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生信爱好者周刊（每周日发布）
https://openbiox.github.io/weekly/
362 stars 26 forks source link

【周刊】第 119 期 #2252

Closed Tomcxf closed 6 months ago

Tomcxf commented 6 months ago

生信爱好者周刊（第 119 期）：

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

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（完）

ShixiangWang commented 6 months ago

3、7、10

ShixiangWang commented 6 months ago

3、[Science | 空间组学新方法解析淋巴细胞克隆架构](https://mp.weixin.qq.com/s/PPzRFRRzhfxx72Jo2qPAfg)

瑞典卡罗林斯卡学院(Karolinska Institutet) Jeffrey E. Mold等研究人员开发Spatial VDJ（spatial transcriptomics for variable, diversity, and joining sequences），在空间转录组的基础上[2]，通过富集T细胞与B细胞抗原受体序列，更灵敏捕捉全长（具体指完整的CDR3 (complementarity determining region 3)序列）的TCR与BCR，从而在正常免疫组织以及肿瘤组织同时解析T、B细胞克隆分布（长读长版本）、空间转录组以及病理图片[2]。

7、[密码子的探索发现过程](https://mp.weixin.qq.com/s/Q_RxDXtaDne8KKLBwRlHCA)

本文解读和介绍 1961 年发表的经典论文，作者是著名的Francis Crick及其同事们，这篇文章一共解决了四个重要问题：密码子由三个碱基组成、密码子不重叠、序列起始于特定密码子、密码子表是简并的。

喜欢推文作者的最后的点评：

在那个人们对遗传信息究竟如何存储都还知之甚少的年代，PCR实验和自动测序仪都尚未诞生，更别提如今各种纷繁复杂、强大无比的生物分子精确操作技术，就在这样的“原始”条件下，他们延续了1953年DNA双螺旋结构发现所带来的激动人心，通过整合当时不同实验室的探索成果，结合理论推导，并设计巧妙的实验加以验证，最终提出了至今仍然成立的密码子学说。

10、[A Crash Course in Kubernetes](https://blog.bytebytego.com/p/a-crash-course-in-kubernetes?utm_source=substack&utm_medium=email)

Kubernetes 是云服务的杀手级应用，本文介绍了它的核心概念与结构。

kkjtmac commented 6 months ago

3、7、10

4、8、9、14

kkjtmac commented 6 months ago

4、[Genome Biology | CREaTor: 零样本学习预测细胞类型特异的基因表达顺式调控模式](https://mp.weixin.qq.com/s/_n-LLN1t0iXhrRzzt6YyXw)

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发表在Genome Biology上的这个CREaTor（Cis-Regulatory Element auto Translator）层次深度学习模型通过监督学习任务，利用靶基因近邻的顺式调控元件序列和功能基因组学特征，预测靶基因在特定细胞中的表达水平。该模型在ENCODE项目的19个人类组织和细胞系的近2百万数据对上进行了训练，并在未见过的细胞类型中进行了准确的基因表达预测。CREaTor的零样本学习能力和跨细胞类型建模能力使其成为研究顺式调控规律的有力工具，可用于系统性预测各类细胞的基因调控模式。

8、[2023年，CRISPR基因编辑领域10大研究，张锋实验室遥遥领先(https://mp.weixin.qq.com/s/8x9LsseY6MY0LqwYOCIGoA)

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本推文总结了2023年CRISPR基因编辑领域的十大研究进展，这些进展涵盖了新型CRISPR系统的开发、改造、治疗应用和安全性研究等多个方向。

9、[HMF Tools | 全基因组、靶向DNA和全转录组分析套件](https://github.com/hartwigmedical/hmftools)

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这里是哈特维格医疗基金会（Hartwig Medical Foundation）提供的一套工具集，用于分析基因组学数据。这些工具被用于该基金会的全基因组、靶向DNA和全转录组分析流程中。

14、[Sketchfab | 3D和增强现实（AR）在线平台](https://sketchfab.com/)

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Sketchfab 是一个3D和增强现实（AR）在线平台，它提供了一系列的工具和服务，让3D内容创作者、开发者和爱好者能够管理、分发、协作、展示和交易3D模型和AR体验。