Open pcantalupo opened 6 years ago
apt-get update apt-get install -y git gcc g++ make libboost-all-dev
git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git git clone https://github.com/ncbi/ngs.git
( cd ngs ; ./configure ; make ; make install ) ( cd ncbi-vdb ; ./configure ; make ; make install )
git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git cd ngs-tools ./configure
git checkout skesa cd tools/skesa export BOOST_LIBPATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu export NGS_LIBPATH=/usr/local/ngs/ngs-sdk/lib64 export NCBI_LIBPATH=/usr/local/ncbi/ncbi-vdb/lib64 make skesa
Note that you have to have boost available...
I have updated the README.skesa file with these instructions.
Thanks for the quick update! I hope to try this tonight
Hello, I tried the install/compliation as described here but I still have an error with the "make skesa" command:
/usr/include/boost/variant/detail/initializer.hpp:104:24: note: no known conversion for argument 2 from ‘std::remove_reference<DeBruijn::IntegerTemplate&>::type {aka DeBruijn::IntegerTemplate}’ to ‘boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::initializerroot, 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I get the same error like @NRCScientificIT. @kwrodarmer could you please help ? Thanks in advance.
Hello, I'm trying to install skesa. I cloned the repo as per README.md. Then had to checkout the skesa branch (which is not in the readme). Now I cannot find the
build
directory in thetools/skesa
folder. Am I missing something? Thank you Paul