ArnauMiro
commented
4 months ago Hola,
El uso de pyLOM es un poco diferente al que propones. Por ello el ejemplo2 que pones conceptualmente esta mal respecto a la que la tool espera y el "workaround" que defines es la forma correcta de hacerlo.
El hecho es que pyLOM está disenyado para aceptar una matriz tipo:
por lo que en la primera dimensión siempre se trata de la dimensión en espacio y la segunda en tiempo. Si hay más de una variable esas se apilan a continuación de la matriz X. Por ejemplo en
https://github.com/ArnauMiro/pyLowOrder/blob/126b6da95805204afd4902555626e74cb3e2854c/Converters/alya2h5_channel.py#L37-L59
se muestra como se hace.
En el caso que propones, X_0 tiene dimensiones de (100,200) por lo que pyLOM entiende que 100 són los puntos en espacio y 200 en tiempo mientras que (20000,1) entiende que 20000 són los puntos en espacio y 1 en tiempo.
El ejemplo mínimo, adaptado a la forma de trabajar de pyLOM sería:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pyLOM
def generate_X():
x = np.linspace(0, 1, 100)
y = np.linspace(0, 1, 200)
z = np.linspace(0, 1, 300)
XX, YY, ZZ = np.meshgrid(x, y, z)
F = np.sin(2*np.pi*(XX + ZZ)) + np.cos(2*np.pi*(2*YY + ZZ))
return F
# Generate synthetic database
X = generate_X()
print('Shape of synthetic database:',X.shape) # (200, 100, 300)
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## However, pyLOM takes a database of the shape (spatial_dims,time_dims)
## thus we need to reshape this matrix accordingly.
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X_rsh = X.reshape([-1, X.shape[-1]])
print('Shape of reshaped database:',X_rsh.shape) # (200*100 = 20000, 300)
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## POD using the whole database.
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PSI, S, V = pyLOM.POD.run(X_rsh, remove_mean=False)
PSI_trunc, S_trunc, V_trunc = pyLOM.POD.truncate(PSI,S,V,r=1e-6)
X_rsh_rec = pyLOM.POD.reconstruct(PSI_trunc, S_trunc, V_trunc)
print('Shape of reconstructed database:',X_rsh_rec.shape) # (200*100 = 20000, 300)
print("RMSE for whole database =", pyLOM.math.RMSE(X_rsh_rec,X_rsh))
fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(8, 4))
axs[0].pcolor(X_rsh[:,0].reshape((200,100)))
axs[0].set_title("Original matrix")
axs[1].pcolor(X_rsh_rec[:,0].reshape((200,100)))
axs[1].set_title("Reconstructed matrix")
plt.show()
########################################################################################################
# POD using just the first "snapshot" (as if we are doing data compression).
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X_rsh_2 = X_rsh[:,:1].copy()
PSI, S, V = pyLOM.POD.run(X_rsh_2, remove_mean=False)
PSI_trunc, S_trunc, V_trunc = pyLOM.POD.truncate(PSI,S,V,r=1e-6)
X_rsh_rec = pyLOM.POD.reconstruct(PSI_trunc, S_trunc, V_trunc)
print('Shape of reconstructed database:',X_rsh_rec.shape) # (200*100 = 20000, 0)
print("RMSE for whole database =", pyLOM.math.RMSE(X_rsh_rec,X_rsh_2))
fig, axs = plt.subplots(1, 2, figsize=(8, 4))
axs[0].pcolor(X_rsh_2[:,0].reshape((200,100)))
axs[0].set_title("Original matrix")
axs[1].pcolor(X_rsh_rec[:,0].reshape((200,100)))
axs[1].set_title("Reconstructed matrix")
plt.show()Aprobecho y añado ese ejemplo en los de pyLOM, ya que puede servir en un futuro.
Miguel-San
Hola,
Estoy obteniendo un comportamiento inesperado al realizar reconstrucciones mediante pyLOM.POD.reconstruct(). En ocasiones la matriz está mal reconstruida. Sin embargo, si haces un flatten a la matriz a reconstruir, la devuelves a su forma original (de tal forma que la nueva matriz obtenida tiene exactamente los mismos valores y forma que la matriz original) y realizas el POD sobre esta nueva matriz, la reconstrucción obtenida es la correcta.
A continuación doy un ejemplo:
Minimal example
Outputs
Installation procedure
Para la instalación estoy siguiendo los pasos de la wiki. El único cambio que estoy haciendo es en la versión de MKL instalada. En el archivo
Deps/oneAPI/install_mkl.shestoy cambiando la líneaSRC=https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17977/l_BaseKit_p_${VERS}.shporSRC=https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/fdc7a2bc-b7a8-47eb-8876-de6201297144/l_BaseKit_p_2024.1.0.596.shpara obtener la última versión (por lo visto Intel no deja descargar de forma gratuita versiones anteriores). Link obtenido aquíAdjunto también el output del comando
conda list:Gracias de antemano!