Open boweny920 opened 2 days ago
Hi Anton,
I got the following error which resulted in a crash of the tool. Any idea to why this is and how i might be able to fix it? Thanks!
cmd : lja -o LJA --reads hifi_mm_test.fastq -t 57 --diploid
''' 29:57:49 196.4Gb INFO: Collected 16158 overlaps. Looking for unique overlaps 30:01:10 196.4Gb INFO: Collected 6094 unique overlaps. 30:01:10 196.4Gb INFO: Adding new connections to the graph Error: could not align sequence 5325 AGATGCACATGATATGTACTCACTGATAGTGATATAGTGCATGCTCATATCAGATACATCACAGTCATATGAGCTCAGAGAGACATGTGATGCTCATACTAGAGTACATACTCATGAGAGAGAGAGTCGAGCAGAGACTGAGACTCATCAGTGACTATCACTAGAGATCATCATATACAGTCATCACTAGACACTATCTGATGCAGATGTGCTGATGAGTCTGATATAGCTGTCTCTGAGAGCTCTGCAGTGCTGACAGTACAGAGCAGATCTGTACATATGTACTGAGCATAGTCATGAGTAGCACGAGACAGAGAGCTGACAGTGTATCATAGATACACATATGACACAGATCTCAGAGCTCTGCATACATCATCAGAGTATATATGAGCGACATGCTCACTCTGTATATAGCAGATAGCTCTGACATATGAGAGAGCTGTCTGTGATGCTAGCTGCAGTAGAGTATAGATCACATACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACTCATCACTCAGCTCTGTCTGACATCTCATCTCATCAGTCACTGATAGTATCTCATACGTGTCTGTCAGATCTATCAGACACTATCACACTCATCACTGCAGCTCATGTCTCTCTCTATGTCTGCTCAGCTCTGCACTGTGCTGCAGCAGCTACACATCTGATCTCATATATATATGTGAGAGAGCAGAGAGAGTCTCAGTGACATATCTCAGTACTGACTGTGAGCTGTGTCACATCATCACATCACTCATCTGTGCACACATATCTCTCAGCTCTCTGCTGTCTACACACATCTATCATCAGTGTGTGATGAGATATGTGAGATGTGTATGATATCAGACAGTATGAGATATCTACATATGTCTGAGTCTCTACATAGAGTCAGACTAGTACTCTCATGAGAGACAGAGTGAGAGACAGCACAGACTATGTATAGAGATGTGACATCACTACATACACACATCAGTCACAGTATCACAGACACTAGATATAGCAGTGTGCTATACTAGAGTGATATAGCATCACATGATAGCACAGATCATGTGTGATACTATGACACACTCTATACTACAGATACATCTATCAGTCATGCTACTAGTGCTGAGTCATATATGAGACTATGTATCTACTGATCTATATACTATATAGATATGTACTGTATGTCTGCTATGTCTCTGACTCTAGTGTCTGATGCTATATATGCACTGCTGCTATATCTGTCTATGTATACTCTACAGCATCTCATGTATGTCTAGTCACGTCAGTATATCTCATAGTGAGCGCAGTGTCAGATCTGAGATGTACATGCATACACTGACAGTAGAGTGTGTGAGCACGTGTGCTGTAGCTCTCTGCATATAGTCAGATCATCAGATGTGCACACATACTCATCAGTGTATCAGATATCTAGACTCAGTCTATCTCTCTGTGATCAGTCTGTCATGACATATACTACATCACAGTCATATCAGACATGTGATATCTATGTGATGCTATATGATGTGATGACAGATGCTGATGTGATGATGATACATCTCAGCACATATATAGCTGCTATGCAGTATATATCACTAGACAGAGACACAGAGAGAGTACTCTACATGAGTGACATATAGCAGAGCTACAGAGCAGTATGTATATACATGCTATGTATGAGTATGATGTAGCTATATCTCTATCATCTACAGACATAGCTCACTATGATGATATGTGTCTCACTGTGCACATGCAGTGCTCAGATAGCATATCAGATCAGAGTGAGTAGTGAGTCATGTCTGCACTACACAGATCATATGATGTCTGATGAGCACTGATAGTATGTGTATGATACTAGAGTATCTCAGACTAGTATGCATATATGTCTCTAGTGTCTATATGAGCTCTGATACATACTGTGTGAGAGATATGCTCTGATGCTCATAGATCATGTATAGTGTAGATGATGTATGATACATGTATACAGATGCATATACATGTAGTACAGTGTAGCTAGAGTATATCTCTGTGAGATATGATATACATACTGAGTAGATATGTACATGAGCATATATGTATGATGTACATATGCAGATATAGAGTATCATATATCACTGACATATACATAGTACTCACAGTACTGTAGATCAGCATCTGATCTACAGATCTAGTATATATGTGCATGAGATGCTCACTAGTAGATACTATCACTGTCAGAGCAGCACACTGTCACACAGTAGTGTGTATACATCTATACTCAGCATATATACACAGCACACACACACACATATAGTATATGTATATGTCACTGAGATCTATCATGCTAGCATGATCTGATAGTGACTGCGATATATGTATCTGCTAGAGCTACAGTCTCTAGCATGATATGCAGAGTGCACATGCTATGATAGTGATGTGATACAGATATGTGTCAGTGTATCATCATGCATACAGTATGACTCACATGATGAGAGCTACAGCGTGTGCAGTCTCTGAGAGATACACAGAGAGATGACAGATATAGTACTATCTAGACATCTAGATGTCTCTACAGTCTATATCAGAGTGCTACATACTGTCAGAGAGACATAGATATAGTATATACACATACATACTACATAGATGAGATAGTGCTGACATCTGTGAGTCTATAGAGTATCATGCTGTGATATATATATACATATAGACTCATACTCATATGTCAGTACAGAGTACAGATGACACTGAGATGTGTAGTGTGATAGTACATAGCTAGATACATGTATAGTCTATCAGAGCTATGTATGACTCATGTCACATGCATGTACATGCTAGAGTGCATATCATGATAGACAGCGATACTGAGAGATGCATGATATAGTACTGCAGACACATATGTGACTGATCATGCAGCATCATCAGAGTGATAGTATGTGCATCTATGCATGTATCATATGTCATGATAGCTGTCACATACACAGTAGTGTAGTAGTATACTAGCATATATGTACTATGTATCTGATCTACACATGAGCACACTGATCTAGAGAGACTCTAGTAGTGATATCTCATCATCTCATGCTGTCATGTGTGTGTCGTCTCTATAGATATATCATACATCATGCTATCAGAGTCACACGCTCACACTCTCACACATCACTCTGTCTGCGTCTATACTGAGCATATAGTGCATGACATGCTCTCTCACTGATGCGACTAGCATCTCTGATACATATGCAGCTAGAGACACGAGCTCTGTACTGTAGTCATATGTGTCACTATAGTGTAGATCTAGCTCTGTACTCTCTAGCTCTCATGCTGTATCATACATAGCTGACAGTGAGCATCACTCTGTGTGCTAGCTGCATAGTCTCACAGAGACAGCTATCTGTCTCAGCATCTGTAGTGTATGCATGTGTCAGTGTGAGCTGACTATAGATGATCAGATATGCAGTCTAGATAGTCATCTGTCTCATCTCACTGTCTCTGTACTCTCATGTGTGTCAGAGATGCTCTGTGATAGAGCACTGACTGCTCTAGAGTCTGAGTCATCAGCACACATGATGCTCACACATCTGTATGATCAGATGCATCTGTGTGTCTAGACAGCTACAGTGTACTCATATGATGCTGCTCTGATGAGCACAGTAGCAGTATATGATCATGACTATACACTAGCATATACATATCATATATAGCATGCAGCTATCATACACATATCTATGATAGTATCAGTAGCATAGTATCTGTCTGAGTCACATAGCATAGATAGCACAGTGTAGAGATGTCTCTACATATCTCATCTCAGCATGCATGCATAGATCTGATCATGTCTACTAGTAGTATCATGACTATGAGCTGTCTCTCTCTCTATCTCTCTACTCTCTGCTGTCTCTCTGTGTCGTGTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTCTCTCTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGCAGATATGTCACTCATATCAGCAGTGTAGAGTCAGTGTAGATGACTGAGATCGATGAGTGATATCTGTCTACAGACAGTCTGACATATAGATGAGCACGTCACATGATATAGATCACTCTCACTCTGTATGCTGCTGAGTCTCTGCTGACTCATATATGTCTATGCTGTGATCTATCGACTCTACAGACATCAGATGTCATGTAGTGCATCATCATGCAGTATGACTCACATCTCAGTGTAGACATCTATGAGACTGAGAGTCTATATATATAGAGAGCTCATACATGATCAGATCACAGTATCATATATCATATATACATCTCATCATACAGTATCTATATCATGCATATATATCTATATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAGTGCATCTGTGTCAGTCACTGACAGACTATATCAGACTGAGATACATGATGCAGCATCATACAGATAGTCTGTATCAGTGTCACAGTATATATCACATATAGCATACTATCAGATGTCAGCTGACTGTCTACACTCTGCTCTAGCGCTGAGCTATGATAGCATAGTATGAGAGTCGTGAGATGTCATACATATGTATGCACTCATGTCACATGAGACACATAGATAGATCATGTATCAGAGATGACTAGTACTACAGCTATAGAGCTGTAGAGAGAGCTACAGTGAGACAGATCTCACATCTCACTGTGTGTCATGCTGAGTGAGAGAGCATGAGCATGAGAGCATAGTGATATAGCACTGTCATATAGACTGATCATGTCTATGCTCATCTACTCTCACAGTACATCTACAGATCTCGTATAGCATAGTCAGATATATGTACAGTGTATGATATCAGAGTGCAGTATATCTCTCTCTCTACACTCATGCTATATATAGCGACAGATGATCACTGAGATGCAGACATCTCTCACTAGAGATATCTCTGCTCTCTATGTCATCATCGCACATCTGACAGCATGATCTATCATATACACTCTAGATGAGTGTATCAGTACAGTACATATGCTGAGTAGATGTATCTACGAGCATAGCATCTGTAGTCAGAGTGATAGTATCATATAGACAGAGCACGCATACTCTGTGAGATACATCATCTCTGACTGAGCTCTGTAGCAGAGACACTGTCATAGACACATGCAGCTACACTGAGAGATCTCACTACTACATACATACAGACATATCTATGTAGATCAGATGTAGACTCTACACATATCATGTGTCATAGTACTACTATGATACTATCTCATCTCATATCTCATATAGTATAGCTCATACATCA Child process crashed '''
Hi Anton,
I got the following error which resulted in a crash of the tool. Any idea to why this is and how i might be able to fix it? Thanks!
cmd : lja -o LJA --reads hifi_mm_test.fastq -t 57 --diploid
''' 29:57:49 196.4Gb INFO: Collected 16158 overlaps. Looking for unique overlaps 30:01:10 196.4Gb INFO: Collected 6094 unique overlaps. 30:01:10 196.4Gb INFO: Adding new connections to the graph Error: could not align sequence 5325 AGATGCACATGATATGTACTCACTGATAGTGATATAGTGCATGCTCATATCAGATACATCACAGTCATATGAGCTCAGAGAGACATGTGATGCTCATACTAGAGTACATACTCATGAGAGAGAGAGTCGAGCAGAGACTGAGACTCATCAGTGACTATCACTAGAGATCATCATATACAGTCATCACTAGACACTATCTGATGCAGATGTGCTGATGAGTCTGATATAGCTGTCTCTGAGAGCTCTGCAGTGCTGACAGTACAGAGCAGATCTGTACATATGTACTGAGCATAGTCATGAGTAGCACGAGACAGAGAGCTGACAGTGTATCATAGATACACATATGACACAGATCTCAGAGCTCTGCATACATCATCAGAGTATATATGAGCGACATGCTCACTCTGTATATAGCAGATAGCTCTGACATATGAGAGAGCTGTCTGTGATGCTAGCTGCAGTAGAGTATAGATCACATACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACTCATCACTCAGCTCTGTCTGACATCTCATCTCATCAGTCACTGATAGTATCTCATACGTGTCTGTCAGATCTATCAGACACTATCACACTCATCACTGCAGCTCATGTCTCTCTCTATGTCTGCTCAGCTCTGCACTGTGCTGCAGCAGCTACACATCTGATCTCATATATATATGTGAGAGAGCAGAGAGAGTCTCAGTGACATATCTCAGTACTGACTGTGAGCTGTGTCACATCATCACATCACTCATCTGTGCACACATATCTCTCAGCTCTCTGCTGTCTACACACATCTATCATCAGTGTGTGATGAGATATGTGAGATGTGTATGATATCAGACAGTATGAGATATCTACATATGTCTGAGTCTCTACATAGAGTCAGACTAGTACTCTCATGAGAGACAGAGTGAGAGACAGCACAGACTATGTATAGAGATGTGACATCACTACATACACACATCAGTCACAGTATCACAGACACTAGATATAGCAGTGTGCTATACTAGAGTGATATAGCATCACATGATAGCACAGATCATGTGTGATACTATGACACACTCTATACTACAGATACATCTATCAGTCATGCTACTAGTGCTGAGTCATATATGAGACTATGTATCTACTGATCTATATACTATATAGATATGTACTGTATGTCTGCTATGTCTCTGACTCTAGTGTCTGATGCTATATATGCACTGCTGCTATATCTGTCTATGTATACTCTACAGCATCTCATGTATGTCTAGTCACGTCAGTATATCTCATAGTGAGCGCAGTGTCAGATCTGAGATGTACATGCATACACTGACAGTAGAGTGTGTGAGCACGTGTGCTGTAGCTCTCTGCATATAGTCAGATCATCAGATGTGCACACATACTCATCAGTGTATCAGATATCTAGACTCAGTCTATCTCTCTGTGATCAGTCTGTCATGACATATACTACATCACAGTCATATCAGACATGTGATATCTATGTGATGCTATATGATGTGATGACAGATGCTGATGTGATGATGATACATCTCAGCACATATATAGCTGCTATGCAGTATATATCACTAGACAGAGACACAGAGAGAGTACTCTACATGAGTGACATATAGCAGAGCTACAGAGCAGTATGTATATACATGCTATGTATGAGTATGATGTAGCTATATCTCTATCATCTACAGACATAGCTCACTATGATGATATGTGTCTCACTGTGCACATGCAGTGCTCAGATAGCATATCAGATCAGAGTGAGTAGTGAGTCATGTCTGCACTACACAGATCATATGATGTCTGATGAGCACTGATAGTATGTGTATGATACTAGAGTATCTCAGACTAGTATGCATATATGTCTCTAGTGTCTATATGAGCTCTGATACATACTGTGTGAGAGATATGCTCTGATGCTCATAGATCATGTATAGTGTAGATGATGTATGATACATGTATACAGATGCATATACATGTAGTACAGTGTAGCTAGAGTATATCTCTGTGAGATATGATATACATACTGAGTAGATATGTACATGAGCATATATGTATGATGTACATATGCAGATATAGAGTATCATATATCACTGACATATACATAGTACTCACAGTACTGTAGATCAGCATCTGATCTACAGATCTAGTATATATGTGCATGAGATGCTCACTAGTAGATACTATCACTGTCAGAGCAGCACACTGTCACACAGTAGTGTGTATACATCTATACTCAGCATATATACACAGCACACACACACACATATAGTATATGTATATGTCACTGAGATCTATCATGCTAGCATGATCTGATAGTGACTGCGATATATGTATCTGCTAGAGCTACAGTCTCTAGCATGATATGCAGAGTGCACATGCTATGATAGTGATGTGATACAGATATGTGTCAGTGTATCATCATGCATACAGTATGACTCACATGATGAGAGCTACAGCGTGTGCAGTCTCTGAGAGATACACAGAGAGATGACAGATATAGTACTATCTAGACATCTAGATGTCTCTACAGTCTATATCAGAGTGCTACATACTGTCAGAGAGACATAGATATAGTATATACACATACATACTACATAGATGAGATAGTGCTGACATCTGTGAGTCTATAGAGTATCATGCTGTGATATATATATACATATAGACTCATACTCATATGTCAGTACAGAGTACAGATGACACTGAGATGTGTAGTGTGATAGTACATAGCTAGATACATGTATAGTCTATCAGAGCTATGTATGACTCATGTCACATGCATGTACATGCTAGAGTGCATATCATGATAGACAGCGATACTGAGAGATGCATGATATAGTACTGCAGACACATATGTGACTGATCATGCAGCATCATCAGAGTGATAGTATGTGCATCTATGCATGTATCATATGTCATGATAGCTGTCACATACACAGTAGTGTAGTAGTATACTAGCATATATGTACTATGTATCTGATCTACACATGAGCACACTGATCTAGAGAGACTCTAGTAGTGATATCTCATCATCTCATGCTGTCATGTGTGTGTCGTCTCTATAGATATATCATACATCATGCTATCAGAGTCACACGCTCACACTCTCACACATCACTCTGTCTGCGTCTATACTGAGCATATAGTGCATGACATGCTCTCTCACTGATGCGACTAGCATCTCTGATACATATGCAGCTAGAGACACGAGCTCTGTACTGTAGTCATATGTGTCACTATAGTGTAGATCTAGCTCTGTACTCTCTAGCTCTCATGCTGTATCATACATAGCTGACAGTGAGCATCACTCTGTGTGCTAGCTGCATAGTCTCACAGAGACAGCTATCTGTCTCAGCATCTGTAGTGTATGCATGTGTCAGTGTGAGCTGACTATAGATGATCAGATATGCAGTCTAGATAGTCATCTGTCTCATCTCACTGTCTCTGTACTCTCATGTGTGTCAGAGATGCTCTGTGATAGAGCACTGACTGCTCTAGAGTCTGAGTCATCAGCACACATGATGCTCACACATCTGTATGATCAGATGCATCTGTGTGTCTAGACAGCTACAGTGTACTCATATGATGCTGCTCTGATGAGCACAGTAGCAGTATATGATCATGACTATACACTAGCATATACATATCATATATAGCATGCAGCTATCATACACATATCTATGATAGTATCAGTAGCATAGTATCTGTCTGAGTCACATAGCATAGATAGCACAGTGTAGAGATGTCTCTACATATCTCATCTCAGCATGCATGCATAGATCTGATCATGTCTACTAGTAGTATCATGACTATGAGCTGTCTCTCTCTCTATCTCTCTACTCTCTGCTGTCTCTCTGTGTCGTGTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCTCTCTCTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGCAGATATGTCACTCATATCAGCAGTGTAGAGTCAGTGTAGATGACTGAGATCGATGAGTGATATCTGTCTACAGACAGTCTGACATATAGATGAGCACGTCACATGATATAGATCACTCTCACTCTGTATGCTGCTGAGTCTCTGCTGACTCATATATGTCTATGCTGTGATCTATCGACTCTACAGACATCAGATGTCATGTAGTGCATCATCATGCAGTATGACTCACATCTCAGTGTAGACATCTATGAGACTGAGAGTCTATATATATAGAGAGCTCATACATGATCAGATCACAGTATCATATATCATATATACATCTCATCATACAGTATCTATATCATGCATATATATCTATATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAGTGCATCTGTGTCAGTCACTGACAGACTATATCAGACTGAGATACATGATGCAGCATCATACAGATAGTCTGTATCAGTGTCACAGTATATATCACATATAGCATACTATCAGATGTCAGCTGACTGTCTACACTCTGCTCTAGCGCTGAGCTATGATAGCATAGTATGAGAGTCGTGAGATGTCATACATATGTATGCACTCATGTCACATGAGACACATAGATAGATCATGTATCAGAGATGACTAGTACTACAGCTATAGAGCTGTAGAGAGAGCTACAGTGAGACAGATCTCACATCTCACTGTGTGTCATGCTGAGTGAGAGAGCATGAGCATGAGAGCATAGTGATATAGCACTGTCATATAGACTGATCATGTCTATGCTCATCTACTCTCACAGTACATCTACAGATCTCGTATAGCATAGTCAGATATATGTACAGTGTATGATATCAGAGTGCAGTATATCTCTCTCTCTACACTCATGCTATATATAGCGACAGATGATCACTGAGATGCAGACATCTCTCACTAGAGATATCTCTGCTCTCTATGTCATCATCGCACATCTGACAGCATGATCTATCATATACACTCTAGATGAGTGTATCAGTACAGTACATATGCTGAGTAGATGTATCTACGAGCATAGCATCTGTAGTCAGAGTGATAGTATCATATAGACAGAGCACGCATACTCTGTGAGATACATCATCTCTGACTGAGCTCTGTAGCAGAGACACTGTCATAGACACATGCAGCTACACTGAGAGATCTCACTACTACATACATACAGACATATCTATGTAGATCAGATGTAGACTCTACACATATCATGTGTCATAGTACTACTATGATACTATCTCATCTCATATCTCATATAGTATAGCTCATACATCA Child process crashed '''