Bilan Décembre - Githubissues

Une grandes partie des tâches (11/13) soulevées lors du dernier bilan ont été réalisé (Bilan Novembre : https://github.com/AlizeeBardon/shiny_enrichment_analysis/issues/2#issue-1080833013)

tâches réalisés durant cette période :

[x] évolution de l’interface graphiques (css)
[x] interactivité graph / tableau : la sélection d’un d’un point sur un graph entraîne sa coloration dans le tableau
[x] choix de l’organisme dans le sidebar bouton run annotation : permet d’annoter et afficher l’annotation en bas de la première page (whole data analysis)

Tester le package golem (produire une application Shiny sous forme modulaire) :

[ ] Retranscrire le script actuel dans un projet Shiny golem et le faire fonctionner
[ ] Organiser le code actuel sous forme de différents modules

Tâche à faire :

[ ] Test Over Représentation (ORA) pour les fonctions GO, pathway et protein domain -> sous liste d’intérêt (sélection par la pvalue : sur ou sous représenté) -> table de continence -> c’est une compa de 2 proportions -> les test : -> test de Fischer (loi hypergéométrique) -> test avec approximation binomiale et normale -> test du Chi2 d’homogénéité
[ ] test gene set enrichment analysis (GSEA) pour les fonctions GO, pathway et protein domain -> liste ordonnée -> fonction S sur représentée sous représentée non sur ou sous représentée

AlizeeBardon / shiny_enrichment_analysis