Error when installing from Conda (pandas issue)

jpaganini commented 4 years ago

Hi guys,

How are you? I hope you are doing fine. Thanks a lot for this wonderful tool, I'm using it a lot in my research! I wanted to report an issue when installing from Conda (see below). Any idea why this might happen?

Input

(mob-suite_mmbioit) [jpaganini@hpcs03 envs]$ conda install -c bioconda mob_suite

Output

Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: /home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit

added / updated specs:

mob_suite

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
biopython-1.78             |   py38h7b6447c_0         2.1 MB
blosc-1.20.0               |       hd408876_0          71 KB
boost-1.73.0               |          py38_11          25 KB
ete3-3.1.2                 |     pyh9f0ad1d_0         1.8 MB  conda-forge
libboost-1.73.0            |      h37e3b65_11        13.9 MB
mkl_fft-1.2.0              |   py38h23d657b_0         157 KB
numpy-1.19.1               |   py38hbc911f0_0          21 KB
numpy-base-1.19.1          |   py38hfa32c7d_0         4.2 MB
pandas-1.1.2               |   py38he6710b0_0         8.5 MB
pip-20.2.3                 |           py38_0         1.7 MB
py-boost-1.73.0            |  py38h962f231_11         219 KB
python-3.8.5               |       h7579374_1        49.3 MB
scipy-1.5.2                |   py38h0b6359f_0        14.5 MB
setuptools-50.3.0          |           py38_0         729 KB
snappy-1.1.8               |       he6710b0_0          40 KB
xorg-libx11-1.6.12         |       h516909a_0         917 KB  conda-forge
------------------------------------------------------------
                                       Total:        98.1 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

_libgcc_mutex pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main biopython pkgs/main/linux-64::biopython-1.78-py38h7b6447c_0 blas pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl blast bioconda/linux-64::blast-2.5.0-hc0b0e79_3 blosc pkgs/main/linux-64::blosc-1.20.0-hd408876_0 boost pkgs/main/linux-64::boost-1.73.0-py38_11 bzip2 pkgs/main/linux-64::bzip2-1.0.8-h7b6447c_0 ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2020.7.22-0 certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2020.6.20-py38_0 dbus pkgs/main/linux-64::dbus-1.13.16-hb2f20db_0 ete3 conda-forge/noarch::ete3-3.1.2-pyh9f0ad1d_0 expat pkgs/main/linux-64::expat-2.2.9-he6710b0_2 fontconfig conda-forge/linux-64::fontconfig-2.13.1-he4413a7_1000 freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.10.2-h5ab3b9f_0 glib pkgs/main/linux-64::glib-2.65.0-h3eb4bd4_0 gst-plugins-base pkgs/main/linux-64::gst-plugins-base-1.14.0-hbbd80ab_1 gstreamer pkgs/main/linux-64::gstreamer-1.14.0-hb31296c_0 hdf5 pkgs/main/linux-64::hdf5-1.10.4-hb1b8bf9_0 icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-he6710b0_3 intel-openmp pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2020.2-254 jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9b-h024ee3a_2 krb5 pkgs/main/linux-64::krb5-1.18.2-h173b8e3_0 ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.33.1-h53a641e_7 libboost pkgs/main/linux-64::libboost-1.73.0-h37e3b65_11 libcurl pkgs/main/linux-64::libcurl-7.71.1-h20c2e04_1 libedit pkgs/main/linux-64::libedit-3.1.20191231-h14c3975_1 libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_2 libgcc pkgs/main/linux-64::libgcc-7.2.0-h69d50b8_2 libgcc-ng pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0 libgfortran-ng pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0 libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0 libssh2 pkgs/main/linux-64::libssh2-1.9.0-h1ba5d50_1 libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0 libuuid conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000 libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.14-h7b6447c_0 libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.10-he19cac6_1 libxslt pkgs/main/linux-64::libxslt-1.1.34-hc22bd24_0 lxml pkgs/main/linux-64::lxml-4.5.2-py38hefd8a0e_0 lz4-c pkgs/main/linux-64::lz4-c-1.9.2-he6710b0_1 lzo pkgs/main/linux-64::lzo-2.10-h7b6447c_2 mash bioconda/linux-64::mash-1.1-0 mkl pkgs/main/linux-64::mkl-2020.2-256 mkl-service pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py38he904b0f_0 mkl_fft pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.2.0-py38h23d657b_0 mkl_random pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.1.1-py38h0573a6f_0 mob_suite bioconda/noarch::mob_suite-3.0.0-py_1 mock pkgs/main/noarch::mock-4.0.2-py_0 ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.2-he6710b0_1 numexpr pkgs/main/linux-64::numexpr-2.7.1-py38h423224d_0 numpy pkgs/main/linux-64::numpy-1.19.1-py38hbc911f0_0 numpy-base pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.19.1-py38hfa32c7d_0 openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1h-h7b6447c_0 pandas pkgs/main/linux-64::pandas-1.1.2-py38he6710b0_0 pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.44-he6710b0_0 pip pkgs/main/linux-64::pip-20.2.3-py38_0 py-boost pkgs/main/linux-64::py-boost-1.73.0-py38h962f231_11 pycurl pkgs/main/linux-64::pycurl-7.43.0.5-py38h1ba5d50_0 pyqt pkgs/main/linux-64::pyqt-5.9.2-py38h05f1152_4 pytables pkgs/main/linux-64::pytables-3.6.1-py38h9fd0a39_0 python pkgs/main/linux-64::python-3.8.5-h7579374_1 python-dateutil pkgs/main/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0 pytz pkgs/main/noarch::pytz-2020.1-py_0 qt pkgs/main/linux-64::qt-5.9.7-h5867ecd_1 readline pkgs/main/linux-64::readline-8.0-h7b6447c_0 scipy pkgs/main/linux-64::scipy-1.5.2-py38h0b6359f_0 setuptools pkgs/main/linux-64::setuptools-50.3.0-py38_0 sip pkgs/main/linux-64::sip-4.19.13-py38he6710b0_0 six pkgs/main/noarch::six-1.15.0-py_0 snappy pkgs/main/linux-64::snappy-1.1.8-he6710b0_0 sqlite pkgs/main/linux-64::sqlite-3.33.0-h62c20be_0 tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.10-hbc83047_0 wheel pkgs/main/noarch::wheel-0.35.1-py_0 xorg-kbproto conda-forge/linux-64::xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002 xorg-libice conda-forge/linux-64::xorg-libice-1.0.10-h516909a_0 xorg-libsm conda-forge/linux-64::xorg-libsm-1.2.3-h84519dc_1000 xorg-libx11 conda-forge/linux-64::xorg-libx11-1.6.12-h516909a_0 xorg-libxau conda-forge/linux-64::xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0 xorg-libxdmcp conda-forge/linux-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0 xorg-libxext conda-forge/linux-64::xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0 xorg-libxrender conda-forge/linux-64::xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002 xorg-renderproto conda-forge/linux-64::xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002 xorg-xextproto conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002 xorg-xproto conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007 xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0 zlib pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.4.5-h9ceee32_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages numpy-base-1.19.1 | 4.2 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% xorg-libx11-1.6.12 | 917 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% setuptools-50.3.0 | 729 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% py-boost-1.73.0 | 219 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% boost-1.73.0 | 25 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% libboost-1.73.0 | 13.9 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% pip-20.2.3 | 1.7 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% mkl_fft-1.2.0 | 157 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% python-3.8.5 | 49.3 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% pandas-1.1.2 | 8.5 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% numpy-1.19.1 | 21 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% blosc-1.20.0 | 71 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% scipy-1.5.2 | 14.5 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% snappy-1.1.8 | 40 KB | ################################################################################################################################################################# | 100% biopython-1.78 | 2.1 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% ete3-3.1.2 | 1.8 MB | ################################################################################################################################################################# | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done ERROR conda.core.link:_execute(700): An error occurred while installing package 'bioconda::mob_suite-3.0.0-py_1'. Rolling back transaction: done

LinkError: post-link script failed for package bioconda::mob_suite-3.0.0-py_1 location of failed script: /home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit/bin/.mob_suite-post-link.sh ==> script messages <==

==> script output <== stdout: stderr: Traceback (most recent call last): File "/home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit/bin/mob_init", line 7, in from mob_suite.mob_init import main File "/home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit/lib/python3.8/site-packages/mob_suite/mob_init.py", line 8, in from mob_suite.blast import BlastRunner File "/home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit/lib/python3.8/site-packages/mob_suite/blast/__init__.py", line 9, in from pandas.io.common import EmptyDataError ImportError: cannot import name 'EmptyDataError' from 'pandas.io.common' (/home/dla_mm/jpaganini/data/miniconda3/envs/mob-suite_mmbioit/lib/python3.8/site-packages/pandas/io/common.py) return code: 1 ()

jrober84 commented 4 years ago

Thank you for your kind words. This issue is related to a pandas version issue, newer versions of pandas don't have EmptyData error. We have removed this dependency in a minor update 3.0.1 which will be released soon. However, a workaround in the meantime is to use an older version of pandas. conda install -y mob_suite==3.0.0 pandas==1.0.5. This is the same issue as #63

jpaganini commented 4 years ago

Thanks a lot for your prompt reply! I tried the work around that you suggsted and it worked perfect! Thanks for the help!

phac-nml / mob-suite

Error when installing from Conda (pandas issue) #70

Package Plan