how to get scaffolds? - Githubissues

BGI-Qingdao / TGS-GapCloser

A gap-closing software tool that uses long reads to enhance genome assembly.

GNU General Public License v3.0

179 stars 13 forks source link

Closed bestweicheng closed 4 years ago

bestweicheng commented 4 years ago

我一定需要使用scaffolds么？利用flye等软件大多数只能获得contigs，输入文件为contigs是否可行？

adonis316 commented 4 years ago

你好， TGS-GapCloser是一个补洞软件，是利用三代read去填补scaffold上的N区。如果没有scaffold，只有contig，就没有gap可以填补，TGS-GapCloser无法操作。该软件本质上是一个结合三代与其他测序技术（如PE，10x，stLFR，Hi-C等）的工具。

bestweicheng commented 4 years ago

谢谢！