Permanova - Githubissues

ArnaudDroitLab / rnaseq

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Permanova #2

Open CharlesJB opened 1 year ago

CharlesJB commented 1 year ago

Alban a écrit:

library(vegan) adonis2(table_trnscripto ~ sample.ID*time+Depth.sequencing, data = metadata)

Sort ca:

Df (degrés de liberté) :

SumOfSqs (somme des carrés) :

R2 (proportion de variance expliquée) :

F (statistique F) : 27,6078

Pr(>F) (valeur p) : 0,001 (très significatif, p < 0,05)

CharlesJB commented 1 year ago

On pourrait ajouter une couleur ou une forme pour les échantillons qui sont significatifs? Quel(s) autre(s) format(s) pourrait-on ajouter?

albanmathieu-pro commented 1 year ago

c'est pas les echantillons qui sont negatifs ou positifs, mais est ce que tes variables de metadata expliquent bien la repartition de tes echantillons sur la pca.

donc la 1ere possibilité est juste d'ajouter la valeur F sous forme écrite sur la PCA ou à côté dans un tableau(surtout si tu as une variable attendue)
sinon tu colories/groupes tes echantillons par la variable qui a la valeur P la plus forte.

les 2 ne sont pas incompatibles si tu peux renvoyer plusieurs PCA.