Closed corneliusroemer closed 2 years ago
@corneliusroemer Vielen Dank für deinen Hinweis. Wir haben die Anmerkungen an die entsprechenden Stellen am RKI weitergeleitet die sich dann mit den Laboren in Verbindung setzen.
@HannesWuensche Hier das gleiche, mich würde interessieren, ob es Rückmeldungen/Korrekturen von den Laboren gab zur Randomisierung, jetzt wo das Issue geschlossen wurde. Danke!
Mir ist aufgefallen, dass es ein paar Submissions gibt mit
https://github.com/corneliusroemer/desh-data/blob/main/plots/sequencing_delay.png
draw_date == processing_date
, siehe die Delay-Verteilung hier:Weniger als 5 Tage Delay ist schon bemerkenswert. 0 ist praktisch unmöglich. Die Probe muss ja erst vom Patienten zum Labor für PCR, PCR muss gemacht werden, dann Sequenzierung, das dauert Stunden bis Tage, dann Bioinformatik, dann Submission.
Viel plausibler: hier werden Daten falsch eingegeben. Interessant ist, dass vor allem ein Labor betroffen ist mit PLZ
44879
, vermutlich Eurofins MVZ Labor Gelsenkirchen.Das hier sind sending_pc der Labore mit Delay = 0:
Und das die sequencing_pc mit Delay = 0:
Das ist die Verteilung für das Labor mit PLZ 44879, hier scheint das also systematisch zu sein:![sequencing_delay](https://user-images.githubusercontent.com/25161793/147695152-cd71a399-0262-41d2-be8c-7a489e09a30c.png)
Beim Sequencing Labor mit PLZ![sequencing_delay](https://user-images.githubusercontent.com/25161793/147695308-44e4e5c8-34e7-424e-969d-f17d07906a21.png)
76131
sind 0/1 Tage die Ausnahme, ziemlich sicher also Fehler, denn warum sollte es bei den paar Proben nur 0-1 Tage sein, wenn die meisten Proben 10 Tage brauchen: