Problem displaying the reducing end for "Mass options of selected structures" menu

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1. Select a glycan (freeEnd)

   

2. Open the "Mass options of selected structures" menu

   

3. Select "redEnd"

   

4. Display a glycan having "redEnd"

   

5. Select "freeEnd"

   

6. "freeEnd" is not displayed

   

• Correct image of glycan having "redEnd" (SNFG)

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MassOptionで選択された情報は以下の流れでGlycanへ反映される

• GlycanCanvas.java@onMassOptionsStructures

  public boolean onMassOptionsStructures(Collection<Glycan> structures) {
      // open dialog
      MassOptionsStructureDialog mdlg = new MassOptionsStructureDialog(
              theParent, structures, theWorkspace.getDefaultMassOptions());
      mdlg.pack();
      mdlg.setVisible(true);
  
      if (mdlg.getReturnStatus().equals("OK")) {
          // set mass options for selected structures
          theDoc.setMassOptions(structures, mdlg.getMassOptions());
  
          // set default mass options
          theWorkspace.getDefaultMassOptions().setValues(mdlg.getMassOptions());
          // update view
          this.respondToDocumentChange = true;
          repaint();
  
          return true;
      }
      return false;
  }

• GlycanDocument.java@setMassOption

  public boolean setMassOptions(Collection<Glycan> structures,
          MassOptions common_options) {
      // set options for all structures
      boolean changed = false;
      for (Glycan structure : structures)
          changed = changed | structure.setMassOptions(common_options);
  
      if (changed) {
          fireDocumentChanged();
      }
      return changed;
  }

• Glycan.java@setMassOptions

  public boolean setMassOptions(Collection<Glycan> structures,
          MassOptions common_options) {
      // set options for all structures
      boolean changed = false;
      for (Glycan structure : structures)
          changed = changed | structure.setMassOptions(common_options);
  
      if (changed) {
          fireDocumentChanged();
      }
      return changed;
  }

• Glycan.java@setReducingEndType

  public boolean setReducingEndType(ResidueType new_type) { 
      Residue redend = getRoot();     
      if( redend!=null && redend.isReducingEnd() && !redend.isCleavage() && !redend.getTypeName().equals(new_type.getName()) ) {
          redend.setType(new_type);
          if(redend.getTypeName().equals("redEnd") || redend.getTypeName().equals("d")) {
              redend.getChildAt(0).setAnomericState('?');
          }
          if(redend.getTypeName().equals("redEnd"))
              redend.getChildAt(0).setAlditol(true);
  
          return true;
      }       
  
      return false;
  }

setReducingEndTypeでreducing endに応じてルートノードの構成を変更しているが、redEnd以外の情報が選択された際にsetAlditolの条件を変更していない\ これによりreducing endのシンボルが非表示のままになっていると考えられる

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対応策

元々の処理を維持しつつredEndが選択された際の処理を変更する

public boolean setReducingEndType(ResidueType new_type) { 
    Residue redend = getRoot();     
    if( redend!=null && redend.isReducingEnd() && !redend.isCleavage() && !redend.getTypeName().equals(new_type.getName()) ) {
        redend.setType(new_type);

        //20211215, S.TSUCHIYA add
        if (redend.getTypeName().equals("redEnd")) {
            redend.getChildAt(0).setAlditol(true);
            redend.getChildAt(0).setAnomericState('?');
            redend.getChildAt(0).setRingSize('o');
        }
        if (redend.getTypeName().equals("d")) {
            redend.getChildAt(0).setAnomericState('?');
        }
        if (!redend.getTypeName().equals("redEnd")) {
            redend.getChildAt(0).setAlditol(false);
            if (redend.getChildAt(0).getRingSize() == 'o') {
                redend.getChildAt(0).setRingSize(redend.getChildAt(0).getType().getRingSize());
            }
        }   
        return true;
    }
    return false;
}

選択されたReducing endがredEndの場合はルートノードをアルジトールをtrue、アノマー情報を?、リングサイズをoに変更する

if (redend.getTypeName().equals("redEnd")) {
    redend.getChildAt(0).setAlditol(true);
    redend.getChildAt(0).setAnomericState('?');
    redend.getChildAt(0).setRingSize('o');
}

選択されたReducing endがdの場合はルートノードのアノマー情報を?に変更する

if (redend.getTypeName().equals("d")) {
    redend.getChildAt(0).setAnomericState('?');
}

選択されたReducing endがredEnd以外だった場合はルートノードのアルジトールをfalseに変更する\ また、ルートノードが開環の場合はその単糖のデフォルトのリングサイズを割り当てる

if (!redend.getTypeName().equals("redEnd")) {
    redend.getChildAt(0).setAlditol(false);
    if (redend.getChildAt(0).getRingSize() == 'o') {
        redend.getChildAt(0).setRingSize(redend.getChildAt(0).getType().getRingSize());
    }
}   

また、冒頭の条件式が冗長なので以下のように変更する

• 変更前

  
  if( redend!=null && redend.isReducingEnd() && !redend.isCleavage() && !redend.getTypeName().equals(new_type.getName()) ) {
  ...
  }

return false;

* 変更後

if (redend == null) return false; if (!redend.isReducingEnd()) return false; if (redend.isCleavage()) return false; if (redend.getTypeName().equals(new_type.getName())) return false;

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freeEndの糖鎖構造をMass OptionsでredEndに変更し、その後別のreducing endに変更してどのように表示されるのかを確認した

• freeEnd
  • 
• redEnd
  • 
• PA
  • 
• d
  • 
• redEnd
  • 

• freeEnd

  • 

  redEndを選択した際にルートノードが開環構造に変更され、他のreducing endを選択するとそれが表示され、ルートノードは閉環構造に変更されていた\ 開環構造のreducing endから閉環構造のreducing endに変更するとアノマー情報が?になってしまうが、 任意のタイミングで変更が可能なので問題はないと思われる

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20211216, ブランチにプッシュ済