturon/eos/dest/eos8bhe/standard_run.log 2>&1
So I think there is something going on
GemmaTuron
commented
5 months ago The model is only producing outcomes for very few molecules, so clearly the processing of the input to break it down into cores needs to be improved. In addition, I see an error that appears in some cases from rdkit, seems random and from what I have read on the internet there is not a clear fix?
Range Error
idx
Violation occurred on line 222 in file /project/build/temp.linux-x86_64-cpython-310/rdkit/Code/GraphMol/ROMol.cpp
Failed Expression: 27 < 27
This model is ready for testing. If you are assigned to this issue, please try it out using the CLI, Google Colab and DockerHub and let us know if it works!