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glycoinfo / GlycanBuilder2

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Plan to update a dependency of GlycanBuilder2 #50

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This issue is edit in Japanese.

GlycanBuilder2（v1.18.1）のWURCS入出力機能は、WURCSFramework（v1.0.1）を利用して実装されている。WURCSFramework（v1.0.1）は2020年に公開されたものであり、2022年に公開された最新版のWURCSFramework（v1.2.6）とは大きな開きがある。古い仕様のライブラリの利用を継続することにより、最新版で新しく追加されたWURCSの情報に対応できないだけでなく、すでに修正された要素を含むWURCSを出力するといった問題を引き起こす。それは、GlycanBuilder2を利用しているGlycanBuilder2-webなどのデータベース検索用のインターフェイスで、正しい糖鎖構造の検索が困難になってしまう。 以上のことから本課題の目的は、GlycanBuilder2で最新のWURCSFrameworkを利用するために、すでに公開されている複数のバージョンの中から順に変更してGlycanBuilder2のシステムに影響が及ばないのか検証を行うものとする。また、GlycanBuilder2から出力されるWURCSに問題が見られないのかの検証手段について検討を行う。

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以下のバージョンのWURCSFrameworkが公開されている。ここでは、GB2が参照しているv1.0.1以降のものを列挙した。

e15d5605 commented 2 years ago

検討事項

GlycanBuilder2の開発や保守を容易にするための機能再編を検討している。その計画の一環として従来のGlycanBuilder2に糖鎖テキストの変換機能を独自実装する方式から、変換用のツールに置き換えることを計画している。そのため、GlycanBuilder2とWURCSFrameworkの直接的な依存関係の構築が不要になると考えられる。\ 本課題では、GlycanBuilder2で使用しているWURCSFrameworkの更新によって生じる影響の調査を目的としているが、システム再編業務との作業方針と照らし合わせて、この調査に対する優先度を考える必要がある。