需求提交 - Githubissues

BGIResearch / ST_Toolkit

tools to handle spatial transcriptome data

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需求提交 #2

Open xiazhk163 opened 3 years ago

xiazhk163 commented 3 years ago

冒昧请教一下，如果想把ST_Handle_Exp.py cellCluster得到的h5ad中属于某个cluster的所有dnb全部提取出来，该如何操作？比如在bin50水平上。

tyyl622 commented 2 years ago

不知道你有没有解决，我最近才开始挖这个数据...可以试一下用scanpy处理我下载了成年小鼠的h5ad文件，华大已经做好了注释 import scanpy as sc import pandas as pd import numpy as np h5=sc.read_h5ad('yourpath/Mouse_brain_cell_bin.h5ad') h5filt=h5[h5.obs['annotation'] == 'your_specific_cluster']