modify python interface for Body

以下の3つの変更です

Body* BodyLoader::load(const std::string& filename) をpythonから呼び出すためにBodyLoaderのコンストラクタのpythonインターフェイスを追加しました
inline std::shared_ptr getCustomJointPath(Body body, Link baseLink, Link endLink)がdeprecated なので static std::shared_ptr JointPath::getCustomPath(Body body, Link baseLink, Link endLink) を呼び出すためのpythonインターフェイスを追加しました
void calcJacobian(Eigen::MatrixXd& out_J)をpythonから呼び出すとout_Jの行列が参照渡しされていなかったので修正しました．以前のコードだと以下のpythonの呼び出し方法ではヤコビアンが取得できず値が初期値のままでした．
```
from cnoid import Body, Base, BodyPlugin
body = Base.ItemTreeView.instance.selectedItem(BodyPlugin.BodyItem).body
jp = Body.getCustomJointPath(body, body.rootLink, body.link("joint name"))
J = numpy.ndarray((6,jp.numJoints))
jp.calcJacobian(J)
```
https://pybind11.readthedocs.io/en/stable/advanced/cast/eigen.html#pass-by-reference によるとEigen::Refを用いる今回の修正で正しいような気はするのですが，以前のコードでも参照渡しできていたような記憶があるので使い方等を間違えているようでしたらご指摘いただけると幸いです

あと懸念事項としては，データ保持形式がEigen(Column Major)とnumpy(Row Major)で異なっていた(https://pybind11.readthedocs.io/en/stable/advanced/cast/eigen.html#storage-orders) ので，pythonからアクセスするときだけEigenをRow Majorに変換するようにしていますが，こちらもpythonからJ = np.ndarray((6,6), order='F')などすれば不要ではあるので実装方法は要検討かもしれません．

s-nakaoka / choreonoid

modify python interface for Body #235