panpop使用

[sueddfy]

郑老师您好，最近我在合并结构变异的时候遇到了一点问题，想问一下使用panpop合并多个个体基于多种call-SV的软件进行合并，是按不同个体还是按不同软件进行合并呢？另外，我的测序数据是二代数据，在没有参考图基因组的情况下是否可以用panpop进行合并呢？（https://codeocean.com/capsule/9511278/tree/v1）这个网站中的PART-run.pl是只进行合并的流程吗？期待老师的回复，祝您中秋节快乐，身体健康！

[starskyzheng]

是按不同个体还是按不同软件进行合并呢 都可以的。

我的测序数据是二代数据，在没有参考图基因组的情况下是否可以用panpop进行合并呢？ 就用PART_run.pl即可，使用用线性的参考基因组。

另外，您可以仔细阅读readme和issues，以便理解和应用PanPop。

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