ixxmu
commented
2 years ago ggtreeExtra被严重低估了 by YuLabSMU
最近新增了三篇ESI高被引论文，现在有9篇高被引了，GOSemSim的文章 (Bioinformatics 2010) 已经超过ESI高被引的统计期（10年），clusterProfiler (OMICS 2012) 也快了，不过clusterProfiler v4 (The Innovation 2021) 应该能补上。这次新增的三篇ESI高被引论文，其中2篇是ggtree系列的，两篇均发表于Molecular Biology and Evolution。
我们还有一篇MBE的文章，是《文章发表：ggtreeExtra -- MBE》，发表1年有余了，才18个引用，这真的是不合适啊。
怪不得MBE的影响因子掉得这么厉害了，这个领域不活跃啊！不知道大家是否还记得我晒的这个图，以下最后我写下的广告词：
什么叫拉着嫁妆，赶着马车来了？我们来看一下呗，我敢摸着良心说，我们的广告词，是符合广告法的，一点没有夸大！！！
1. 我们有下面这样的一颗树
2. 我们会用ggplot2画一个热图。
3. 那么把你用ggplot2画图的东西，放到geom_fruit里面去，可以说是一模一样的，你完全没有学习的成本。然后树和热图就画在一起了，你可以对比一下，热图和上面的，已经不一样了，因为这个是和树对齐的，按照树的拓扑结构重新画的（对比一下，没有聚类的热图和有聚类的热图），就这么套一下，ggtreeExtra已经把所有的脏活都给干了。
4. 你也会用ggplot2画柱状图，so easy是不是？
5. 那么你也会把柱状图和前面的图画在一起了，同样so easy...，用ggplot2画柱状图有多容易，现在就有多容易。
通过这样的图层叠加，复杂的图就出来了，你看一个复杂的图的代码，看起来代码似乎很长，但你分开一个图层一个图层地看，代码又非常简单，简单到你自己也能够这样一个图层一个图层地叠加出复杂的图，你也能够写一段很长的代码去画一个很复杂的图。
再回过头来看广告词，带着嫁妆（ggplot2及社区所开发的图层），赶着马车（ggtree）来了！大家体会一下，是不是这样？
https://mp.weixin.qq.com/s/H8xPU-S33iMdzDqK5O2aNA