meeting 13.12.2017

[martin-raden]

iterative refinement

• [x] neuer drop down button "Round-robin order" zur festlegung der realignment reihenfolge:
  • [x] input order
  • [x] guide tree left-to-right traversal
  • [x] guide tree right-to-left traversal

allgemein

• [x] entwurf vortragsfolien

[AlexanderMattheis]

Hi Martin, Ich glaube wir hatten uns iwie missverstanden oder ich weiß nicht? Bin irritiert... Ich ermittle ja mit dem Post-Order die Reihenfolge für die Blätter (=Sequenzen) und egal ob ich Inorder, Post-Order oder Pre-Oder mache die Reihenfolge für die Blätter ist immer gleich: http://www.geeksforgeeks.org/tree-traversals-inorder-preorder-and-postorder/ https://en.wikipedia.org/wiki/Tree_traversal (sieht man an den Beispielen ganz gut - wir schauen uns ja keine Wurzeln an) Also, ich ermittle die Reihenfolge in der ich die Sequenzen aus der MSA entferne damit und neu realigniere...

Was du glaube ich meintest ist, dass ich immer zuerst den linken Ast anschauen könnte, also: Input-Sequenzen-Reihenfolge Left-First Branch Right-First Branch (ich hatte leider als heute bei dir im Büro leider die Definitionen im Kopf von Pre-,Post-,In- anders... dachte, das man bei Pre-Oder den rechten Ast zuerst anschaut und bei Post-Oder den linken Ast). Nur dann würden unterschiedliche Reihenfolgen entstehen...

Gruß, Alex

Edit: Habe das jetzt mit Left- und Right-First programmiert. Muss jetzt nur noch den Baum richtig rumzeichnen...

[martin-raden]

uaks, ja mein Fehler. Und ja gibt um left-to-right vs right-to-left traversal..

[AlexanderMattheis]

Ok. Dann hat sich es ja. :) Habe aber nochmal überlegt bezüglich dem was du gesagt hast, dass im Baum die Joining-Reihenfolge nicht encodiert ist. Das stimmt. Jedoch ist sie in meinem UPGMA-Baum schon encodiert, da ich die Konvention aus der Machine Learning for Life Sciences beachte:

Heißt die Knoten mit den zuerst gejointen Knoten stehen bei mir ganz unten bei Left-First. Somit müsste ich auch wieder die Reihenfolge bekommen in der die Sequenzen in die MSA eingefügt wurden.

Viele Grüße, Alex

[AlexanderMattheis]

Hi Martin, mit dem Programmieren bin ich soweit fertig und mit dem Testen auch. Ich habe auch mehrfach im Linux Firefox (ver. 57)/Chrome (Ubuntu 14.04) getestet und größere CSS-Probleme festgestellt und korrigiert.

Habe jetzt Browser und Betriebssystem abhängiges CSS in der "innerstyle.css". Außerdem habe ich das Projekt unter Windows 10 und Windows 7 mit den gängigen Browsern getestet: konkret Edge, Firefox, Opera und Chrome.

Außerdem habe ich noch zahlreiche Bugs mit den Interfaces gefixt:

• Sortierung von Tupeln hat teilweise falsch sortiert
• neutrales Symbol # in Feng-Doolittle wurde als Mismatch erkannt
• Iterative Refinement ist "abgestürzt" bei leeren Sequenzen und Round-Robin-Roder: Input-Order
• ... und noch weitere

Neue "Funktionen":

• Single Linkage und Complete Linkage in Clustering Algorithms
• Pairwise-Best in Iterative Refinement
• Hirschberg Traceback Picture mit SVG (falls du noch etwas daran verändern willst - Render-Auflösung lieber nicht verändern, sonst muss dass CSS wieder angepasst werden (wegen MathJax) - Bitte mir Bescheid geben - CSS ist Betriebssystem abhängig)

Sonstiges":

• Newick-Strings umgedreht (Traversierung)
• Code-Kommentare überarbeitet (hoffe das es jetzt vollständig ist) und alle Dateien gesäubert
• Docs ergänzt und Unit-Test-PDFs korrigiert
• Style überall angepasst

Also, du kannst jetzt auf den Server sozusagen die "finale Version" hochladen und ich mich voll und ganz den Folien widmen, denn ich habe über alles was in den letzten zweieinhalb Monaten entstanden ist drübergeschaut.

Viele Grüße, Alex