How to get Dnase data of 6 cell-type - Githubissues

liwenran / DeepTACT

DeepTACT: predicting three-dimensional chromatin contacts via bootstrapping deep learning

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How to get Dnase data of 6 cell-type #3

Open Licko0909 opened 4 years ago

Licko0909 commented 4 years ago

您好！你们的论文非常棒，我尝试重新训练一次模型，后面我打算用自己的新HIC数据复现一遍。

我从当前github代码库能够通过数据处理的代码到6种细胞系类型的序列数据Seq.npz，但是无法获得这6种细胞系数据对应的DNase数据。

于是我重新阅读文章，从补充文件种得到一个Excel表格，里面的子表1提到配套的DNase数据，但是似乎与您提供的“demo”目录中“DNase”数据不太一样

因此才来提问，如何才能得到对应的处理好的DNase数据呢？或者说下载之后如何处理呢？

期待您的回复！感谢!

Licko0909 commented 4 years ago

Hello！我看到了最新的更新内容，但是里面提及的链接，似乎无法成功访问