Incorrect reducing end of O-glycan templates

[e15d5605]

• Incorrect O-glycan core1

• Correct O-glycan core1

[e15d5605]

テンプレートに記録されているO結合型糖鎖のGWSに問題があると考えられる

ocore1      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p                                      O-glycan core 1
ocore2      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p                             O-glycan core 2
ocore3      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--3b1D-GlcNAc,p                                       O-glycan core 3
ocore4      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p(--3b1D-GlcNAc,p)--6b1D-GlcNAc,p                              O-glycan core 4
ocore5      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--3a1D-GalNAc,p                                       O-glycan core 5
ocore6      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--6b1D-GlcNAc,p                                       O-glycan core 6
ocore7      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--6a1D-GalNAc,p                                       O-glycan core 7
ocore8      O-glycans       freeEnd--?a1D-GalNAc,p--3a1D-Gal,p                                      O-glycan core 8

freeEndはルートノードが開環構造になっている状態を示す\ 正しい還元末端を表示する場合はredEndでなければならない

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Add Structure機能を実行した時に参照された関数に以下の処理を追加している\ TODO: bitbucketのリポジトリを探索する

• 変更前

  
  /**

• Add a new structure from a core motif

• @param name

• the identifier of the core motif

• @see CoreDictionary */ public void onAddStructure(String name) { try { Residue a_oNewStructure = CoreDictionary.newCore(name); theDoc.addStructure(a_oNewStructure); } catch (Exception e) { e.getMessage(); } }

• 変更後

  /**
  * Add a new structure from a core motif
  * 
  * @param name
  *            the identifier of the core motif
  * @see CoreDictionary
  */
  public void onAddStructure(String name) {
  try {
      Residue a_oNewStructure = CoreDictionary.newCore(name);
      if(a_oNewStructure.isReducingEnd() && a_oNewStructure.getTypeName().equals("redEnd")) {
          a_oNewStructure.firstChild().setAlditol(true);
          a_oNewStructure.firstChild().setAnomericState('?');
          a_oNewStructure.firstChild().setRingSize('o');
      }
      theDoc.addStructure(a_oNewStructure);
  } catch (Exception e) {
      e.getMessage();
  }
  }

以下のブロックは選択されたテンプレートがredEndでルートノードが閉環構造であった場合は開環構造に変更している

if(a_oNewStructure.isReducingEnd() && a_oNewStructure.getTypeName().equals("redEnd")) {
    a_oNewStructure.firstChild().setAlditol(true);
    a_oNewStructure.firstChild().setAnomericState('?');
    a_oNewStructure.firstChild().setRingSize('o');
}

この条件が実装されていない場合は以下のような構造が生成される\

適切でないイメージを生成しないようにするためにしていたが、テンプレート自体の間違いと考えられるため削除して問題ないと思われる

[e15d5605]

修正案

core_typesのocore1-8までのGWSを以下のように修正する

ocore1      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--3b1D-Gal,p                                       O-glycan core 1
ocore2      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p(--3b1D-Gal,p)--6b1D-GlcNAc,p                              O-glycan core 2
ocore3      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--3b1D-GlcNAc,p                                        O-glycan core 3
ocore4      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p(--3b1D-GlcNAc,p)--6b1D-GlcNAc,p                               O-glycan core 4
ocore5      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--3a1D-GalNAc,p                                        O-glycan core 5
ocore6      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--6b1D-GlcNAc,p                                        O-glycan core 6
ocore7      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--6a1D-GalNAc,p                                        O-glycan core 7
ocore8      O-glycans       redEnd--?a1D-GalNAc,p--3a1D-Gal,p   

core_typesの修正をすることで全ての糖鎖構造の還元末端がredEndになるため\ onAddStructureに追加したfreeEndのルートノードを開環に変更する処理も不要となる

[e15d5605]

core_typesの更新を伴うため、こちらも同時に対応したい

[e15d5605]

core_typeを変更したO結合型糖鎖を描画したところ、freeEndに結合したルートノードが閉環になっていることを確認した

core	image
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[e15d5605]

20211216, ブランチにプッシュ済