p100 index作成コマンドに関して

[MOBioJapan]

p100のkallisto.idxの作成コマンド以下を試しましたがerrorがでました。 kallisto index --index=~/Documents/expression/ref/kallisto.idx ~/Documents/expression/ref/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

[build] loading fasta file /Users/mo/Documents/expression/ref/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz [build] k-mer length: 31 [build] warning: clipped off poly-A tail (longer than 10) from 1049 target sequences [build] warning: replaced 100005 non-ACGUT characters in the input sequence with pseudorandom nucleotides [build] counting k-mers ... done. [build] building target de Bruijn graph ... done [build] creating equivalence classes ... done [build] target de Bruijn graph has 681313 contigs and contains 74517824 k-mers Error: index output file could not be opened!

わかりませんが、絶対パスで以下のように書くとうまくいきました。 kallisto index --index=/Users/mo/Documents/expression/ref/kallisto.idx /Users/mo/Documents/expression/ref/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

ちなみに使用しているPCは MacBook Air M1チップ搭載　メモリ16GB　1TB SSDです。 他にもうまくいかない人がいるかもしれませんので報告までです。

[misshie]

お返事が遅くなり申し訳ありません。

発現解析の稿に関しては、疾患ゲノム解析担当の三嶋からはお返事できません。ご容赦ください。このissueのページで、本全体のサポートをしているように見えてしまったかもしれません。誤解を招き失礼しました。