R语言做科研数据可视化260篇推文合集（整理于2022年12月31号）

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R语言做科研数据可视化260篇推文合集（整理于2022年12月31号） by 小明的数据分析笔记本

小明的数据分析笔记本公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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简单整理了一下以往的推文合集，希望对大家有帮助

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R语言ggplot2数据可视化相关

• 1、R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配

• 2、R语言画三维散点图展示主成分分析（PCA）的结果

• 3、R语言ggplot2数据可视化之图中嵌图

• 4、R语言ggplot2可视化展示我国第七次人口普查的基本数据~人口总量和地区分布

• 5、R语言ggplot2分组箱线图(boxplot)添加显著性标记简单小例子

• 6、R语言ggstar包：给散点图的形状提供更多的选择

• 7、R语言pheatmap画热图遇到的一个报错及原因

• 8、R语言ggplot2画棒棒糖图展示中国十大姓氏

• 9、R语言GOplot画弦图展示GO富集分析的结果之如何准备自己的数据

• 10、可能会用到的30个R语言包~第四期

• 11、R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间（CI）展示学术论文作者数量的变化趋势

• 12、R语言ggplot2绘制经验累积分布(empirical cumulative distribution)曲线的简单小例子

• 13、R语言ggplot2画小提琴图（violin plot）展示学术论文作者数量

• 14、R语言ggplot2漂亮的热图和配色简单小例子

• 15、R语言的ggplot2做共线性结果可视化的第一篇笔记

• 16、R语言maftools包画oncoplot(瀑布图)的一个简单小例子

• 17、Circoletto可视化Blast结果的简单小例子

• 18、R语言做主坐标分析（PCoA）的一个简单小例子

• 19、答读者问：R语言ggplot2如何给坐标轴添加表示分组的线段

• 20、R语言ggplot2使用geom_label()函数添加文本标签的一些细节调节

• 21、R语言circlize包画一幅好看的弦图~完整示例数据和代码

• 22、ggplot2作图共享图例方法一：ggpubr包的ggarrange()函数以及调整图例的布局

• 23、R语言fmsb包画雷达图（radar plot）的一个简单小例子

• 24、ggplot2画点和分组椭圆展示主成分分析（PCA）结果的简单小例子

• 25、ggplot2画点和连线展示主成分分析的结果简单小例子

• 26、R语言ggplot2分组的小提琴图加箱线图简单小例子

• 27、答读者问：R语言ggplot2绘制热图展示GO富集分析结果的简单小例子

• 28、R语言ggplot2两个离散变量画热图的简单小例子

• 29、R语言ggplot2科研数据作图配色的一些小技巧

• 30、使用R语言的TCseq包分析基因表达的时间趋势并划分聚类群

• 31、使用R语言的Mfuzz包进行基因表达的时间趋势分析并划分聚类群

• 32、R语言ggplot2画带有弧度的线段简单小例子

• 33、R语言ggplot2画点和连线展示Mantel检验的结果~示例数据和代码可以获取

• 34、惊艳 | RStuido server选择不同的R版本（conda中的不同R版本）

• 35、R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

• 36、杂记：ggpairs更改配色；ggplot2极坐标添加直线；seqkit计算fasta序列的长度和gc含量

• 37、答读者问：R语言ggplot2散点图实现用箭头两两配对

• 38、R语言ggplot2做云雨图的简单小例子

• 39、R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程的简单小例子

• 40、R语言ggtree画圆形树的时候增加中心的空白区域

• 41、使用R语言的export包的时候遇到的报错和解决办法

• 42、R语言ggplot2绘制带有底纹的柱形图~patternplot扩展包

• 43、R语言ggplot2绘制平滑曲线的折线图简单小例子

• 44、R语言计算两组数据变量之间的相关系数和P值的简单小例子~应用于lncRNA的trans-act

• 45、剑桥大学单细胞课程学习笔记001~示例数据下载

• 46、R语言ggplot2气泡图叠加图片的简单小例子

• 47、R语言ggtree画聚类树图的时候的报错和解决办法

• 48、R语言ggplot2作图离散变量更改坐标轴范围

• 49、R语言ggplot2作图的时候给坐标轴添加文本π

• 50、R语言ggplot2实现环形热图的简单小例子

• 51、R语言ggplot2绘图时如何在图形中使用数学表达式作为标注文本

• 52、R语言单、双因素方差分析及结果可视化的简单小例子

• 53、R语言ggplot2堆积柱形图添加误差线的简单小例子

• 54、R语言ggplot2画一幅漂亮的哑铃图

• 55、R语言实现评估随机森林模型以及重要预测变量的显著性

• 56、R语言randomForest包的随机森林分类模型以及对重要变量的选择

• 57、R语言ggplot2画金字塔图展示人口结构

• 58、R语言做t-SNE降维的一个简单小例子

• 59、R语言tidyverse包使用杂记：删除行、设置因子水平、指定列小写转大写

• 60、R语言操作otu丰度表：分行列计算平均和标准差
  

• 61、R语言ggplot2优雅的自定义分面轴刻度
  

• 62、R语言ggplot2分组箱线图添加误差线的简单小例子

• 63、推荐一份R语言里文本挖掘和tidymodel包建模的参考资料

• 64、R语言ggplot2一幅好看的频率分布直方图实例

• 65、R语言ggplot2作图时好玩的配色包~使用泰勒斯威夫特专辑的封面颜色

• 66、按照实际比例画韦恩图的R包~eulerr

• 67、推荐一个有意思的R语言作图配色包

• 68、R语言ggplot2做簇状柱形图并添加误差线的一个完整示例

• 69、数据可视化有意思的小例子：使用R语言探索NBA球星库里常规赛的数据

• 70、群落beta多样性分析的完整示例~提供完整R语言代码脚本

• 71、推荐R语言入门学习参考资料

• 72、R语言ggplot2做漂亮的抖动散点图（geom_jitter）的一个实例

• 73、如何选择适合自己数据的统计检验方法

• 74、使用R语言制作令人惊艳的海报

• 75、R语言做单倍型网络（haplotype network）的一个小例子

• 76、R语言ggplot2做双Y轴的一个简单小例子

• 77、R语言ggplot2作图的两套配色方案备选

• 78、R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

• 79、R语言ggplot2中stat_summary函数快速进行数据统计

• 80、R语言ggplot2做柱形图并在指定的位置添加灰色背景

• 81、R语言read.table()函数读取文件如果有换行符\n，一个\为什么会变成两个\\呢？

• 82、R语言ggplot2做数据可视化的5个实例，数据和代码都有，很好的学习素材

• 83、R语言ggplot2零散知识点：调整坐标轴文字和标题与坐标轴的距离的

• 84、59本R语言相关参考书，大部分都可以找到pdf下载

• 85、R语言ggplot2扩展包gggenomes绘图展示基因组的共线性区域

• 86、R语言入门学习在线资料推荐

• 87、R语言ggplot2给PCA散点图结果上添加水平和垂直误差线

• 88、R语言ggtree画进化树并给树枝映射颜色

• 89、R语言ggplot2自定义绘制LASSO曲线

• 90、线性回归（6）—— Lasso的推导与实战

• 91、用lasso回归构建生存模型+ROC曲线绘制

• 92、使用R语言提取科研论文中的图片配色

• 93、R语言ggplot2画热图的时候在色块上添加文本

• 94、R语言ggplot2做箱线图的时候如何添加表示平均值的线

• 95、R语言circlize包优雅的展示富集分析结果

• 96、推荐很好的R语言ggplot2科研数据可视化参考资料

• 97、R语言ggplot2做柱形图如何让起始位置不是0？

• 98、一个好玩的R包~namedropR~将引用的参考文献转换成图片，方便在ppt上展示

• 99、18本R语言相关在线电子书~总有一款适合你

• 100、可视化基因组结构重排的工具~plotsr

• 101、R语言ggplot2作图好玩的配色：使用NBA各球队logo的配色

• 102、R语言ggplot2数据可视化学习资料推荐

• 103、R语言数据可视化-结合grid与ggplot2的输出

• 104、推荐使用R语言Blogdown包构建自己的个人网页极佳教程

• 105、R语言正则表达式备忘单（还有好多其他R相关的备忘单）

• 106、R语言里做基因组共线性可视化R包~GENESPACE

• 107、R语言里可视化多序列比对（paf格式）的R包：pafr

• 108、R语言作图配色方案备选：对色盲患者友好的配色

• 109、R语言ggplot2作图配色相关R包备选

• 110、R语言ggplot2作图如果文字标签包含罗马数字，如何输出pdf呢？

• 111、R语言ggplot2画漂亮的环形柱形图的一个实例

• 112、R语言ggplot2画气泡图展示富集分析的结果

• 113、R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

• 114、R语言ggplot2优雅的绘制环状云雨图

• 115、神奇的R包~spiralize~将常规的矩形图画成螺旋形

• 116、R语言ggplot2作图好玩的配色包~宫崎骏动画配色

• 117、R语言ComplexHeatmap包做热图：热图每隔三行分开一小段

• 118、生命科学相关专业入门R语言的参考资料推荐（其实各个专业都适合）

• 119、R语言利用转录组基因表达矩阵做基因共表达分析的学习资料推荐

• 120、R语言做GWAS(全基因组关联分析)很棒的学习资料推荐

• 121、R语言ggplot2画个月饼送给你，祝你中秋节快乐！

• 122、R语言ggplot2作图好看的配色备选
  

跟着论文学作图系列

• 1、跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score

• 2、跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画基因结构示意图

• 3、跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

• 4、跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画箱线图(boxplot)展示D statistic

• 5、跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果

• 6、跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

• 7、跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画地图并且叠加饼状图的简单小例子

• 8、跟着Nature Medicine学画图：R语言画堆积柱形图以及时间格式数据做坐标轴的操作

• 9、跟着Nature Medicine学画图：R语言散点图组合频率分布图的简单小例子

• 10、跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画小提琴图

• 11、跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2散点图并添加拟合曲线和置信区间

• 12、跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2+ggtree+aplot画气泡图组合聚类树图

• 13、跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画气泡图（dotplot）展示基因表达量

• 14、跟着Nature Methods学画图：R语言画热图（pheatmap）展示基因表达量

• 15、跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言做方差分解的一个简单小例子

• 16、跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画图如何让坐标轴以科学计数法显示

• 17、跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右

• 18、跟着Cell学作图：R语言ggplot2做蜂群图的简单小例子

• 19、跟着Science学画图:R语言ggplot2实现图中嵌图

• 20、跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

• 21、跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言ggplot2作图展示方差分解的结果

• 22、跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图，有点类似展示群体结构k的那个图

• 23、跟着Science学画图：python的seaborn模块画下三角热图

• 24、跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分组添加拟合曲线

• 25、跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图

• 26、跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型

• 27、跟着Nature Communications学画图：R语言circlize包画弦图展示基因密度

• 28、跟着Gut学画图：R语言ggtree包画弦图的简单小例子

• 29、跟着PNAS学作图：python做花瓣图（flower plot）展示草莓泛基因组的数据

• 30、跟着JoVE学作图：R语言ggplot2做簇状柱形图并添加显著性标记的完整示例

• 31、跟着Molecular Systems Biology学作图：R语言ggplot2多图组合到一起

• 32、跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做黑白格的热图

• 33、跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做散点图添加拟合曲线和p值

• 34、跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2用单列数据做柱形图

• 35、跟着Molecular Ecology学数据分析：使用R语言对群体SNP数据做主成分分析

• 36、跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度

• 37、跟着Nature学作图：R语言ggplot2画带有置信区间的折线图展示核心基因和非必需基因的数量

• 38、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做柱形图并添加误差线和显著性P值

• 39、跟着Eu J Forest Res学作图：R语言ggplot2做柱形图的时候给纵坐标轴添加分组间隔

• 40、跟着Nature microbiology学作图:R语言ggplot2做簇状柱形图并在坐标轴添加分组标记

• 41、跟着Nature microbiology学数据分析:R语言做主成分分析（PCA）画散点图展示结果

• 44、跟着Nature microbiology学画图:R语言pheatmap包画热图展示密码子RSCU值

• 45、跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

• 46、跟着Cell学作图：R语言ggplot2做散点图并添加拟合曲线和文字标签

• 47、跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言ggplot2作图展示方差分解的结果完整版

• 48、跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

• 49、跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

• 50、跟着Science学画图：R语言ggplot2作热图展示基因存在缺失变异（PAV）

• 51、跟着Nature学作图:R语言ggplot2堆积柱形图完整示例

• 52、跟着Nature Genetics学作图：使用ggarrange函数对ggplot2的多个图进行组合

• 53、跟着Nature Communications学作图：R语言ggtree绘制进化树

• 54、跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析：R语言edgeR包做转录组差异表达分析

• 55、跟着Nature Ecology&Evolution学作图:R语言ggmsa包展示多序列比对结果

• 56、跟着Nature Communications学作图：R语言UpSetR画图展示不同组数据之间的交集

• 57、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2平滑曲线折线图

• 58、跟着Nature学数据分析：R语言iNEXT包估计物种数并使用ggplot2作图展示结果

• 59、跟着Nature Communications学作图：R语言ggtern包画三元相图（Ternary plots ）

• 60、跟着Nature Communication学作图：R语言ggplot2话点线图展示基因表达量的范围

• 61、跟着Nature Communication学作图：R语言ggpubr包画箱线图并添加显著性P值

• 62、跟着Nature Communication学作图：R语言ggplot2画世界地图展示采样地点

• 63、跟着NatureCommunication学数据分析：R语言相对丰度数据主坐标分析（PcoA)

• 64、跟着Nature学作图：R语言pheatmap包做热图并添加文本标注

• 65、跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画变种火山图

• 66、跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

• 67、跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图并对坐标轴添加一些额外注释

• 68、跟着Nature学作图：R语言ggplot2画误差线展示广义线型模型比值比（odds ratio）

• 69、跟着Nature Plants学作图：R语言ggtree包展示进化树

• 70、跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线

• 71、跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图、小提琴图、抖动散点图

• 72、跟着Nature学作图：R语言corrplot包画热图展示相关系数

• 73、跟着Nature Communications学作图：R语言pheatmap做热图展示不同软件做差异丰度分析的差异

• 74、跟着Nature学数据分析：R语言vegan包做主坐标分析（PCoA）并使用ggplot2可视化结果

• 75、跟着Nature Communications学数据分析：R语言DESeq2包做otu差异丰度分析及火山图展示结果

• 76、跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2双Y轴折线图、置信区间、误差线

• 77、跟着ISEM学作图：R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图

• 78、跟着Science学作图：R语言ggplot2画箭头展示变量对主成分的贡献

• 79、跟着Science学作图：R语言ggplot2散点/连线/95%置信椭圆展示主成分分析结果

• 80、跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2散点图和误差线

• 81、跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2散点图并添加误差线和带置信区间的拟合曲线

• 82、跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2分组拟合曲线和95%置信区间

• 83、跟着Environmental Research学作图：R语言ggplot2堆积柱形图叠加折线图（1）

• 84、跟着Environmental Research学作图：R语言ggplot2堆积柱形图叠加折线图（2）

• 85、跟着Cell学作图：R语言ggplot2作图展示差异表达的基因

• 86、跟着PNAS学作图：R语言ggplot2绘制面积图

• 87、跟着Forest Ecol Mang学作图：R语言ggplot2作图展示相关性分析结果

• 88、跟着Nature Communications学数据分析：R语言做随机森林模型并对变量重要性排序

• 89、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果

• 90、跟着Nature学作图：R语言ggplot2热图

• 91、跟着Nature学作图：R语言ggplot2柱形图添加误差线和频率分布直方图

• 92、跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图和散点图添加误差线

• 93、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2散点加误差线展示响应比（Response ratio）

• 94、跟着PNAS学作图：R语言ggplot2作图展示多序列比对结果

• 95、看世界杯也能学画图：R语言ggplot2画热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩

• 96、跟着Nature Biotechnology学作图:R语言pca分析并使用ggplot2可视化结果

• 97、跟着Nat. Biotechnol.学作图:R语言ComplexHeatmap热图展示TCGA-BRCA数据集概况

• 98、跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图完整示例（Extended Fig2）

• 99、跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点图和柱形图完整示例（Extended Fig3）

• 100、R语言ggplot2作图好看的配色备选~北京冬奥会相关的配色

• 101、跟着Nature学作图 Figure3：R语言ggplot2 堆积柱形图和簇状柱形图

• 102、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画图展示捐赠者的临床概况

• 103、跟着Nature学作图：R语言ggtree给进化树的节点添加饼状图

• 104、跟着Nature Metabolism学作图：R语言ggplot2散点图

• 105、跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

• 106、跟着GlobalChangeBiology学作图:R语言ggplot2点线图(2)给分面添加注释

• 107、跟着Global Change Biology学作图：R语言ggplot2点线图（1）

• 108、跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

• 109、跟着NatureCommunications学作图：R语言ggtree根据分组给进化树上色

• 110、跟着Oncogene学作图：R语言gggenomes画桑基图（共线性图）

• 111、跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2画世界地图并用md语法添加文字标签

• 112、跟着Genome Biology学作图：R语言ggplot2+ggforce画桑基图

• 113、跟着BioRxiv学作图：R语言ggalluvial包绘制桑基图

• 114、跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2热图（heatmap）并添加文字标签

• 115、跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2散点图及添加文字标签

• 116、跟着Molecular Plant学作图：R语言circlize包画圈图展示基因组的一些特征

• 117、跟着Nature Plants学数据分析：R语言WGCNA分析完整示例

• 118、跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析：WGCNA分析前期的数据预处理01

• 119、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图

• 120、跟着NaturePlants学作图：R语言ggplot2分组折线图完整示例

• 121、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2气泡图组合水平柱形图完整示例

• 122、跟着NatureGenetics学作图：R语言ggplot2做进化树图及添加不同形状的背景色块

• 123、跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图和堆积柱形图完整示例

• 124、跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图/堆积柱形图/散点图

• 125、跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图叠加蜂群图完整示例

• 126、跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/散点图完整示例

• 127、跟着Nature Genetics学作图：R语言ggpairs散点图一次性展示很多个主成分/拼图

• 128、跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/堆积柱形图完整示例

• 129、跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点图和添加辅助线完整示例

• 130、跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图完整实例/多个图例分开放

• 131、跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点

• 132、跟着Nature学作图：R语言ggplot2山脊图添加辅助线/图例添加到左下角

• 133、跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图

• 134、跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例

• 135、跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2曼哈顿图完整示例

• 136、跟着Nature学作图:R语言ggplot2簇状柱形图完整示例

• 137、跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2画流程图

• 138、跟着Nature学作图:R语言ggplot2环形堆积柱形图完整示例