关于trackVis的问题

[Zh-MicroSat]

我在使用trackVis遇到了一定的问题，我的代码如下：

file <- list.files(pattern = '.bw') data <- loadBigWig(file) save(data,file = 'Data.rda') load('Data.rda') mybw <- data trackVis(bWData = mybw,chr = "Wnk4",region.min = 101167654,region.max = 101168235) 错误信息如下所示： Error in combine_vars(): ! Faceting variables must have at least one value Run rlang::last_error() to see where the error occurred. Warning messages: 1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf 2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf 详细展开错误信息如下： <error/rlang_error> Error in combine_vars(): ! Faceting variables must have at least one value

Backtrace: ▆

1. ├─base (local) <fn>(x)
2. └─ggplot2:::print.ggplot(x)
3. ├─ggplot2::ggplot_build(x)
4. └─ggplot2:::ggplot_build.ggplot(x)
5. └─layout$setup(data, plot$data, plot$plot_env)
6. └─ggplot2 (local) f(..., self = self)
7. └─self$facet$compute_layout(data, self$facet_params)
8. └─ggplot2 (local) f(...)
9. ├─ggplot2:::unrowname(...)
10. │ └─base::is.data.frame(x)
11. └─ggplot2::combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop)
12. └─rlang::abort("Faceting variables must have at least one value") 粗体部分似乎为主要问题，期待您的回复

[junjunlab]

chr参数传入的是染色体名称,不是基因名,请仔细阅读说明文档。

[Dongxu-Zheng]

我也遇到了同样的问题。 trackVis(bWData = mybw, gtf.file = gtf.v39, gene.name = 'TP53') Warning: no non-missing arguments to min; returning InfWarning: no non-missing arguments to max; returning -InfError in combine_vars(): ! Faceting variables must have at least one value Backtrace: 1. base (local)(x) 2. ggplot2:::print.ggplot(x) 4. ggplot2:::ggplot_build.ggplot(x) 5. layout$setup(data, plot$data, plot$plot_env) 6. ggplot2 (local) f(..., self = self) 7. self$facet$compute_layout(data, self$facet_params) 8. ggplot2 (local) f(...) 11. ggplot2::combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop) 感觉是在寻找gene的时候有问题。用refseq的gtf作为注释文件，画transcript没问题，但是用trackVis会有colname找不到的问题，函数应该是找gene_name，但是refseq默认该列为gene_id

[junjunlab]

你可以尝试给自己的导入的gtf添加一列gene_name就行了

[Dongxu-Zheng]

你可以尝试给自己的导入的gtf添加一列gene_name就行了

我加了，但是画track的时候，输入基因名是不对的，显示如上我说的报错。谢谢回复

[junjunlab]

那就不知道了

[Dongxu-Zheng]

那就不知道了

那我自己把函数修改修改看看能不能解决😅