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gem-pasteur / Integron_Finder

Bioinformatics tool to find integrons in bacterial genomes
GNU General Public License v3.0
67 stars 22 forks source link

error python-pandas-0.19 #34

Closed johrollin closed 7 years ago

johrollin commented 7 years ago

Bonjour,

Nous avons installé IntegronFinder et nous avons eu un problème pour le faire fonctionner:

Commande utilisée:

integron_finder ACIAD.fasta Message d'erreur:

integrons_describe.to_csv(os.path.join(out_dir_ok, outfile), sep="\t", index=0, fillna="NA")

TypeError: to_csv() got an unexpected keyword argument 'fillna'

Sur la documentation de python-pandas 0.18 et 0.19, nous n'avons pas trouvé l'argument "fillna" pour la fonction to_csv(). Pour y remédier nous avons modifié integronfinder.py de la manière suivante:

ligne 1746 integrons_describe.to_csv(os.path.join(out_dir_ok, outfile), sep="\t", index=0, na_rep="NA")

Après cette modification, tout semble fonctionner normalement. Ce changement vous semble-t-il pertinent ?

Cordialement, J.Rollin & P.Amours LABGeM/Génoscope

bneron commented 7 years ago

quelle version d'integrons_finder avez vous utilisé?

car ce bug est déja corrigé sur master https://github.com/gem-pasteur/Integron_Finder/blob/master/integron_finder#L1773

Bertrand Néron

johrollin commented 7 years ago

Nous avons la version 1.5.0 Nous allons update en version 1.5.1

merci pour la réponse rapide