ustacks

[nataliafula]

Cuando ejecuto ustacks al parecer todo está bien, y se ejecuta pero se demora solo 10 minutos y no sale ninguno de los archivos que al parecer deben salir. Tengo el siguiente script:

!/bin/bash

SBATCH --job-name=ustacks # Job name

SBATCH --partition=cpu.cecc # partition Name, is ~ -q normal.q in SGE

SBATCH --nodes=1 # -N=1 Number of compute nodes for the job.

SBATCH --ntasks-per-node=2 # -n=2 Corresponds to number of cores on the compute node.

SBATCH --output=fq_%j.out # where to store the standart output, (%j is the JOBID)

SBATCH --error=fq_%j.err # where to store the standart error output, (%j is the JOBID

cargando modulos

module purge module load lang/javaSE/14.0 module load envs/anaconda3 module load apps/stacks/2.66 conda activate captus

echo "archivo 1" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_14.fq.gz -o ./stacks -i 1 -m 5 -M -p echo "archivo 2" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_10.fq.gz -o ./stacks -i 2 -m 5 -M -p echo "archivo 3" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_3.fq.gz -o ./stacks -i 3 -m 5 -M -p echo "archivo 4" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_5.fq.gz -o ./stacks -i 4 -m 5 -M -p echo "archivo 5" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_4.fq.gz -o ./stacks -i 5 -m 5 -M -p echo "archivo 6" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_6.fq.gz -o ./stacks -i 6 -m 5 -M -p echo "archivo 7" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_5.fq.gz -o ./stacks -i 7 -m 5 -M -p echo "archivo 8" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_7.fq.gz -o ./stacks -i 8 -m 5 -M -p echo "archivo 9" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_triananus_NCO55_6.fq.gz -o ./stacks -i 9 -m 5 -M -p echo "archivo 10" ustacks -t gzfastq -f /homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_9.fq.gz -o ./stacks -i 10 -m 5 -M -p echo "proceso completo"

no sé que pueda estar mal realmente...

[gsilvaarias]

Hola Natalia. tienes alguna información en los archivos log (fq_%j.out y fq_%j.err)?

• en tu carpeta, los archivos en vez del %j debe aparecer el ID (número) del job

[nataliafula]

en el archivo .err me aparece esto, hacia el finaly hay varios repetidos así con el nombre de cada archivo de entrada:

Assembling stacks (max dist. M=-1)... Unable to find a suitable k-mer length for matching. ustacks parameters selected: Input file: '/homes/orionsan/nfulat/GenEvo/Stacks/01_stacks/L_alopecuroides_NCO42_9.fq.gz' Min depth of coverage to create a stack (m): 5 Repeat removal algorithm: enabled Max distance allowed between stacks (M): -1 Max distance allowed to align secondary reads: 1 Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 Deleveraging algorithm: disabled Gapped assembly: enabled Minimum alignment length: 0.8 Model type: SNP Alpha significance level for model: 0.05

Loading RAD-Tags...1M...2M... Warning: Input reads contained 10544 uncalled nucleotides.

Loaded 2313900 reads; formed: 73697 stacks representing 1339390 primary reads (57.9%) 813088 secondary stacks representing 974510 secondary reads (42.1%)

Stack coverage: mean=18.17; stdev=508.03; max=127673; n_reads=1339390(57.9%) Removing repetitive stacks: cov > 1543 (mean+3*stdev)... Blacklisted 1140 stacks. Coverage after repeat removal: mean=14.69; stdev=29.64; max=1484; n_reads=1065996(46.1%)

Assembling stacks (max dist. M=-1)... Unable to find a suitable k-mer length for matching.

y para el archivo .out:

archivo 1 archivo 2 archivo 3 archivo 4

[gsilvaarias]

pareciera que se le está asignando un número negativo -1 al parámetro -M. En tus comandos veo que no hay ningún número para el parámetro -M. Prueba colocando un valor (p. ej. 2que es el valor por defecto).

[nataliafula]

ya profe y ahora sale esto en el archivo error: ustacks: option requires an argument -- 'p' ustacks 2.66

y no se ejecuta como antes. Antes tenia puesto 2 en -p pero no dejaba ejecutar

[ichthya]

si quieres utilizar paralelo necesita setar así: -p 2 te envío un ejemplo de mi línea:

ustacks -t gzfastq -f L_alopecuroides_NCO42_10.fq.gz -o . -i 1 -m 5 -M 2

[nataliafula]

Añadí el -M 2 y el -p 2 y funcionó. Muchas gracias!