Hier schreibe ich nicht abgemachte (notwendige) Änderungen hinein.
8.11.2017 bis 14.11.2017: T-Coffee
Ich habe gemerkt, dass die Matrizen alle spiegelverkehrt waren bzgl. der Diagonalen.
Also Sequenz a und Sequenz b vertauscht gewesen sind in allen Algorithmen (in den Tabellen).
Das habe ich korrigiert, weil sonst die Argumente in den Formeln vertauscht wären.
(hatte ewig gedauert, dass zu fixen)
Alignment=Top in allen Tabellen-Einträgen gesetzt. Dadurch sind nun alle Einträge auf selber Höhe.
E-Mail zu "Once a gap, always a gap"
Performance von T-Coffee maximiert.
Die Joining-Prozedur funktioniert ja etwas anders als in Feng-Doolittle.
Man muss für eine bestimmte Gruppe
den TracebackPath für das Alignment nur einmal ausrechnen
und das nutze ich nun aus -> keine Neuberechnung der Matrix
(ist notwendig, weil der Algorithmus anders als es im Paper heißt
nicht sehr schnell ist (wenn man noch lokale Alignments etc. ausnutzt) -> habe mich erkundigt)
Im Bild sieht man, dass derselbe Traceback-Path von den zwei Sequenzen a und b verwendet wird, weil
anders ausgerichtet wird (Durchschnitt von allen Gruppen-Elementen an bestimmter Position, mehr in Unit-Test PDF)
Bug in Feng-Doolittle und zerstörten Code korrigiert.(hatte ewig gedauert, dass zu fixen)
Zusätzlicher Unit-Test zu Feng-Doolittle.
Sortier-Funktion für Zahlen-Tupel (i,j) in Tabellen.
Sortier-Funktion für Cluster-Tupel (a,b) in Tabellen.
Hier schreibe ich nicht abgemachte (notwendige) Änderungen hinein.
8.11.2017 bis 14.11.2017: T-Coffee