meeting 25.10.2017 - Githubissues

AlexanderMattheis / rna-playground

A bioinformatics project to visualize the inner workings of RNA

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meeting 25.10.2017 #13

Closed martin-raden closed 6 years ago

martin-raden commented 7 years ago

[x] clustering.js : getNextClusterName() : cluster name = concatenation der singleton cluster names
[x] wichtig: doku vom srand-hack
[x] getMaximumScore(sequence) produkt nutzen.. ;)
[x] (erst prüfen wie lange gerechnet) ggf. nötig: input disablen solange gerechnet wird (abh von rechenzeit); ggf. über disablen eines input-umgebenden divs, falls disabling vererbt wird -> check
[x] check getExpectedScore() ob i,j als mengenelemente von mengenzusammenfassung von a,b zu verstehen sind
[x] check of alignmentlaenge anzahl columns oder sequencesymbols ist

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Gerade angekommen. Die letzten zwei haben sich beim Gehen zum Zug geklärt. Unter Bedinung S_rand <= S_max resultiert tatsächlich, dass die Alignment-Länge die Anzahl Columns ist und man iteriert tatsächlich über die Menge von Buchstaben in den Alignments (und nicht über jede Stelle). Ansonsten, ist es wie du gesagt hast: S_rand würde zu groß werden...

martin-raden commented 7 years ago

bzgl. implementation. in dieser implementierung verwenden sie auch die anzahl der columns die nicht komplett gap sind (kann passieren aufgrund des placeholders) als alignmentlänge ttlseq1 und iterieren über das alphabet anstatt die sequenzpositionen.

martin-raden commented 7 years ago

hab auch das paper gefunden (kommt per mail). darin ist das d der gap-score aus den alignments!

allerdings ein bissl fraglich, wie man das mit den affine gap costs verknüpft. ggf. einfach den gap(1) score nehmen.

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Ok, super danke für die schnelle Beschaffung und die zwei Kommentare. :)

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Habe glaube ich eine Idee, die Sinn machen würde eventuell, muss austesten... S_rand = (1/L) (SumSum ...) - numOfGaps enlargement - numOfStarts baseCosts

Wobei laut Paper, dass d negiert ist (weil es eine Penalty ist), also eigentlich (1/L) (SumSum ...) - numOfGaps (-enlargement) - numOfStarts (-baseCosts)

Vorteil: wären baseCosts = 0, dann wird der gewöhnliche Feng-Doolittle unter Needleman-Wunsch ausgeführt. Also, könnte man den gewöhnlichen Feng-Doolittle mit dem hier auch wieder simulieren...

Gruß, Alex

martin-raden commented 7 years ago

klingt gut, das wär natürlich eine viel sauberere lösung als mein vorschlag. 😄