It is unclear how to map the patient reported outcome coming from BrightFish to the reference ontology. The example data from BrightFish:
"item": [ { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q01", "text": "BEWEGLICHKEIT / MOBILITÄT", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "1", "display": "1:Ich habe keine Probleme herumzugehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q02", "text": "FÜR SICH SELBST SORGEN", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "2", "display": "2:Ich habe leichte Probleme, mich selbst zu waschenoder anzuziehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q03", "text": "ALLTÄGLICHE TÄTIGKEITEN ", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "3", "display": "3:Ich habe mässige Probleme, meinen alltäglichen Tätigkeiten nachzugehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q04", "text": "SCHMERZEN / KÖRPERLICHE BESCHWERDEN", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "4", "display": "4:Ich habe starke Schmerzen oder Beschwerden " } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q05", "text": "ANGST / NIEDERGESCHLAGENHEIT", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "5", "display": "5:Ich bin extrem ängstlich oder deprimiert " } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q06", "text": "Wir wollen herausfinden, wie gut oder schlecht Ihre\nGesundheit HEUTE ist.Diese Skala ist mit Zahlen von 0 bis 100 versehen. 100 ist die beste Gesundheit, die Sie sich vorstellen können. 0 (Null) ist die schlechteste Gesundheit, die Sie sich vorstellen können. Bitte kreuzen Sie den Punkt auf der Skala an, der Ihre Gesundheit HEUTE am besten beschreibt.", "answer": [ { "valueInteger": 70 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.daily-activities", "text": "Tägliche Aktivitäten", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.eq-5d-5l-vas", "text": "EQ-5D-5L VAS", "answer": [ { "valueInteger": 70 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.fear", "text": "Angst", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.mobility", "text": "Mobilität", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }
Currently, we model the patient reported response as Measurement entities. We then find the corresponding SNOMED observable entity for each question and add the patient's response as a hasFreeText attribute. For example:
It is unclear how to map the patient reported outcome coming from BrightFish to the reference ontology. The example data from BrightFish:
"item": [ { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q01", "text": "BEWEGLICHKEIT / MOBILITÄT", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "1", "display": "1:Ich habe keine Probleme herumzugehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q02", "text": "FÜR SICH SELBST SORGEN", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "2", "display": "2:Ich habe leichte Probleme, mich selbst zu waschenoder anzuziehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q03", "text": "ALLTÄGLICHE TÄTIGKEITEN ", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "3", "display": "3:Ich habe mässige Probleme, meinen alltäglichen Tätigkeiten nachzugehen" } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q04", "text": "SCHMERZEN / KÖRPERLICHE BESCHWERDEN", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "4", "display": "4:Ich habe starke Schmerzen oder Beschwerden " } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q05", "text": "ANGST / NIEDERGESCHLAGENHEIT", "answer": [ { "valueCoding": { "code": "5", "display": "5:Ich bin extrem ängstlich oder deprimiert " } } ] }, { "linkId": "com.brightfish.di.eq5d5l.q06", "text": "Wir wollen herausfinden, wie gut oder schlecht Ihre\nGesundheit HEUTE ist.Diese Skala ist mit Zahlen von 0 bis 100 versehen. 100 ist die beste Gesundheit, die Sie sich vorstellen können. 0 (Null) ist die schlechteste Gesundheit, die Sie sich vorstellen können. Bitte kreuzen Sie den Punkt auf der Skala an, der Ihre Gesundheit HEUTE am besten beschreibt.", "answer": [ { "valueInteger": 70 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.daily-activities", "text": "Tägliche Aktivitäten", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.eq-5d-5l-vas", "text": "EQ-5D-5L VAS", "answer": [ { "valueInteger": 70 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.fear", "text": "Angst", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }, { "extension": [ { "url": "http://brightfish.com/extensions/dataidentifier-type", "valueString": "derived" } ], "linkId": "com.brightfish.dataidentifier.mobility", "text": "Mobilität", "answer": [ { "valueInteger": 0 } ] }Currently, we model the patient reported response as Measurement entities. We then find the corresponding SNOMED observable entity for each question and add the patient's response as a hasFreeText attribute. For example:
http://rdf.aidava.eu/questionnaire/Patient%2F38d87cde91460e1db3c9474a/284773001 a https://biomedit.ch/rdf/sphn-ontology/sphn#Measurement; aidava:hasPatient http://rdf.aidava.eu/Patient%2F38d87cde91460e1db3c9474a; https://biomedit.ch/rdf/sphn-ontology/sphn#hasCode http://snomed.info/id/284773001; https://biomedit.ch/rdf/sphn-ontology/sphn#hasFreeText "3:Ich habe mässige Probleme, meinen alltäglichen Tätigkeiten nachzugehen", "3:Ichhh habe mässige Probleme, meinen alltäglichen Tätigkeiten nachzugehen" .
This should be revisited in G2.