ixxmu
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2 years ago 送你份情人节礼物！今年发高分就靠这个宝藏单细胞组学数据库了！建议收藏！ by 挑圈联靠
嗨，小伙伴们大家好！上期推文我们恰逢除夕佳节的美好，本期我们又邂逅情人节的浪漫，哈哈~你品你细品！/机智.jpg。新的一周我们继续Nucleic Acids Research（NAR）杂志数据库追新。单细胞测序相关数据库前面介绍过很多了，比如CellMarker、CancerSEA、Cell Blast、TISCH、Tabula Muris和scTPA等，近期NAR又发表一强大的人类单细胞组学整合数据库，DISCO数据库，让我们来一起来尽情Disco吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
DISCO数据库即深度整合人类单细胞组学数据库（Deeply Integrated human Single-Cell Omics database, https://www.immunesinglecell.org/）于2022年1月份发布在Nucleic Acids Research杂志，数据库当前版本整合来自158种疾病的107种组织/细胞系/类器官的4766个样本中超过1800万个细胞测序数据，提供图谱分析、细胞注释及可视化等功能。同时提供3个在线工具，FastIntegration用于集成公共数据库单细胞测序数据及可视化，CELLiD基于公共单细胞注释快速进行细胞类型预测，CellMapper允许用户上传单细胞测序数据进行探索分析。
菜单栏Help部分为数据库介绍及使用指南，大家可以随时查阅。
▌数据库核心功能及操作演示
1
Sub-Atlas模块
Sub-Atlas模块提供不同组织/细胞/疾病类型的单细胞测序数据细胞注释结果，以Gut组织为例，点击进入详情页面。
左侧Metadata部分可以选择不同分类依据进行结果展示，以Tissue为例；Gene部分可以展示感兴趣基因在不同细胞类型中的表达情况，以LEF1为例，主要表达于T细胞。上述图片均可以SVG格式导出。
右侧Cell Type部分展示左图不同细胞类型的名称、特征基因及参考文献信息，特征基因可用于单细胞数据的细胞注释分析，Feature Gene展示特征基因表达热图。
Gene Exp部分输入感兴趣基因，以CD79A为例，箱图展示CD79A基因不同细胞类型中表达情况。
Cell Type Freq部分选择分组依据和感兴趣的细胞类型，以sample_id和monocyte为例，结果展示不同样本中monocyte细胞数目情况。
Marker部分展示不同细胞类型中marker基因表达及差异分析情况，可以点击Export Table导出数据表格查看。
2
Repository模块
Repository模块用于选择感兴趣的单细胞测序数据集进行探索性分析，即工具栏FastIntegration功能。以结肠组织非肿瘤疾病的UC为例，结果有7个样本的单细胞测序结果，这部分分析比较耗时，以前两个为例，前面打勾，点击Do integration for selected sample进行分析，提示耗时13~14min。
分析结果与前述类似，左图可选择感兴趣的基因或以不同分类依据进行展示，右侧展示不同类型细胞占比情况。
3
Cell Types模块
Cell Types模块用于检索感兴趣细胞类型相关文献信息，以肠嗜铬细胞为例，点击Publication列PMID即可查看文献，或点击Mapped Ontology链接至Ontebee数据库查看肠嗜铬细胞信息。
4
Gene模块
Gene模块用于检索感兴趣基因在特定细胞类型中的表达情况，以RET基因为例，结果展示脂肪组织中RET基因在不同细胞类型的表达情况。
5
Tools
CELLiD工具用于细胞类型预测，输入示例某亚群中各个基因及表达值列表，点击Submit得到预测结果，目标细胞为肺纤维化组织中的mesothelial cell，或膀胱组织中的macrophage。
CellMapper允许用户上传单细胞测序数据进行探索分析，上传示例数据，点击Submit得到分析结果，基本与前述类似。
总结
DISCO数据库深度整合人类单细胞组学数据，提供图谱分析、细胞注释及可视化等功能。还有实用的3个在线工具，FastIntegration用于集成公共数据库单细胞测序数据及可视化，CELLiD基于公共单细胞注释快速进行细胞类型预测，CellMapper允许用户上传单细胞测序数据进行探索分析。
以上就是DISCO数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
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12.没想到吧？NCBI旗下的药物综合数据库，竟然还有这么多实用功能！给你的科研加个buff！
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没想到这个数据库这么好用！国自然、SCI都能用得上！导师不明觉厉，直呼内行！
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听说国自然评议专家都爱这个美图？16+SCI里频频出现？送你个必杀神器，助力你的科研！
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