meeting 11.10.17 - Githubissues

AlexanderMattheis / rna-playground

A bioinformatics project to visualize the inner workings of RNA

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meeting 11.10.17 #3

Closed martin-raden closed 7 years ago

martin-raden commented 7 years ago

[x] * table div scrollbar direkt unter table; "download table" darunter ausserhalb von scrollarea
[x] * Gotoh: recursion: reihenfolge : P,Q,D wie in berechnung
[x] * change SW recursion to table name 'S' (schon im text geaendert)
[x] + "Download Table XYZ" links : tabellennamen ergänzen
[x] - 'distance' option bei SW entfernen
[x] - "Live"-Update (added by Alex)

algos

[x] + normalized local alignment siehe #2
[x] + "Gotoh local" = SW-variant of Gotoh (0 case in D; local traceback mit start in D)

martin-raden commented 7 years ago

uaks.. genau falsch rum gepostet: du hattest natürlich recht mit deiner nachfrage: beim SW wird similarity maximiert (und man schneidet bei 0-similarity ab) und die distance optimierung muss weg (weil die distanz beliebig gross sein kann und man halt keine sinnvolle obere schranke hat)

martin-raden commented 7 years ago

@PerfectionMaschine kannst du bitte erstmal die ersten 5 punkte angehen und mir bescheid geben, damit ich die webserver integration machen kann. danke dir!

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Ok, die ersten 5 Punkte sind getan.

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Gerade ist mir das noch mit dem Live-Update eingefallen. Habe das partiell reingemacht + Input Outlining für besseres Verständnis. Man könnte das natürlich komplett Live machen wie bei Google Instant Search... da gucke ich mal, also das schon beim Eintippen berechnet wird. Ich denke vorerst reicht das mit dem Input Outlining aus.

AlexanderMattheis commented 7 years ago

Gotoh (Local) ist jetzt auch fertig und getestet.