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BIOP / lightsheet-brain-workflows

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Add other initial orientations as per Axel's request #7

Open lacan opened 2 months ago

lacan commented 2 months ago

Les orientations possibles de input sont: ipl, spr, sal, iar Les orientations possibles de output sont: ipl, spr, sal, ial, asr, asl

abisi commented 1 day ago

As mentioned, IPL is the only one I have identified "in real space" after the flipping transform. I commented the others for now as they are maybe more confusing than anything. I leave the issue open.

lacan commented 23 hours ago

Hi Axel,

So the issue we had with orientations was that BigStitched recorded the rotation transformations, which led to a misplaced -1.0 in the flip command. Right now the flip is done at the end of the processing, before the saving.

There is a check to see if the flipping was already done or not. 3

abisi commented 23 hours ago

Salut,

Il me semble que le flip se fait avant le preprocessing, non, et pas après ?

Ce que je voulais dire c'est que les commandes de rotation sont définies - il me semble - dans l'espace miroir de l'acquisition. Déjà que le système d'orientation brainglobe est assez peu intuitif, sa version miroir l'est encore moins selon moi... ^^' Pour l'utilisateur c'est plus simple je dirais.

Du coup, pour le moment, j'ai pensé qu'il était mieux de garder seulement la commande de rotation que je sais correcte selon une orientation initiale (non-miroir) donnée, ici IAR (version miroir IPL). Mais il faudrait vérifier/ajouter les autres commandes dans le cas où le cerveau est imagé dans les orientations possibles. Celles-ci peuvent être seulement: SAL, SPR (miroir de SAL), IAR, IPL.

Je ne sais pas si tu faisais aussi référence à ça?

Axel

lacan commented 22 hours ago

Ok je vais modifier la logique et dénombrer les versions miroir des transformations afin de savoir que je dois faire un flip avant, pour que la transformation donnée dans le YAML soient "Vraies" à savoir qu'elles puissent inclure le fait qu'elles soient tournées.

De ce fait la transformation de flip (si nécessaire) se fera uniquement si on demande de réorienter en ASR

Oli

lacan commented 22 hours ago

Du coup, pour le moment, j'ai pensé qu'il était mieux de garder seulement la commande de rotation que je sais correcte selon une orientation initiale (non-miroir) donnée, ici IAR (version miroir IPL). Mais il faudrait vérifier/ajouter les autres commandes dans le cas où le cerveau est imagé dans les orientations possibles. Celles-ci peuvent être seulement: SAL, SPR (miroir de SAL), IAR, IPL.

Selon moi les versions miroir ( Qui le sont uniquement selon l'axe de coordonnées X, je m'étais trompé ) sont les suivantes IAR <> IAL (IPL est la version 180° autour de l'axe Z de IAR) SAL <> SAR (SPR est la version 180° autoure de l'axe Z de SAL)

Je vais faire deux listes. Une qui match une orientation "miroir" à son orientation "non miroir" Si l'utilisateur-ice a mis une orientation miroir, on fait le flip

Les autres orientations sont basées sur l'orientation non miroir.

lacan commented 22 hours ago

For reference https://docs.google.com/presentation/d/15tFmTYvtC2CGdnRI0V_SdTl1rPN1Aj0Z/edit?usp=sharing&ouid=115332916756609069027&rtpof=true&sd=true