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starskyzheng / panpop

Application of pan-genome for population
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基于图形基因组的VCF合并 #28

Closed HaoWangLYL closed 5 months ago

HaoWangLYL commented 5 months ago

郑博士，您好 我想请教一下，对于使用NGS数据利用giraffe基于图形基因组得到的SVs的VCF文件，是否可以使用panpop进行个体VCF文件的合并了，如果可以具体的应该是那一步了？并且这时候使用的ref.fa是指的构建图基因组时候使用的线性ref吗？

感谢！

starskyzheng commented 5 months ago

对于普通的线性基因组的VCF合并，您可以参考https://github.com/starskyzheng/panpop/issues/15#issuecomment-1932548662 使用VG和图基因组得到的VCF进行PART合并，需要是普通的线性基因组的才行，使用线性ref.fa即可。 如果VCF是特殊的非线性基因组的，则可能无法直接应用bin/PART_run.pl

HaoWangLYL commented 5 months ago

我们的VCF文件是使用VG 比对到minigraph_cactus构建的图基因组得到的

starskyzheng commented 5 months ago

您看看你的vcf文件第一列的染色体名字，是不是都能对应到线性基因组？

HaoWangLYL commented 5 months ago

嗯嗯，是这样的！感谢您的解惑！  

635169288 @.***