meeting 06.12.2017

[martin-raden]

generell:

• [x] select first result alignment per algorithm and show according traceback

iterative refinement (bioinf-2)

• input
  • [x] FD input
  • [x] refinement strategy selection
    • [x] round robin - min-dist-pairs (jede sequenz S aus finalem alignment raus; gap cols löschen; paarweises realignment von S gegen S' min minimaler distanz (aus guide-tree berechnung); merge via best (FD routine nutzen?!) ) => N alignments
    • [x] round robin - S-vs-all (for each S realign to all seqs from alignment => (N^2)/2 alignments
• output
  • [x] "start" MSA aus FD (restlicher FD output nicht benötigt)
  • [x] refined MSA (ggf. zwischenschritte oder anzahl von gerechneten paarweisen alignments fuer aufwandsabschaetzung etc.. noch zu überlegen..)

Eigene Aufgaben (Alex)

• [x] Output für Min-Distance-Pair erweitert (Distanz-Tabelle mitangezeigt)
• [x] Baum für Round-Robin allgemein angezeigt (weil man in der Reihenfolge neuausrichtet in der Sequenzen zur MSA zugefügt wurden)
• [x] online getestet -> furchtbare, nur online auftretende Bugs entdeckt dabei und gefixt (Hirschberg speziell)

[AlexanderMattheis]

Edit: Fehler, die ich korrigieren konnte, habe ich korrigiert.

Hi Martin, Mir sind noch paar Sachen aufgefallen beim Testen heute und ich habe die Hirschberg-Visualisierung gefixt (war notwendig - sonst wird es irgendwann zu viel):

1. Es kann das hier passieren (tritt manchmal auf) - Darf ich das zurückändern zu "Trace-Cells" statt "Traced-Cells" (kann die Kästchen nicht größer machen, da sonst ein Bug auftritt in manchen Browsern beim Rendern) Außerdem fällt bei den Tabellen der Boden irgendwie ab in RNA-Playground (auch auf Bild zu sehen) - habe das zuerst nicht bemerkt.

Das hier stimmt leider nicht - Es können auch Reihen übersprungen werden, da man im Terminal-Case landet. Ich könnte das mal ändern.

Nun ja und Gotoh-Local läüft auch nicht in RNA-Playground, weil der Name, der übergeben wird an den Loader nicht stimmt... statt 'GotohLocal' müsste 'Gotoh (Local)' übergeben werden, also einfach der Name im Algorithmen-Menü von mir. Aber ich glaube, du hattest Bescheid gesagt, weiß nimmer...

[martin-raden]

Moin, ja die Umbenennung bei (1) kannst du gern rückgängig machen. Könntest auch alternativ "Traced Cells" einfach über den Table als Text schreiben und gar kein Tablelabel vergeben.

bzgl. dem Text.. da gings mir um die Detailliste unten, welche ja immer für eine Zeile i ist. Ggf. auch "For each displayed row i" oder was dergleichen. Die Problematik mit den übersprungenen Zeilen ist hier denke ich irrelevant.

Bzgl. local Gotoh: hatte ich dann wohl doch nicht getestet... uaks.. schau ich mir gleich an

[martin-raden]

ok, webserver ist gefixt. danke fürs sehen!

[AlexanderMattheis]

Würde die jetzt gerne die Folien diese Woche anfertigen und mein Projekt noch itensiv durchtesten, um alle möglichen Fehler auszuschließen. Ich würde auch gerne meinen Code bereinigen und schauen, dass bei der Dokumentation immer alle Parameter beschrieben sind (vergesse nämlich manchmal etwas). Außerdem habe ich noch paar "Schönheits"-Korrekturen im Code vor.

[AlexanderMattheis]

Done! Nur noch Folien und intensives Testen etc.