使用SAOPnuke处理小鼠测序数据的参数问题

BGI-flexlab / SOAPnuke

A Tool for integrated Quality Control and Preprocessing on FASTQ or BAM/CRAM files

GNU General Public License v3.0

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Open Fzwwww opened 6 months ago

Fzwwww commented 6 months ago

您好，在使用SOAPnuke默认参数处理小鼠肠道宏基因组数据时，发现小鼠数据被百分之百过滤，报错为unexpected end of file，修改 l 为1 ，q 为 0.5 后仍然被全部过滤，请问在处理小鼠数据时应该如何设置参数使其适应小鼠宏基因组数据呢？

berry08 commented 2 months ago

您好。您使用的是哪个版本