JnanZhang commented 8 months ago

生信爱好者周刊（第 115 期）：罗莎琳德·富兰克林对DNA双螺旋结构的真实贡献

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

「生信周刊讨论区」

封面图

来源：https://www.dreamstime.com/

本周话题：

1537

1953年4月25日，詹姆斯·沃森（James Watson）和弗朗西斯·克里克（Francis Crick）在 Nature 期刊发表了一篇开创性论文，这篇论文揭示了遗传物质DNA的双螺旋结构，从此开启了分子生物学时代。1962年，沃森、克里克和威尔金斯一起荣获了诺贝尔生理学或医学奖。然而，一直有一个传言，DNA双螺旋结构这一划时代的伟大发现源于沃森在未获得罗莎琳德·富兰克林（Rosalind Franklin）同意或知晓的情况下看到了她拍摄的DNA的X射线图片，也就是著名的“照片51号”，这张照片也被认为是“分子生物学的点金石”。如今，“照片51号”已经成为了代表富兰克林的成就和她遭受的不公待遇的象征。外界认为，富兰克林是一个优秀的科学家，但她未能分辨出自己拍摄的这张DNA的X射线图片所传达的关于DNA的信息，她在照片拍摄后几个月都没有意识到照片的重要性，直到沃森一眼看出其中蕴含的双螺旋结构信息。所以，真实情况真的是这样吗？

生信研究

1317 1
1532 2
1644 3
1672 4

博文资讯

1439 5
1453 6
1522 7

工具

1598 8
1741 9
1753 10

资源

1670 11
1675 12
1680 13

历史上的本周

第 74期：新技术的最大风险

贡献者（GitHub ID）

「Openbiox 生信周刊」运维小队：

@ShixiangWang（王诗翔）
@kkjtmac（阚科佳）
@NiEntropy（赵启祥）
@He-Kai-fly（何凯）
@JnanZhang（张佳楠）
@Tomcxf（陈啸枫）
@wangdepin（王德品）
@kongjianyang（空间阳）

slider 是一个使用窗口函数进行滚动分析的软件包。“窗口函数”是从SQL中借来的一个术语，这意味着当逐步浏览数据时，一些函数会反复应用于数据的不同“窗口”。窗口函数应用的典型示例包括滚动平均数、累积和和更复杂的事物，如滚动回归。

R 包：https://slider.r-lib.org/index.html

9、[fastplotlib | 使用pygfx渲染引擎在WGPU上运行的下一代快速绘图库](https://github.com/fastplotlib/fastplotlib)

JnanZhang commented 8 months ago

4、5、9

1、2、3、6、7、8、10、11、12、13

JnanZhang commented 8 months ago

1、探索跨单细胞的功能蛋白质协变的新方法 | Genome Biology

本研究展示了nPOP，一种能够同时制备数千个单细胞的方法，包括裂解、消化和标记8-20nL体积的单细胞。nPOP实现了灵活、自动化和高度并行化的单细胞蛋白质组学样品制备。可以量化成千上万个单细胞的蛋白质协变，并揭示密切相关的细胞状态间功能协调的生物学差异。可在https://scp.slavovlab.net/nPOP 获得nPOP平台的支持。

论文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-022-02817-5

2、PNAS | 卢煜明/江培勇团队基于末端基序反卷积分析绘制cfDNA片段化图谱

细胞游离DNA（cfDNA）片段携带了大量与DNA核酸酶活性和起源组织有关的信息，其片段化是非随机的，部分由各种DNA核酸酶介导，能够形成特征性的cfDNA末端基序。已有研究表明，cfDNA末端基序有助于预测多种不同的疾病类型，或可作为监测治疗反应（核酸酶活性）的生物标志物。该研究通过对cfDNA的短末端核苷酸序列（称为末端基序）进行数学分析，发现了六种不同类型的cfDNA片段模式，其中几种模式与核酸酶相关，如DFFB、DNASE1和DNASE1L3。这些模式图谱揭示了cfDNA片段化过程，其异常可作为癌症和免疫疾病的标志物。