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taxprofiler / taxpasta

TAXnomic Profile Aggregation and STAndardisation
https://taxpasta.readthedocs.io/
Apache License 2.0
31 stars 6 forks source link

[BUG] Adding taxon names to the output fails #137

Closed SannaAb closed 9 months ago

SannaAb commented 9 months ago

Is there an existing issue for this?

Problem description

Hi, thank you for a great tool!

I am getting: AttributeError: 'DataFrame' object has no attribute 'name' error when trying to merge reports from taxprofiler (kraken2, bracken, diamond). When i run without the add parameters it works. It have been testing on both the same reports from the older version of taxprofiler 1.0.1 and the new 1.1.0 but i get the same error. It might to be linked to the update of taxpasta as version 0.3.0 worked for me before i updated it.

Thank you for the help!

Code sample

Code run:

taxpasta merge -p diamond -o diamond_Diamond_230321.tsv --taxonomy /medstore/databases/taxprofiler/databases/taxpasta_taxonomy/taxdump --ignore-errors --add-id-lineage --add-lineage --add-name --add-rank --add-rank-lineage  KV23-5721-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV19-4396-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV19-4396-neg-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV19-4396-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV23-5721-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV20-1130-posEV-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV19-4396-neg-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV23-5721-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond.tsv

Traceback:

[09:47:34] WARNING  The merged profiles contained different taxa. Additional zeroes were    sample_handling_application.py:142
                    introduced for missing taxa.
╭─────────────────────────────── Traceback (most recent call last) ────────────────────────────────╮
│ /home/xabras/.conda/envs/TaxPasta/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/infrastructure/cli/merge │
│ .py:451 in merge                                                                                 │
│                                                                                                  │
│   448 │   result = handling_app.merge_samples(samples, wide_format)                              │
│   449 │                                                                                          │
│   450 │   if valid_output_format is not WideObservationTableFileFormat.BIOM:                     │
│ ❱ 451 │   │   result = command.execute(result)                                                   │
│   452 │                                                                                          │
│   453 │   logger.info("Write result to '%s'.", str(output))                                      │
│   454 │   if wide_format:                                                                        │
│                                                                                                  │
│ ╭─────────────────────────────────────────── locals ───────────────────────────────────────────╮ │
│ │        add_id_lineage = True                                                                 │ │
│ │           add_lineage = True                                                                 │ │
│ │              add_name = True                                                                 │ │
│ │              add_rank = True                                                                 │ │
│ │      add_rank_lineage = True                                                                 │ │
│ │               command = AddTaxInfoCommand(                                                   │ │
│ │                         │                                                                    │ │
│ │                         taxonomy_service=<taxpasta.infrastructure.domain.service.taxopy_tax… │ │
│ │                         object at 0x7f9e7a14a990>,                                           │ │
│ │                         │   summarise_at=None,                                               │ │
│ │                         │   add_name=True,                                                   │ │
│ │                         │   add_rank=True,                                                   │ │
│ │                         │   add_lineage=True,                                                │ │
│ │                         │   add_id_lineage=True,                                             │ │
│ │                         │   add_rank_lineage=True                                            │ │
│ │                         )                                                                    │ │
│ │                  data = [                                                                    │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV23-5721-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.di… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV23-5721-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV19-4396-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV19-4396-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV19-4396-neg-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV19-4396-neg-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV19-4396-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV19-4396-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV23-5721-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV23-5721-moc-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV20-1130-posEV-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV20-1130-posEV-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_D… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV19-4396-neg-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV19-4396-neg-DNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV23-5721-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_23032… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV23-5721-moc-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Dia… │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   (                                                                │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         'KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.di… │ │
│ │                         │   │                                                                │ │
│ │                         PosixPath('KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond… │ │
│ │                         │   )                                                                │ │
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│ │                         ..          ...    ...                                               │ │
│ │                         105        1308      1                                               │ │
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│ │                                                                                              │ │
│ │                         [110 rows x 2 columns]                                               │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   Sample(                                                          │ │
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│ │                         [630 rows x 2 columns]                                               │ │
│ │                         │   ),                                                               │ │
│ │                         │   Sample(                                                          │ │
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│ │                         name='KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_2303… │ │
│ │                         │   │   profile=    taxonomy_id   count                              │ │
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│ │                                                                                              │ │
│ │                         [880 rows x 2 columns]                                               │ │
│ │                         │   )                                                                │ │
│ │                         ]                                                                    │ │
│ │    samplesheet_format = None                                                                 │ │
│ │          summarise_at = None                                                                 │ │
│ │              taxonomy = PosixPath('/medstore/databases/taxprofiler/databases/taxpasta_taxon… │ │
│ │      taxonomy_service = <taxpasta.infrastructure.domain.service.taxopy_taxonomy_service.Tax… │ │
│ │                         object at 0x7f9e7a14a990>                                            │ │
│ │ TaxopyTaxonomyService = <class                                                               │ │
│ │                         'taxpasta.infrastructure.domain.service.taxopy_taxonomy_service.Tax… │ │
│ │   valid_output_format = <WideObservationTableFileFormat.TSV: 'TSV'>                          │ │
│ │           wide_format = True                                                                 │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│                                                                                                  │
│ /home/xabras/.conda/envs/TaxPasta/lib/python3.11/site-packages/taxpasta/application/add_tax_info │
│ _command.py:50 in execute                                                                        │
│                                                                                                  │
│    47 │   │   result = sample                                                                    │
│    48 │   │   if self.add_rank_lineage:                                                          │
│    49 │   │   │   result = Sample(                                                               │
│ ❱  50 │   │   │   │   name=result.name,                                                          │
│    51 │   │   │   │   profile=self.taxonomy_service.add_rank_lineage(result.profile),            │
│    52 │   │   │   )                                                                              │
│    53 │   │   if self.add_id_lineage:                                                            │
│                                                                                                  │
│ ╭─────────────────────────────────────────── locals ───────────────────────────────────────────╮ │
│ │ result = │    taxonomy_id  ...                                                               │ │
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│ │          1              2  ...                                              98062            │ │
│ │          2           1236  ...                                               1290            │ │
│ │          3        2987757  ...                                                 36            │ │
│ │          4            562  ...                                               1783            │ │
│ │          ...          ...  ...                                                ...            │ │
│ │          2649     1079859  ...                                                  1            │ │
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│ │          2652     1462615  ...                                                  1            │ │
│ │          2653      235443  ...                                                  1            │ │
│ │                                                                                              │ │
│ │          [2654 rows x 10 columns]                                                            │ │
│ │ sample = │    taxonomy_id  ...                                                               │ │
│ │          KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond             │ │
│ │          0              0  ...                                             247959            │ │
│ │          1              2  ...                                              98062            │ │
│ │          2           1236  ...                                               1290            │ │
│ │          3        2987757  ...                                                 36            │ │
│ │          4            562  ...                                               1783            │ │
│ │          ...          ...  ...                                                ...            │ │
│ │          2649     1079859  ...                                                  1            │ │
│ │          2650      586132  ...                                                  1            │ │
│ │          2651      717646  ...                                                  1            │ │
│ │          2652     1462615  ...                                                  1            │ │
│ │          2653      235443  ...                                                  1            │ │
│ │                                                                                              │ │
│ │          [2654 rows x 10 columns]                                                            │ │
│ │   self = AddTaxInfoCommand(                                                                  │ │
│ │          │                                                                                   │ │
│ │          taxonomy_service=<taxpasta.infrastructure.domain.service.taxopy_taxonomy_service.T… │ │
│ │          object at 0x7f9e7a14a990>,                                                          │ │
│ │          │   summarise_at=None,                                                              │ │
│ │          │   add_name=True,                                                                  │ │
│ │          │   add_rank=True,                                                                  │ │
│ │          │   add_lineage=True,                                                               │ │
│ │          │   add_id_lineage=True,                                                            │ │
│ │          │   add_rank_lineage=True                                                           │ │
│ │          )                                                                                   │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│                                                                                                  │
│ /home/xabras/.conda/envs/TaxPasta/lib/python3.11/site-packages/pandas/core/generic.py:5902 in    │
│ __getattr__                                                                                      │
│                                                                                                  │
│    5899 │   │   │   and self._info_axis._can_hold_identifiers_and_holds_name(name)               │
│    5900 │   │   ):                                                                               │
│    5901 │   │   │   return self[name]                                                            │
│ ❱  5902 │   │   return object.__getattribute__(self, name)                                       │
│    5903 │                                                                                        │
│    5904 │   def __setattr__(self, name: str, value) -> None:                                     │
│    5905 │   │   """                                                                              │
│                                                                                                  │
│ ╭─────────────────────────────────────────── locals ───────────────────────────────────────────╮ │
│ │ name = 'name'                                                                                │ │
│ │ self = │    taxonomy_id  ...                                                                 │ │
│ │        KV23-5721-RNA_pe_230627_NB501037_0884_AHK5LVAFX5_Diamond_230321.diamond               │ │
│ │        0              0  ...                                             247959              │ │
│ │        1              2  ...                                              98062              │ │
│ │        2           1236  ...                                               1290              │ │
│ │        3        2987757  ...                                                 36              │ │
│ │        4            562  ...                                               1783              │ │
│ │        ...          ...  ...                                                ...              │ │
│ │        2649     1079859  ...                                                  1              │ │
│ │        2650      586132  ...                                                  1              │ │
│ │        2651      717646  ...                                                  1              │ │
│ │        2652     1462615  ...                                                  1              │ │
│ │        2653      235443  ...                                                  1              │ │
│ │                                                                                              │ │
│ │        [2654 rows x 10 columns]                                                              │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
AttributeError: 'DataFrame' object has no attribute 'name'

Environment

### Package Information | Package | Version | |:---------|--------:| | taxpasta | 0.6.0 | ### Dependency Information | Package | Version | |:-----------------------------|------------:| | bash-kernel | **missing** | | biom-format | 2.1.14 | | depinfo~ | **missing** | | jupyter | **missing** | | mkdocs-awesome-pages-plugin~ | **missing** | | mkdocs-exclude~ | **missing** | | mkdocs-material~ | **missing** | | mkdocstrings[python]~ | **missing** | | numpy~ | **missing** | | odfpy | **missing** | | openpyxl | **missing** | | pandas~ | **missing** | | pandera~ | **missing** | | pre-commit | **missing** | | pyarrow | 11.0.0 | | rich | 12.6.0 | | tabulate~ | **missing** | | taxopy~ | **missing** | | tox~ | **missing** | | typer~ | **missing** | ### Build Tools Information | Package | Version | |:-----------|--------:| | pip | 23.1.2 | | setuptools | 67.7.2 | | wheel | 0.40.0 | ### Platform Information | | | |:--------|------------------------------------:| | Linux | 4.18.0-425.13.1.el8_7.x86_64-x86_64 | | CPython | 3.11.3 |

Anything else?

No response

Midnighter commented 9 months ago

Thanks for the report!

MRMHmdeleeuw commented 9 months ago

Hello @Midnighter and thank you for providing Taxpasta. I did a fresh install of Taxpasta 0.6.0 last week and came across this error as well, thinking my own custom Taxonkit taxdump was to blame. But actually, the How-to Add Taxa Names to Output tutorial produces the exact same error. I saw in the commits there has been refactoring of the sample ETL service, so I figured this could be a regression induced by the latest commits.

Workaround: git checkout 7f43707

I had to wind back this far because the commit just after, cd6fe48 still produced the error. Hope this helps and keep up the good work.

Midnighter commented 9 months ago

Awesome, thank you for the detective work 🕵🏼. I'll try to fix it soon.

MRMHmdeleeuw commented 9 months ago

Awesome, thank you for the detective work 🕵🏼. I'll try to fix it soon.

Great, because although that version supports merge to BIOM, it does not write the lineage to it.

Midnighter commented 9 months ago

Alright, I found the problem. I will try to release a fix tomorrow.

jfy133 commented 9 months ago

@LilyAnderssonLee @sofstam 👆