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AlexanderMattheis / rna-playground

A bioinformatics project to visualize the inner workings of RNA
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29.11.2017 #17

Closed martin-raden closed 6 years ago

martin-raden commented 6 years ago

T-coffee

Hirschberg

mail an Martin :)

Tree-generation

neighbor-joining

benennung: bitte folgendes mit bindestrichtrennung umbenennen:

martin-raden commented 6 years ago

Moin Alex, bzgl. Hirschberg und D' matrix: kannst du bitte prüfen wieviel arbeit es macht Folgendes umzusetzen:

damit würde man das interpretationsproblem loswerden... Danke, der Martin

AlexanderMattheis commented 6 years ago

" keine sequenzlabel in der tabelle (vielleicht durch ersetzen/überschreiben der sequenz mit leerstring der gleichen länge?) nur zeilen/spaltennummern " Jo, könnte ich machen.

bsp AACG | AATCG trace buggy.. Tritt bei mir nicht auf komischerweise - ich probiere es noch an einem anderen Computer und Browser. Vielleicht liegt bei dir im Browser-Cache noch eine alte Version der Dateien? Kriege das auch mit anderen Browsern nicht hin...

Update: Habe es jetzt auch an zwei anderen Computern getestet (Windows 10 Firefox - kein Problem und unter Windows 7 - alte Firefox-Version, auch kein Problem...)

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martin-raden commented 6 years ago

mhh... nun läufts bei mir auch.. hatte sich wahrscheinlich wirklich der browser verschluckt. hab den punkt aus der todoliste genommen.

AlexanderMattheis commented 6 years ago

Ok, danke. Hatte inzwischen auch unter Linux getestet... Ich werde in der letzen Woche auch noch auf Tablets etc. mal schauen, wie es läuft, um Random auftretende Fehler auszuschließen...

Gruß, Alex

martin-raden commented 6 years ago

habe deine letzten commits durchgeschaut und ein paar comments hinterlassen (siehe liste und links oben). bitte auch durchgehen! danke

AlexanderMattheis commented 6 years ago

Alles zurückgeändert...

du musst über alle input alignments summieren, sonst stimmt deine formel nicht! daher die änderung oben! bitte zurückändern! Ich hatte total vergessen, dass wir ja jetzt Multiple Optimal Alignments verwenden, ... ich glaube, ich war gestern abend zu müde.. Sorry...

diese änderung war absicht, damit das "FE" vom cofFEe erklärbar wird... Ah, ok, wie gesagt, ich sollte abends nicht mehr draufschauen...

warum genau hast du hier x und y vertauscht? Das ist eine gute Frage... :) Ich tausche es zurück.

Ok, bin dann weg.

AlexanderMattheis commented 6 years ago

Hi Martin, Ich bin soweit mit den ersten 4 Punkten durch + den Kommentaren. Habe auch noch beim T-Coffee bei dem Interface was verändert, damit es konsistent ist. Konnte leider nicht sofort heute anfangen und war noch zwischendurch immer wieder weg, daher erst jetzt das Ganze vollendet und wegen den missglückten Veränderungen in der Description, sorry. Ich dachte, dass ich dir etwas Arbeit abnehme, aber naja ... nächstes mal frage ich besser.

martin-raden commented 6 years ago

@PerfectionMaschine hab den Hirschbergtext/-rekursionen/-tablelayout überarbeitet..

solltest daher ein "pull" machen, bevor du weitercodest.

Grüsse, der Martin

martin-raden commented 6 years ago

@PerfectionMaschine hab gerade die todo-list mit sachen aktualisiert, die mir noch über den weg gelaufen sind. eilt alles nicht, kann man auch in die nächste woche verschieben. wollt sie nur nicht vergessen. 😄

AlexanderMattheis commented 6 years ago

Hoffe damit nun fertig zu sein.