[PLP] python based PLP model issue

[ChungsooKim]

이슈사항:

Python 기반으로 생성되는 prediction model 이 생성되지 않는경우

원인

1. miniconda 에 주요 module 이 설치되지 않음.
2. python code 모듈의 dependency 문제

해결방안

0. patient level prediction install guide (https://github.com/OHDSI/PatientLevelPrediction/blob/master/inst/doc/InstallationGuide.pdf) 에서 에러 발생 여부 확인

1. reticulate::import(sklearn) 실행 시 module(sklearn) 출력 여부 확인 ('numpy','scipy', 'pandas','pydotplus','keras' 등 도 확인) -> module 이 없을시 reticulate::conda_install(envname = 'r-reticulate', packages = "sklearn', pip = T) 로 별도 설치

2. R library - PatientLevelPrediction - Python 폴더 내 py 코드 들의 dependency module import 가능 여부 확인 -> python module 변화로 import 불가한 경우 있음

[ChungsooKim]

git clone https://github.com/rstudio/keras 하여 클론 후 패키지 bulild.

keras::install_keras() function 내

  install_tensorflow(method = method,
                     conda = conda,
                     version = tensorflow,
                     extra_packages = extra_packages,
                     pip_ignore_installed = FALSE,
                     ...)

을 아래와 같이 변경하고 keras build 한 후 다시 수행 해볼 것

  install_tensorflow(method = method,
                     conda = conda,
                     version = tensorflow,
                     extra_packages = extra_packages,
                     pip_ignore_installed = TRUE,
                     ...)