Open nataliafula opened 6 months ago
Hola Natalia.
tienes alguna información en los archivos log (fq_%j.out
y fq_%j.err
)?
%j
debe aparecer el ID (número) del joben el archivo .err me aparece esto, hacia el finaly hay varios repetidos así con el nombre de cada archivo de entrada:
Assembling stacks (max dist. M=-1)... Unable to find a suitable k-mer length for matching. ustacks parameters selected: Input file: '/homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_9.fq.gz' Min depth of coverage to create a stack (m): 5 Repeat removal algorithm: enabled Max distance allowed between stacks (M): -1 Max distance allowed to align secondary reads: 1 Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 Deleveraging algorithm: disabled Gapped assembly: enabled Minimum alignment length: 0.8 Model type: SNP Alpha significance level for model: 0.05
Loading RAD-Tags...1M...2M... Warning: Input reads contained 10544 uncalled nucleotides.
Loaded 2313900 reads; formed: 73697 stacks representing 1339390 primary reads (57.9%) 813088 secondary stacks representing 974510 secondary reads (42.1%)
Stack coverage: mean=18.17; stdev=508.03; max=127673; n_reads=1339390(57.9%) Removing repetitive stacks: cov > 1543 (mean+3*stdev)... Blacklisted 1140 stacks. Coverage after repeat removal: mean=14.69; stdev=29.64; max=1484; n_reads=1065996(46.1%)
Assembling stacks (max dist. M=-1)... Unable to find a suitable k-mer length for matching.
y para el archivo .out:
archivo 1 archivo 2 archivo 3 archivo 4
pareciera que se le está asignando un número negativo -1
al parámetro -M
.
En tus comandos veo que no hay ningún número para el parámetro -M
. Prueba colocando un valor (p. ej. 2
que es el valor por defecto).
ya profe y ahora sale esto en el archivo error: ustacks: option requires an argument -- 'p' ustacks 2.66
y no se ejecuta como antes.
Antes tenia puesto 2
en -p
pero no dejaba ejecutar
si quieres utilizar paralelo necesita setar así: -p 2 te envío un ejemplo de mi línea:
ustacks -t gzfastq -f L_alopecuroides_NCO42_10.fq.gz -o . -i 1 -m 5 -M 2
Añadí el -M 2
y el -p 2
y funcionó. Muchas gracias!
Cuando ejecuto ustacks al parecer todo está bien, y se ejecuta pero se demora solo 10 minutos y no sale ninguno de los archivos que al parecer deben salir. Tengo el siguiente script:
!/bin/bash
SBATCH --job-name=ustacks # Job name
SBATCH --partition=cpu.cecc # partition Name, is ~ -q normal.q in SGE
SBATCH --nodes=1 # -N=1 Number of compute nodes for the job.
SBATCH --ntasks-per-node=2 # -n=2 Corresponds to number of cores on the compute node.
SBATCH --output=fq_%j.out # where to store the standart output, (%j is the JOBID)
SBATCH --error=fq_%j.err # where to store the standart error output, (%j is the JOBID
cargando modulos
module purge module load lang/javaSE/14.0 module load envs/anaconda3 module load apps/stacks/2.66 conda activate captus
echo "archivo 1" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_14.fq.gz -o ./stacks -i 1 -m 5 -M -p echo "archivo 2" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_10.fq.gz -o ./stacks -i 2 -m 5 -M -p echo "archivo 3" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_3.fq.gz -o ./stacks -i 3 -m 5 -M -p echo "archivo 4" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_5.fq.gz -o ./stacks -i 4 -m 5 -M -p echo "archivo 5" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_4.fq.gz -o ./stacks -i 5 -m 5 -M -p echo "archivo 6" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_6.fq.gz -o ./stacks -i 6 -m 5 -M -p echo "archivo 7" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_5.fq.gz -o ./stacks -i 7 -m 5 -M -p echo "archivo 8" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_7.fq.gz -o ./stacks -i 8 -m 5 -M -p echo "archivo 9" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_6.fq.gz -o ./stacks -i 9 -m 5 -M -p echo "archivo 10" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_9.fq.gz -o ./stacks -i 10 -m 5 -M -p echo "proceso completo"
no sé que pueda estar mal realmente...